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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Structural basis and reaction mechanism of [FeFe] hydrogenases

Research Project

Project/Area Number 20H03215
Research InstitutionUniversity of Hyogo

Principal Investigator

緒方 英明  兵庫県立大学, 理学研究科, 教授 (30795935)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Keywordsヒドロゲナーゼ / 水素 / クライオ電子顕微鏡 / 構造解析 / 赤外分光法 / 酸化還元電位
Outline of Annual Research Achievements

ヒドロゲナーゼは多くの微生物が持つ金属酵素で、水素分子の分解や合成を可逆的に触媒する。本研究では、2つのタイプの[FeFe]ヒドロゲナーゼの反応機構の解明を目指した。電子伝達分岐型[FeFe]ヒドロゲナーゼは、2つの異なる酸化還元電位をもつ電子伝達体(フェレドキシンとNADH)から電子を受け取り、2核鉄錯体の活性中心であるHクラスターで水素分子を生成する。この特異な電子伝達に関して、どのようにして活性中心へ電子やプロトンが伝達されるのか(活性中心やフラビン・[FeS]クラスターの酸化還元状態)を、分光学的手法や構造解析により明らかにした。また、水素センサーと考えられている調節型[FeFe]ヒドロゲナーゼの活性中心の酸化還元状態を分光学的手法により明らかにした。[FeFe]ヒドロゲナーゼ遺伝子(電子伝達分岐型HydABCと調節型HydS)を、それぞれベクターに導入し大腸菌による発現系を構築しモデル化合物を挿入することによって人工的に成熟化した。これらの[FeFe]ヒドロゲナーゼのさまざまな酸化還元状態を電気化学的FTIR分光法で解析した。調節型[FeFe]ヒドロゲナーゼ の活性中心近傍のプロトン輸送経路と予想されるアミノ酸に対して変異体を導入し水素酸化活性を測定し、 ある変異体(S267M)で水素酸化活性がほとんど消失していることを明らかにした。第2配位圏の違いにより活性中心の鉄硫黄クラスターの酸化還元電位が変化することが明らかとなった。さらに、電子伝達分岐型[FeFe]ヒドロゲナーゼのクライオ電子顕微鏡法による構造解析をマックスプランク研究所と英国ヨーク大学と共同で行った。その結果、3つのサブユニットで構成される[FeFe]ヒドロゲナーゼが4量体を構成していることが明らかとなった。また、フェレドキシン様ドメインがZnイオンを介して開閉する動きをすることが明らかとなった。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (13 results)

All 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 2 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 3 results)

  • [Int'l Joint Research] マックスプランク研究所(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      マックスプランク研究所
  • [Int'l Joint Research] ヨーク大学/オックスフォード大学/エセックス大学(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      ヨーク大学/オックスフォード大学/エセックス大学
  • [Int'l Joint Research] CSIR海洋学国立研究所(インド)

    • Country Name
      INDIA
    • Counterpart Institution
      CSIR海洋学国立研究所
  • [Journal Article] Redox tuning of the H-cluster by second coordination sphere amino acids in the sensory [FeFe] hydrogenase from Thermotoga maritima2023

    • Author(s)
      Chongdar Nipa、Rodriguez-Macia Patricia、Reijerse Edward J.、Lubitz Wolfgang、Ogata Hideaki、Birrell James A.
    • Journal Title

      Chemical Science

      Volume: 14 Pages: 3682~3692

    • DOI

      10.1039/d2sc06432d

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structural insight on the mechanism of an electron-bifurcating [FeFe] hydrogenase2022

    • Author(s)
      Furlan Chris、Chongdar Nipa、Gupta Pooja、Lubitz Wolfgang、Ogata Hideaki、Blaza James N、Birrell James A
    • Journal Title

      eLife

      Volume: 11 Pages: -

    • DOI

      10.7554/elife.79361

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Second and Outer Coordination Sphere Effects in Nitrogenase, Hydrogenase, Formate Dehydrogenase, and CO Dehydrogenase2022

    • Author(s)
      Stripp Sven T.、Duffus Benjamin R.、Fourmond Vincent、Leger Christophe、Leimkuhler Silke、Hirota Shun、Hu Yilin、Jasniewski Andrew、Ogata Hideaki、Ribbe Markus W.
    • Journal Title

      Chemical Reviews

      Volume: 122 Pages: 11900~11973

    • DOI

      10.1021/acs.chemrev.1c00914

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Structure of an electron-bifurcating [FeFe] hydrogenase2022

    • Author(s)
      C. Furian, N. Chongdar, P. Gupta, W. Lubitz, H. Ogata, J. N. Blaza, J. A. Birrell
    • Organizer
      10th Asian Biological Inorganic Chemistry Conference
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Structural insight on the mechanism of an electron-bifurcating [FeFe] hydrogenase from Thermotoga maritima2022

    • Author(s)
      C. Furian, N. Chongdar, P. Grupta, W. Lubitz, H. Ogata, J. N. Blaza, J. A. Birrell
    • Organizer
      EBEC2022, the 21st European Bioenergetics Conference
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] New Assay System for the Enzymatic Reaction with Gaseous Substrates by Using Raman Spectroscopy2022

    • Author(s)
      K. Nishikawa, Y. Nakagawa, S. Inoue, T. Chuji, H. Ogata, S. Nakashima, Y. Shigeta, K. Fukutani, Y. Higuchi
    • Organizer
      10th Asian Biological Inorganic Chemistry Conference
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Raman分光法を用いたガス状分子を基質とする酵素反応の新規活性測定法2022

    • Author(s)
      西川幸志, 中川由佳, 井上翔太, 中地隆文, 中島聡, 緒方英明, 重田育照, 福谷克之, 樋口芳樹
    • Organizer
      第16回バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] 水素酸化還元酵素の反応機構の解明2022

    • Author(s)
      緒方英明
    • Organizer
      第42回STクラブ
    • Invited
  • [Presentation] タンパク質によって水素分子が分解される様子を構造解析で捉える2022

    • Author(s)
      緒方英明
    • Organizer
      兵庫県立大学バイオダイナミクスセンターセミナー
    • Invited
  • [Presentation] 水素センサータンパク質の異種発現と精製法2022

    • Author(s)
      田中宏幸, 緒方英明
    • Organizer
      兵庫県立大学播磨理学キャンパス 技術・人材マッチング交流会2022

URL: 

Published: 2023-12-25  

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