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2020 Fiscal Year Annual Research Report

光受容体タンパク質が形成する超分子構造とシグナル伝達の分子動態機構の解明

Research Project

Project/Area Number 20H03223
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

山下 隼人  大阪大学, 基礎工学研究科, 助教 (10595440)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 林 文夫  神戸大学, 理学研究科, 名誉教授 (80093524)
森垣 憲一  神戸大学, バイオシグナル総合研究センター, 准教授 (10358179)
粟津 暁紀  広島大学, 統合生命科学研究科(理), 准教授 (00448234)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Keywords光受容体 / ロドプシン / GPCR / オリゴマー / シグナル伝達 / 高速原子間力顕微鏡 / バイオイメージング / 1分子動態
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、光受容体ロドプシン(Rh)の光受容に伴う1分子レベルでの構造変化やRhとシグナル伝達分子であるG蛋白質トランスデューシン(Gt)との相互作用動態の変化を高速原子間力顕微鏡(高速AFM)で捉えるため、これらの観察に適した高速AFM装置環境の構築が重要となる。従来のAFMの多くは光てこ光学系に可視光(赤色など)を用いているが、可視光ではAFM観察中にサンプルであるRhの退色が進む可能性がある。そこで我々は暗状態Rhの観察を実現するため、自作の高速AFMに赤外線を用いた光てこ光学系を導入した。また観察前にRhが退色することを防ぐため、高速AFM装置を暗幕環境内に設置し、完全暗所で測定を行える環境の構築を行った。
次に、ウシガエル視細胞円板膜から精製したRhサンプルを基に安定かつ大規模な超分子クラスターを形成するRh試料を調製するための条件検討を行った。我々の予備実験において界面活性剤で精製膜を部分可溶化することで超分子クラスターが形成されることを見出していたが、その混合比を更に微調整し、調製した試料を高速AFMで観察することでクラスター状態の評価を行った。これらを繰り返し、調製方法も試行錯誤した結果、規則的な2量体列構造が数百ナノメートルの領域で形成する様子を高速AFMで観察することができた。
Rhの光受容に伴う構造変化は、主に細胞質側(C末端側)にて顕著に見られることが報告されており、またGtも同様に細胞質側に結合することが知られていることから、これらの分子過程を高速AFMで捉えるには観察されたRhの膜中での配向性が重要となる。そこで前述の超分子構造を観察中に、RhのC末端領域に特異的に結合する抗体を投与した所、たくさんの抗体分子が結合する様子を捉えることに成功した。このようにRhの光受容に伴う構造変化やGtとの相互作用を観察する上での基盤となる成果が得られた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本研究で光受容体ロドプシン(Rh)の暗状態からの光に対する応答を高速原子間力顕微鏡(高速AFM)で観察する際に重要な完全暗所環境の顕微鏡測定装置を構築できた。また高速AFMによりRh超分子クラスター上でトランスデューシン(Gt)との相互作用を観察するには、Rh超分子クラスターが広範囲に渡って形成されていることが必要であるが、本研究で試料調製の条件を試行錯誤することにより、比較的規模の大きな2量体列構造を頻度良く観察できるようになった。更に、これらの観察されたRhが構造変化やGt相互作用などのAFMで見たい表面を探針側に向けて配置されていることも確認できた。これらの成果により、今後、Rhの光受容に伴う構造変化やGtとの相互作用の1分子レベルでの観察に繋がると期待できる。

Strategy for Future Research Activity

今年度得られた成果をもとに、光照射に伴うロドプシン(Rh)の構造変化の高速AFM測定および解析を行う。また、暗所下で高速AFM観察中にトランスデューシン(Gt)を投与することで、RhとGtとの相互作用の可視化を試みる。更に観察中に光を照射することで、相互作用の動態の変化を解析する。
これらの高速AFM観察では、イメージング中にAFM観察チャンバーへGtの溶液の投与を行うが、これを暗所下で行うのは容易ではない。また今後はGtのみならず、それに続けてGTPなどの投与も行いたい。そこで、これらの投与を安定かつ迅速に行えるようにするため、薬剤を機械的(半自動的)に投与するためのAFMシステムの構築も進める。
また試料調製の面では、上記の測定と並行して、更に高活性な機能を保持したRh分子環境構築を目指して、パターン化膜技術を応用したRh超分子クラスターの形成を試みる。
更に、我々はこれまでにRhの粗視化モデルによる2量体列構造形成過程の分子動力学シミュレーションに成功していることから、前述の実験研究と並行して、今後は結晶構造を基にした数理解析にも取り組むことでGtのRhへの相互作用におけるRh2量体列構造の機能・構造的役割について検証を試みていく。

  • Research Products

    (29 results)

All 2021 2020 Other

All Journal Article (12 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 12 results,  Open Access: 9 results) Presentation (15 results) (of which Invited: 2 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] A helical amplification system composed of artificial nucleic acids2021

    • Author(s)
      Kashida Hiromu、Nishikawa Keiji、Shi Wenjing、Miyagawa Toshiki、Yamashita Hayato、Abe Masayuki、Asanuma Hiroyuki
    • Journal Title

      Chemical Science

      Volume: 12 Pages: 1656~1660

    • DOI

      10.1039/d0sc05245k

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] In situ measurements of intracellular thermal conductivity using heater-thermometer hybrid diamond nanosensors2021

    • Author(s)
      Sotoma Shingo、Zhong Chongxia、Kah James Chen Yong、Yamashita Hayato、Plakhotnik Taras、Harada Yoshie、Suzuki Madoka
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 7 Pages: eabd7888

    • DOI

      10.1126/sciadv.abd7888

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Patterned Model Biological Membrane Composed of Polymerizable and Natural Lipids for Reconstituting the Membrane Functions2021

    • Author(s)
      Morigaki Kenichi
    • Journal Title

      MEMBRANE

      Volume: 46 Pages: 65~70

    • DOI

      10.5360/membrane.46.65

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Model Lipid Membranes Assembled from Natural Plant Thylakoids into 2D Microarray Patterns as a Platform to Assess the Organization and Photophysics of Light‐Harvesting Proteins2021

    • Author(s)
      Meredith Sophie A.、Yoneda Takuro、Hancock Ashley M.、Connell Simon D.、Evans Stephen D.、Morigaki Kenichi、Adams Peter G.
    • Journal Title

      Small

      Volume: 17 Pages: 2006608~2006608

    • DOI

      10.1002/smll.202006608

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structural dynamics of DNA depending on methylation pattern2021

    • Author(s)
      Kameda Takeru、Suzuki Miho M.、Awazu Akinori、Togashi Yuichi
    • Journal Title

      Physical Review E

      Volume: 103 Pages: 012404-1~8

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.103.012404

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Automated extraction of the short-range part of the interaction in non-contact atomic force microscopy2020

    • Author(s)
      Diao Zhuo、Katsube Daiki、Yamashita Hayato、Sugimoto Yoshiaki、Custance Oscar、Abe Masayuki
    • Journal Title

      Applied Physics Letters

      Volume: 117 Pages: 033104~033104

    • DOI

      10.1063/5.0007754

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Flexure Structural Scanner of Tip Scan Type for High-speed Scanning Tunneling Microscopy2020

    • Author(s)
      Yamashita Hayato、Handa Nobuhiro、Higashiura Yuma、Abe Masayuki
    • Journal Title

      e-Journal of Surface Science and Nanotechnology

      Volume: 18 Pages: 146~151

    • DOI

      10.1380/ejssnt.2020.146

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The effects of phospholipids and fatty acids on the oligomer formation of NAP-222020

    • Author(s)
      Odagaki Sin-Ichi、Maekawa Shohei、Hayashi Fumio、Suzaki Toshinobu、Morigaki Kenichi
    • Journal Title

      Neuroscience Letters

      Volume: 736 Pages: 135288~135288

    • DOI

      10.1016/j.neulet.2020.135288

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Photosynthetic Model Membranes of Natural Plant Thylakoid Embedded in a Patterned Polymeric Lipid Bilayer2020

    • Author(s)
      Yoneda Takuro、Tanimoto Yasushi、Takagi Daisuke、Morigaki Kenichi
    • Journal Title

      Langmuir

      Volume: 36 Pages: 5863~5871

    • DOI

      10.1021/acs.langmuir.0c00613

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] New lipid membrane technologies for reconstitution, analysis, and utilization of ‘living’ membrane proteins2020

    • Author(s)
      Yasuhara Kazuma、Morigaki Kenichi
    • Journal Title

      Biophysics and Physicobiology

      Volume: 17 Pages: 125~129

    • DOI

      10.2142/biophysico.BSJ-2020021

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Ultrasensitive Change in Nucleosome Binding by Multiple Phosphorylations to the Intrinsically Disordered Region of the Histone Chaperone FACT2020

    • Author(s)
      Aoki Daisuke、Awazu Akinori、Fujii Masashi、Uewaki Jun-ichi、Hashimoto Manami、Tochio Naoya、Umehara Takashi、Tate Shin-ichi
    • Journal Title

      Journal of Molecular Biology

      Volume: 432 Pages: 4637~4657

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2020.06.011

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Spontaneous Organizations of Diverse Network Structures in Coupled Logistic Maps with a Delayed Connection Change2020

    • Author(s)
      Ohara Amika、Fujii Masashi、Awazu Akinori
    • Journal Title

      Journal of the Physical Society of Japan

      Volume: 89 Pages: 114801-1~11

    • DOI

      10.7566/JPSJ.89.114801

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡による電位依存性プロトンチャネルの1分子構造観察2020

    • Author(s)
      山下隼人、川鍋陽、阿部真之
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 高速AFMによる光応答転写因子Photozipperのナノスケール観察2020

    • Author(s)
      辻明宏、山下隼人、野村健人、久冨修、阿部真之
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 高速AFMによる生きた細菌細胞の高解像分子動態イメージング2020

    • Author(s)
      山下隼人、阿部真之
    • Organizer
      第73回日本細菌学会関西支部総会
  • [Presentation] 金属酸化物表面の走査型トンネル顕微鏡/非接触原子間力顕微鏡測定2020

    • Author(s)
      阿部真之、勝部大樹、山下隼人、稲見栄一
    • Organizer
      日本金属学会2020年秋期第167回講演会
    • Invited
  • [Presentation] 高速AFMによるロドプシンクラスター上トランスデューシン動的過程の観察2020

    • Author(s)
      干鰯谷和彦、山下隼人、林文夫、森垣憲一、藤井雅史、粟津暁紀、阿部真之
    • Organizer
      第58回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 光応答転写因子Photozipperにおける二量体形成過程の高速AFM観察2020

    • Author(s)
      辻明宏、野村健人、山下隼人、久富修、阿部真之
    • Organizer
      第58回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] In-situ scanning tunneling microscopy observation of water adsorption on rutile TiO2(110)-(1×2) surface2020

    • Author(s)
      Fengxuan Li、Daiki Katsube、Eiichi Inami、Hayato Yamashida、Masayuki Abe
    • Organizer
      第81回応用物理学会秋季学術講演会
  • [Presentation] 蛍光顕微鏡・高速AFM複合装置による生細胞のナノ粒子取り込み過程の計測2020

    • Author(s)
      松井爽斗、仲崇霞、山下隼人、鈴木団、阿部真之
    • Organizer
      第81回応用物理学会秋季学術講演会
  • [Presentation] モンテカルロ法によるNC-AFMのフォースカーブの解析2020

    • Author(s)
      Diao Zhuo、勝部大樹、山下隼人、阿部真之
    • Organizer
      第81回応用物理学会秋季学術講演会
  • [Presentation] 材料科学のための高速走査型トンネル顕微鏡の開発2020

    • Author(s)
      山下隼人、阿部真之
    • Organizer
      日本セラミックス協会 第33回秋季シンポジウム
  • [Presentation] 非接触原子間力顕微鏡/走査型トンネル顕微鏡を用いたTiO2(110)-(1×2)表面における水吸着測定2020

    • Author(s)
      Fengxuan Li、阿部真之、山下隼人、勝部大樹、稲見栄一
    • Organizer
      日本セラミックス協会 第33回秋季シンポジウム
  • [Presentation] アミロイド線維形成とリン脂質二分子膜破壊との関係性の解明2020

    • Author(s)
      高山 宙輝, 曲師 香緒里, 森垣 憲一, 茶谷 絵理
    • Organizer
      第58回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 基準振動解析を用いたロドプシンの動態予測と機能の連関2020

    • Author(s)
      金重 先人, 藤井 雅史, 林 文夫, 森垣 憲一, 山下 隼人, 粟津 暁紀
    • Organizer
      第58回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 脂質二分子膜に働く光捕捉力の検証2020

    • Author(s)
      石原 悠人, 岸本 龍典, 杭田 芙子, 工藤 卓, 森垣 憲一, 細川 千絵
    • Organizer
      第58回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 人工膜とナノ空間を用いた細胞膜構造の再構成と機能解析2020

    • Author(s)
      森垣 憲一
    • Organizer
      日本化学会 第101春季年会
    • Invited
  • [Remarks] http://www.ae.stec.es.osaka-u.ac.jp/wp/

  • [Remarks] https://researchmap.jp/10595440

URL: 

Published: 2021-12-27  

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