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2022 Fiscal Year Annual Research Report

光受容体タンパク質が形成する超分子構造とシグナル伝達の分子動態機構の解明

Research Project

Project/Area Number 20H03223
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

山下 隼人  大阪大学, 大学院基礎工学研究科, 助教 (10595440)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 林 文夫  神戸大学, 理学研究科, 名誉教授 (80093524)
森垣 憲一  神戸大学, バイオシグナル総合研究センター, 准教授 (10358179)
粟津 暁紀  広島大学, 統合生命科学研究科(理), 准教授 (00448234)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Keywords光受容体 / ロドプシン / GPCR / 高速原子間力顕微鏡 / バイオイメージング / クラスター / シグナル伝達 / 1分子動態
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、光受容体ロドプシン(Rh)の1分子レベルでの構造変化やシグナル伝達分子であるG蛋白質トランスデューシン(Gt)との相互作用を高速原子間力顕微鏡(高速AFM)で捉えることを目指しており、昨年度、Rh超分子クラスターの高分解能観察により暗状態からの光照射に伴う構造変化の一端を捉えることに成功している。そこで本年度はGtを投与することで、RhとGtとの相互作用の観察を行った。これまでに構築した完全暗所赤外高速AFMを用いて、暗所でRh超分子クラスターを観察中にGtを投与したところ、多数のGt分子がRhクラスター上を拡散する様子を観察することができた。それらを注意深く調べるとRh2量体列上を一方向へ拡散するGt分子が存在することを見つけた。更に、拡散するGtを観察中に光を照射したところ、次第にその拡散する速さが低下し、Rhクラスター上で不動化するGtが観察された。これらは暗所下で見られなかった挙動であり、光照射に伴ってRhとGtの相互作用が変化し、Rhと強く相互作用したGt分子が結合したと考えられる。
一方で、Rh上にGtが結合した環境下で、高速AFM観察中にGTPγSを投与したところ、結合したGtの一部で解離する様子が見られた。本研究で用いている超分子クラスターを形成するRhサンプルを生化学解析した結果、Urea膜と同程度に活性があることが分かり、高速AFMで観察されたこれらの分子挙動はRhとGtとの光シグナル伝達の過程を示すものと考えられる。また、Rh結晶構造の粗視化構造モデルから分子運動の予測解析を行ったところ、Rhの構造揺らぎに関して、揺らぎの大きい方向の特徴が見えてきた。今後この解析を詳細に行うことで、高速AFMで観察された分子挙動の検証が期待できる。以上の成果により、光受容体超分子構造によるシグナル伝達の分子動態機構における重要な知見を得ることができた。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (40 results)

All 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (12 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 12 results,  Open Access: 4 results) Presentation (23 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 5 results) Remarks (2 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Arkansas(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      University of Arkansas
  • [Int'l Joint Research] Weill Cornell Medicine(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Weill Cornell Medicine
  • [Journal Article] Automatic drift compensation for nanoscale imaging using feature point matching2023

    • Author(s)
      Diao Zhuo、Ueda Keiichi、Hou Linfeng、Yamashita Hayato、Custance Oscar、Abe Masayuki
    • Journal Title

      Applied Physics Letters

      Volume: 122 Pages: 121601~121601

    • DOI

      10.1063/5.0139330

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Retarded Diffusion and Confinement of Membrane-Bound Molecules in a Patterned Hybrid Membrane of Phospholipid Bilayers and Monolayers2023

    • Author(s)
      Tanimoto Yasushi、Yoshimura Yu、Hayashi Fumio、Morigaki Kenichi
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 127 Pages: 520~527

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c06053

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Self-Quenching Behavior of a Fluorescent Probe Incorporated within Lipid Membranes Explored Using Electrophoresis and Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy2023

    • Author(s)
      Meredith Sophie A.、Kusunoki Yuka、Connell Simon D.、Morigaki Kenichi、Evans Stephen D.、Adams Peter G.
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 127 Pages: 1715~1727

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c07652

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Formation of Small-World Network Containing Module Networks in Globally and Locally Coupled Map System with Changes in Global Connection with Time Delay Effects2023

    • Author(s)
      Nakanishi Taito、Awazu Akinori
    • Journal Title

      Journal of the Physical Society of Japan

      Volume: 92 Pages: 034801-1~9

    • DOI

      10.7566/JPSJ.92.034801

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Photoactivatable Materials for Versatile Single-Cell Patterning Based on the Photocaging of Cell-Anchoring Moieties through Lipid Self-Assembly2022

    • Author(s)
      Yamahira Shinya、Misawa Ryuji、Kosaka Takahiro、Tan Mondong、Izuta Shin、Yamashita Hayato、Heike Yuji、Okamoto Akimitsu、Nagamune Teruyuki、Yamaguchi Satoshi
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 144 Pages: 13154~13162

    • DOI

      10.1021/jacs.2c02949

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dimerization processes for light-regulated transcription factor Photozipper visualized by high-speed atomic force microscopy2022

    • Author(s)
      Tsuji Akihiro、Yamashita Hayato、Hisatomi Osamu、Abe Masayuki
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 12 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s41598-022-17228-6

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Reduction of noise induced by power supply lines using phase-locked loop2022

    • Author(s)
      Abe M.、Yamashita H.、Jinno S.、Custance O.、Toki H.
    • Journal Title

      Review of Scientific Instruments

      Volume: 93 Pages: 113704~113704

    • DOI

      10.1063/5.0124433

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Method and Applications for New Material Science on Nanoscale Structures and Functions of Crystal Defect Cores2022

    • Author(s)
      Abe Masayuki、Katsube Daiki、Yamashita Hayato、Inami Eiichi、Custance Oscar
    • Journal Title

      Materia Japan

      Volume: 61 Pages: 645~650

    • DOI

      10.2320/materia.61.645

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nanofluidic Model Membrane for the Single-Molecule Observation of Membrane Proteins2022

    • Author(s)
      Komatsu Ryota、Tanimoto Yasushi、Ando Koji、Yasuhara Kazuma、Iwasaki Yasuhiko、Hayashi Fumio、Morigaki Kenichi
    • Journal Title

      Langmuir

      Volume: 38 Pages: 7234~7243

    • DOI

      10.1021/acs.langmuir.2c00724

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Enhancing the spectral range of plant and bacterial light-harvesting pigment-protein complexes with various synthetic chromophores incorporated into lipid vesicles2022

    • Author(s)
      Hancock Ashley M.、Swainsbury David J.K.、Meredith Sophie A.、Morigaki Kenichi、Hunter C. Neil、Adams Peter G.
    • Journal Title

      Journal of Photochemistry and Photobiology B: Biology

      Volume: 237 Pages: 112585~112585

    • DOI

      10.1016/j.jphotobiol.2022.112585

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Epigenetic-structural changes in X chromosomes promote Xic pairing during early differentiation of mouse embryonic stem cells2022

    • Author(s)
      Komoto Tetsushi、Fujii Masashi、Awazu Akinori
    • Journal Title

      Biophysics and Physicobiology

      Volume: 19 Pages: e190018_1~14

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v19.0018

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Identification of aberrant transcription termination at specific gene loci with DNA hypomethylated transcription termination sites caused by DNA methyltransferase deficiency2022

    • Author(s)
      Shirai Masaki、Nara Takuya、Takahashi Haruko、Takayama Kazuya、Chen Yuan、Hirose Yudai、Fujii Masashi、Awazu Akinori、Shimoda Nobuyoshi、Kikuchi Yutaka
    • Journal Title

      Genes & Genetic Systems

      Volume: 97 Pages: 139~152

    • DOI

      10.1266/ggs.21-00092

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 肺炎球菌の自己融解酵素LytAによる溶菌過程の高速AFM観察2023

    • Author(s)
      太田悠夢、山下隼人、東孝太郎、山口雅也、川端重忠、阿部真之
    • Organizer
      第96回日本細菌学会総会
  • [Presentation] 特徴点マッチングを用いたナノスケールイメージングに向けた自動ドリフト補正システム2023

    • Author(s)
      DIAO ZHUO、上田 啓一、Hou Linfeng、山下 隼人、Custance Oscar、阿部真之
    • Organizer
      第70回応用物理学会春季学術講演会
  • [Presentation] 圧縮センシングを応用した時間短縮SPMの開発2023

    • Author(s)
      上田 啓市、Diao Zhuo、Hou Linfeng、山下 隼人、阿部 真之
    • Organizer
      第70回応用物理学会春季学術講演会
  • [Presentation] 温度可変型高速走査型トンネル顕微鏡の開発2023

    • Author(s)
      秋山 舜、阿部 真之、山下 隼人
    • Organizer
      第70回応用物理学会春季学術講演会
  • [Presentation] Substrate-supported photosynthetic model thylakoid membrane2023

    • Author(s)
      Yuka Kusunoki, Daisuke Takagi, Seiji Akimoto, Sophie A. Meredith, Ashley M. Hancock, Stephen D. Evans, Peter G. Adams, Kenichi Morigaki
    • Organizer
      13th International Workshop on Nanostructures & Nanoelectronics
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 高速走査型プローブ顕微鏡の材料科学への応用2022

    • Author(s)
      山下隼人
    • Organizer
      日本学術振興会ナノプローブテクノロジー第167委員会第102回研究会
    • Invited
  • [Presentation] 光触媒材料上に展開した脂質膜のナノスケール分解過程研究2022

    • Author(s)
      天木里奈、山下隼人、阿部真之
    • Organizer
      応用物理学会関西支部 2022年度 第1回講演会
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡によるレンサ球菌おけ自己融解酵素作用過程の研究2022

    • Author(s)
      太田悠夢、山下隼人、東孝太郎、山口雅也、川端重忠、阿部真之
    • Organizer
      応用物理学会関西支部 2022年度 第1回講演会
  • [Presentation] High-speed AFM observation of the surface structure of Gram-positive bacterial cell and the lysis process by autolysin2022

    • Author(s)
      Hayato Yamashita, Yumu Ota, Kotaro Higashi, Masaya Yamaguchi, Shigetada Kawabata, Masayuki Abe
    • Organizer
      AFM BioMed Conference 2022
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Deciphering the role of the DNA-binding bZIP domain in the dimerization of a light-regulated transcription factor, Photozipper, by High-speed AFM2022

    • Author(s)
      Akihiro Tsuji, Hayato Yamashita, Osamu Hisatomi, Masayuki Abe
    • Organizer
      AFM BioMed Conference 2022
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Single molecule observation of G protein transducin on rhodopsin cluster by high-speed AFM2022

    • Author(s)
      Hayato Yamashita, Akihiro Tsuji, Fumio Hayashi, Kenichi Morigaki, Masashi Fujii, Akinori Awazu, Kazuhiko Hoshikaya, Masayuki Abe
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Dimerization processes of a light-regulated transcription factor, Photozipper, observed by high-speed atomic force microscopy2022

    • Author(s)
      Akihiro Tsuji, Hayato Yamashita, Osamu Hisatomi, Masayuki Abe
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] High-speed AFM observation of the lysis process of Gram-positive bacterial cell by autolysin2022

    • Author(s)
      Yumu Ota, Hayato Yamashita, Kotaro Higashi, Masaya Yamaguchi, Shigetada Kawabata, Masayuki Abe
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 光触媒TiO2上の脂質膜の紫外線照射に伴う分解過程の研究2022

    • Author(s)
      天木里奈、山下隼人、久冨修、阿部真之
    • Organizer
      日本金属学会2022年秋期講演大会
  • [Presentation] Automatic Thermal Drift Compensation for Scanning Probe Microscopy Using the Feature Point Extraction2022

    • Author(s)
      Diao Zhuo, Ueda Keiichi, Hou Linfeng, Hayato Yamashita, Oscar Custance, Masayuki Abe
    • Organizer
      14th International Symposium on Atomic Level Characterizations for New Materials and Devices '22
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Micropatterned model membrane composed of polymerized and natural lipid bilayers2022

    • Author(s)
      森垣憲一
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
    • Invited
  • [Presentation] パターン化人工膜へのエクソソーム導入技術の開発2022

    • Author(s)
      吉村 優, 杉町 純音, 林 文夫, 廣澤 幸一朗, 笠井 倫志, 鈴木 健一, 森垣 憲一
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Reconstitution of photoreceptor rhodopsin into a patterned model membrane using peptide nanodisc2022

    • Author(s)
      Masato Koezuka, Fuko Kueda, Fumio Hayashi, Kenichi Morigaki
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Micropatterned model membrane platform for physicochemical and functional analysis of membrane proteins2022

    • Author(s)
      森垣憲一
    • Organizer
      第95回日本生化学会年会
    • Invited
  • [Presentation] 固体基板表面におけるパターン化人工生体膜の創成2022

    • Author(s)
      森垣憲一
    • Organizer
      生体膜デザインコンファレンス
    • Invited
  • [Presentation] ウニ胚の細胞骨格分布極性に起因する外腸胚形成2022

    • Author(s)
      渡辺 開智、安井 優平、黒瀬 友太、坂本 尚昭、粟津 暁紀
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] マウス胚性幹細胞の初期分化過程におけるX染色体のエピゲノム構造変化はXic対合を促進する2022

    • Author(s)
      小本 哲史、藤井 雅史、粟津 暁紀
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 核スペックルの構造形成・動態のシミュレーション2022

    • Author(s)
      若尾 真吾、藤井 雅史、粟津 暁紀
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
  • [Remarks] 大阪大学大学院基礎工学研究科附属極限科学センター・先端エレクトロニクス研究部門

    • URL

      http://www.ae.stec.es.osaka-u.ac.jp/wp/

  • [Remarks] Researchmap

    • URL

      https://researchmap.jp/10595440

  • [Patent(Industrial Property Rights)] エクソソーム膜結合分子の解析方法2022

    • Inventor(s)
      森垣憲一、鈴木健一、笠井倫志、廣澤幸一朗
    • Industrial Property Rights Holder
      神戸大学、岐阜大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2022-132291

URL: 

Published: 2023-12-25  

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