2022 Fiscal Year Annual Research Report
Deciphering colorectal carcinogenesis by the genomic analysis of colorectal epithelial cells
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20H03513
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
垣内 伸之 京都大学, 白眉センター, 特定准教授 (90839721)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
妹尾 浩 京都大学, 医学研究科, 教授 (90335266)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | 大腸がん / クローン進化 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究ではヒトの生涯の間に正常大腸上皮細胞がどのような遺伝子変異を獲得し、クローン拡大ないし自然淘汰されるのかを明らかにする。また、初期から進行期までの大腸腫瘍性病変を高精細に解析し、腫瘍進化の過程における遺伝子変異クローンの自然選択の詳細を明らかにする。この目標を達成するため、本研究は①正常大腸粘膜のゲノム解析、②初期良性腫瘍のゲノム解析、③大腸がんの解析、④機能解析から成る。研究初年度にあたる2021年度は研究項目①～③を実施した。ゲノム解析のための十分な検体収集と、微量検体からの正確なゲノム解析のための技術的基盤の確立を継続し、解析結果から機能解析のための実験を実施した。
研究項目① 正常大腸粘膜のゲノム解析…一定面積からより高効率に陰窩を単離する方法として、ヒストアクリルによる接着、EDTAによる上皮-規定膜間接着阻害、アセトンによるヒストアクリル分解を組み合わせた新たな陰窩単離法を開発した。これにより、従来よりもより高効率に、より広い面積の大腸上皮を安定して解析可能になった。さらに、エラー訂正技術を用いて低アレル頻度遺伝子変異を検出可能にした。
研究項目② 初期良性腫瘍のゲノム解析…前年度から引き続き、大腸腺腫および異型陰窩を採取し、検体を蓄積した。
研究項目③ 大腸がんの解析…既報で公開された大腸がん網羅的解析データでは、シーケンス深度が不足するため新たにデータを取得する必要が生じた。このため、大腸がん検体をより高深度で全エクソン解析を行った。これにより自然選択された遺伝子の同定に成功した。
研究項目④ ヒト大腸癌細胞株を用いて、研究項目③で見出した遺伝子についてCRISPRスクリーニング実験を実施した。
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| Research Progress Status |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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