2020 Fiscal Year Research-status Report
Exploring genomic signatures of Ryukyu-ayu to inform the survival of an endangered fish species
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20K06191
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| Research Institution | Tokai University |
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Principal Investigator |
武島 弘彦 東海大学, 海洋学部, 特定研究員 (50573086)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
安房田 智司 大阪市立大学, 大学院理学研究科, 准教授 (60569002)
橋口 康之 大阪医科大学, 医学部, 講師 (70436517)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | 絶滅危惧種 / 集団ゲノミクス / 魚類 / リュウキュウアユ / アユ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
絶滅危惧生物では，遺伝的多様性の低下が絶滅リスクを高めると予想されるが，一部の絶滅危惧種は長期間存続してきた．本研究は，アユの亜種リュウキュウアユを絶滅危惧魚類のモデルとして，（１）高深度で個体レベル，ならびに低深度で集団レベルのゲノム情報を解読し（２）個体/集団のゲノム・データを，集団サイズの大きい日本のアユ集団と比較解析することから，魚類では殆ど進んでいない，絶滅危惧集団の存続に不可欠な遺伝的特性を解明することを目的としている．
初年度である本年度は，（１）に関しては，次世代シーケンスのライブラリを低価格で作成できる方法，Hackflex 法（Gaio et al. 2019）の予備実験を行い，低価格実験系を確立できた．（２）に関しては，既に得られている奄美東部のリュウキュウアユ 1 個体の全ゲノム・アセンブリ・データの改善のために，新たなパイプラインを適用し再解析を行ったところ，これまで以上の高品質な全ゲノム・アセンブリが完成した（ゲノムサイズ：約 500 Mbp, N50：5.4 Mbp）．
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
4: Progress in research has been delayed.
Reason
基本的に当初の目的にそって研究を遂行しているものの，新型コロナウィルスによる社会的混乱の影響もあり，（１）低価格実験系は確立できたが，高深度の個体レベル，ならびに低深度の集団レベルのゲノム解読は実施できなかった．（２）ゲノム・データが取得できなかったため，個体レベル・集団レベルのデータ解析が未着手である．
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| Strategy for Future Research Activity |
次年度は，初年度に確立できた低価格実験法の適用により，（１）高深度の個体レベル，ならびに低深度の集団レベルのゲノム解読を実施する．（２）ゲノム・データが得られた時点で，改善された高品質のリュウキュウアユ・ゲノム・リファレンスを基盤として，速やかにデータ解析を進め，絶滅危惧集団の存続に不可欠な遺伝的特性を解明する．
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| Causes of Carryover |
初年度は，低価格実験系は確立できたものの，高深度の個体レベル，ならびに低深度の集団レベルのゲノム解読が実施できなかった．次年度は，確立した実験系の適用により，速やかにゲノムデータを取得し，得られたデータの解析に着手する．
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