2023 Fiscal Year Research-status Report
Exploring genomic signatures of Ryukyu-ayu to inform the survival of an endangered fish species
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20K06191
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| Research Institution | Fukui Prefectural University |
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Principal Investigator |
武島 弘彦 福井県立大学, 海洋生物資源学部, 客員研究員 (50573086)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
安房田 智司 大阪公立大学, 大学院理学研究科, 教授 (60569002)
橋口 康之 大阪医科薬科大学, 医学部, 准教授 (70436517)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2025-03-31
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| Keywords | 絶滅危惧種 / 集団ゲノミクス / 魚類 / リュウキュウアユ / アユ / 存続 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
絶滅危惧種では，近親交配に伴う遺伝的多様性の低下が絶滅リスクを高めるものの，絶滅危惧種の一部は長期間存続してきた．本研究では，魚類の絶滅危惧種，アユの亜種リュウキュウアユをモデルとして，（１）高深度で個体レベル，ならびに低深度で集団レベルのゲノム情報を解読する．（２）得られた個体/集団のゲノム・データについて，集団サイズの大きい日本のアユ集団との比較から，魚類ではほとんど進んでいない，絶滅危惧種の存続に不可欠な遺伝的特性の解明を目的としている．
第４年度である本年度は，（２）に関して，４つの地域集団，リュウキュウアユの奄美東部ならびに奄美西部，日本本土のアユと琵琶湖アユから得られた低深度データに基づき，比較集団ゲノミクス解析を進めた．これまでに，Tajima's Dや，塩基多様度の比較検討から，リュウキュウアユの２集団では，「生体防御」や「mRNAの品質管理機構」に関連する遺伝子が含まれるゲノム領域にて，「平衡選択」の影響下にあることが分かっていたが，新たに「グリセロ脂質の代謝」や「副甲状腺ホルモン合成」などに関わる遺伝子領域が平衡選択にあることが検出された．
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
4: Progress in research has been delayed.
Reason
新型コロナウィルスの感染拡大により生じた，初年度から第４年度までの計画の遅れを挽回するべくデータ解析を進めた．種々のデータ解析を実施できる状況は整っていたものの，解析の一部については次年度に繰り越すこととなり，研究成果のとりまとめが遅れている．
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| Strategy for Future Research Activity |
データ解析から見いだされた，絶滅危惧集団に特徴的な遺伝的特性について，未着手のデータ解析手法の適用を進めて，さらに検討を進めると共に，研究成果のとりまとめを進める．
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| Causes of Carryover |
初年度の新型コロナウィルスの感染拡大や，第３年度の予期せぬ異動により生じた，実験計画の遅れを挽回するべく第４年度の研究を進めたものの，データ解析ならびに研究成果のとりまとめを，次年度に繰り越すこととなったため．
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