2020 Fiscal Year Research-status Report
MAFFT多重配列アラインメントプログラムの機能拡張
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20K06767
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
加藤 和貴 大阪大学, 微生物病研究所, 准教授 (70378868)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | 多重配列アラインメント / 分子進化 / ロングリードシークエンサ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は多重配列アラインメントプログラムMAFFTの継続的開発を目的とする。
* 今年度は、コロナウイルスゲノム配列の解析にMAFFTプログラムがよく利用された。この問題のように配列が長く類似度の高いデータのアラインメントには通常の多重配列アラインメントより簡単なアルゴリズムが適しているので、そのためのオプションを、オンラインサービスとして使いやすくした。
* 上の作業の過程で、SARS-CoV-2のSタンパク質について分子進化学的に興味深い点に気づいたので、当初予定していなかった分子進化学的解析を進めた。このウイルスに近縁でコウモリやセンザンコウに感染するウイルスが知られているが、それらのSタンパク質の配列上アミノ酸置換の多く見られる座位においては、ヒトに感染する系統でも置換が多くみられた。特に、複数の変異株で共通して見られる変異の位置とある程度一致した。これらの座位において、宿主の免疫系から逃れるような適応的なアミノ置換が繰り返されている可能性を検討し、その結果をまとめて雑誌に投稿した。
* 当初の予定通り、ロングリードシークエンサのデータ解析について産総研 Martin C. Frith博士による lamassemble プログラムの開発に協力し、この方法を記述する論文 (Frith, Mitsuhashi, Katoh 2021) を公表した。いくつかの応用にも協力した。
* 多重配列アラインメントに関するいろいろなツールの解説をまとめた書籍 Multiple Sequence Alignment を編集した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
今年度当初の計画では巨大な数の配列からなるアラインメントへの対応を進める予定であったが、コロナウイルスの解析支援から派生した予定外の問題の解析を先に行っている。
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| Strategy for Future Research Activity |
多重配列アラインメントの応用として、予定外のコロナウイルスの配列解析を進めているが、当初から予定していた、DNA polymerase delta に関する分子進化学的解析も行う予定である。
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| Causes of Carryover |
旅費: 出張が予定より減ったため。
物品費: 他の予算で消耗品を購入したため。
次年度以降、計算機を購入する予定。
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