2020 Fiscal Year Research-status Report
Construction of molecular evolution model for genes derived from endogenous retroviruses
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20K06775
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| Research Institution | Tokai University |
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Principal Investigator |
中川 草 東海大学, 医学部, 講師 (70510014)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
坂口 翔一 大阪医科大学, 医学部, 助教 (20815279)
宮沢 孝幸 京都大学, ウイルス・再生医科学研究所, 准教授 (80282705)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | 内在性レトロウイルス / ゲノム進化 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、ウイルスゲノムが宿主ゲノムに水平伝播した配列（内在性ウイルス配列）が、宿主で機能遺伝子となった場合の進化モデルを構築する。特にヒト胎盤発生時に重要なsyncytin-1を例として、受容体として機能するASCT2とASCT1について、ヒトを含めた霊長類で網羅的に同定し、その配列の特徴を解析した。その結果、syncytin-1は類人猿ではすべて保存されていたが、旧世界ザルの系統では途中に終止コドンが入っていたために、完全長のものは存在しなかったが、一方でほぼ同等の長さをもつものもいくつかの種であることがわかった。また、受容体については、ASCT1と比較してASCT2のほうが挿入・欠失変異があるなど、そのアミノ酸配列は多様であった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
新型コロナウイルス流行の関係で、全般的に研究の進行が遅くなっている。そのため、研究目標を修正し、まずは霊長類のsyncytin-1とASCT2/1、そしてsyncytin-2とMFSD2aの相互作用に関して、それぞれの種内での相互作用、種を超えた場合の相互作用について解析を行った。現在までにsyncytin-1、そしてASCT2とASCT1について、ヒトを含めた霊長類で網羅的に同定し、その配列の特徴を解析した。
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| Strategy for Future Research Activity |
現在syncytin-1、そしてASTC2、ASTC 1についてそれぞれ淘汰の解析を行う。また、各霊長類でそれぞれfusion assayを行う。その際に、ASCT2、ASTC 1を受容体としてつかうレトロウイルスの膜タンパク質との相互作用についても評価を行う予定である。また、syncytin-2とMFSD2aについても同様の解析を進行する予定である。
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| Causes of Carryover |
新型コロナウイルス流行の関係で、全般的に研究の進行が遅くなってしまった。特にウイルス由来の遺伝子を用いた実験を行う解析については、次年度に持ち越すことになった。また、学会・打ち合わせもキャンセル、もしくはオンラインへの切り替えがあったため、使用した金額に変更が生じた。
次年度は今年度実施できなかった実験的に細胞融合能を調べる解析を行う予定である。また、学会等もオンライン形式のものが増えているので、そちらで成果を発表する予定である。
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[Journal Article] Comprehensive genomic analysis reveals dynamic evolution of endogenous retroviruses that code for retroviral-like protein domains.2020
Author(s)
Ueda, M.T., Kryukov, K., Mitsuhash, S, Mitsuhash, H, Imanishi, T, Nakagawa, S.
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Journal Title
Mobile DNA
Volume: 11
Pages: 29
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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