2021 Fiscal Year Research-status Report
Development of clinical micropeptidome in cancer tissues
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20K07333
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| Research Institution | Aichi Cancer Center Research Institute |
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Principal Investigator |
阿部 雄一 愛知県がんセンター(研究所), 分子診断TR分野, 主任研究員 (30731632)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
田口 歩 愛知県がんセンター(研究所), 分子診断TR分野, 分野長 (50817567)
山口 類 愛知県がんセンター(研究所), システム解析学分野, 分野長 (90380675)
松井 佑介 名古屋大学, 医学系研究科(保健), 准教授 (90761495)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | マイクロペプチド / 癌 / 癌特異的抗原 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
次世代シーケンサーをの発展とともに15万種超のlncRNA由来マイクロペプチドが予測された一方で、質量分析計で測定されたヒトプロテオームマップでは、同定lncRNA由来マイクロペプチドはわずか9種類だった。マイクロペプチドの分解等の影響を加味しても、これらデータ間の乖離は大きく、実験バイアスによる顕著な同定数低下が示唆された。代表者はこれまでに構築した超高感度プロトコルをマイクロペプチド同定に応用し、内視鏡検体から11種のマイクロペプチドの同定に成功し、その内4種はがん部で有意な発現低下、2種は発現増加を示すことを明らかにした。この結果を踏まえて、これまでに細胞Lysateからの特異的なマイクロペプチド濃縮条件の検討を行ってきた。
培養細胞Lysateからのマイクロペプチド分離条件の検討を進め、Micropeptideを含む低分子タンパク質の濃縮条件最適化を行った。現在、質量分析計側の測定条件の最適化を進めている。またHLAリガンドーム解析の前処理については、タンパク質液体クロマトグラフィーの導入を進めた結果、HLAリガンドのさらなる精製・分画に成功し、HLAリガンド測定の高感度化に成功した。
HLAリガンドの同定アルゴリズムについては、2021年度に導入したThermoScientific社タンパク質サーチエンジンと、De novo peptide sequencingサーチエンジンを組み合わせる事で、通常のヒトタンパク質アミノ酸にMatchするHLAリガンドを単一細胞株から6500超同定することに成功した。現在、共同研究者とマイクロペプチド由来リガンドや、ネオアンチゲン同定の可能なプロテオゲノミクスパイプラインを構築中であり、HLAリガンド同定のさらなる高深度化を目指している。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
HLAリガンド測定についてはサンプル前処理環境が整えられたため、2021年度に大きく進捗があった。同時にHLAリガンド同定に関するバイオインフォマティクス環境構築も大きく進捗があった。一方、培養細胞Lysateからのマイクロペプチド分離については測定条件の最適化がまだ完了していないため、次年度以降の課題といえる。
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| Strategy for Future Research Activity |
2022年度は、PDX癌検体の全細胞Lysate・HLA提示リガンド濃縮画分それぞれで、マイクロペプチドの同定を試みる。更に、別プロジェクトで測定された患者末梢血単核球から得たエクソーム配列、PDX癌検体から得たmRNA発現情報にもとづき、各患者におけるPersonalizedタンパク質アミノ酸配列ファイルを作成する。このPersonalizedタンパク質アミノ酸配列ファイルと共同研究者と構築するプロテオゲノミクスパイプラインを組み合わせ、質量分析計測定データから各患者で特徴的なマイクロペプチド発現プロファイルを明らかにする。更に、HLA class1リガンドーム測定結果についても同様のパイプラインで解析を実施し、各患者特有のマイクロペプチド発現とHLAリガンド提示マイクロペプチドの相関を検討する。もし患者の癌手術検体からペアとなる腫瘍浸潤リンパ球が樹立できている場合は、患者特有のHLA提示マイクロペプチドによって腫瘍浸潤リンパ球が活性化されるかどうかも、あわせて検討する。
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| Causes of Carryover |
一部の受託解析を2022年度へ延期させたため、その金額を次年度使用額として登録した。
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[Journal Article] Intestinal microbe-dependent ω3 lipid metabolite αKetoA prevents inflammatory diseases in mice and cynomolgus macaques2022
Author(s)
Nagatake Takahiro, Kishino Shigenobu, Urano Emiko, Murakami Haruka, Kitamura Nahoko, Konishi Kana, Ohno Harumi, Tiwari Prabha, Morimoto Sakiko, Node Eri, Adachi Jun, Abe Yuichi et al
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Journal Title
Mucosal Immunology
Volume: 15
Pages: 289～300
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Possible Therapeutic Strategy Involving the Purine Synthesis Pathway Regulated by ITK in Tongue Squamous Cell Carcinoma2021
Author(s)
Onidani Kaoru, Miura Nami, Sugiura Yuki, Abe Yuichi, Watabe Yukio, Kakuya Takanori, Mori Taisuke, Yoshimoto Seiichi, Adachi Jun, Kiyoi Takao, Kabe Yasuaki, Suematsu Makoto, Tomonaga Takeshi, Shibahara Takahiko, Honda Kazufumi
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Journal Title
Cancers
Volume: 13
Pages: 3333～3333
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Identification of Blood-Based Biomarkers for the Prediction of the Response to Neoadjuvant Chemoradiation in Rectal Cancer2021
Author(s)
Dayde Delphine, Gunther Jillian, Hirayama Yutaka, Weksberg David C., Boutin Adam, Parhy Gargy, Aguilar-Bonavides Clemente, Wang Hong, Katayama Hiroyuki, Abe Yuichi…, Taguchi Ayumu
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Journal Title
Cancers
Volume: 13
Pages: 3642～3642
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Pharmacological Inhibition of miR-130 Family Suppresses Bladder Tumor Growth by Targeting Various Oncogenic Pathways via PTPN12021
Author(s)
Monoe Yuya, Jingushi Kentaro, Kawase Akitaka, Hirono Takayuki, Hirose Ryo, Nakatsuji Yoshino, Kitae Kaori, Ueda Yuko, Hase Hiroaki, Abe Yuichi, Adachi Jun, Tomonaga Takeshi, Tsujikawa Kazutake
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Journal Title
International Journal of Molecular Sciences
Volume: 22
Pages: 4751～4751
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] 12-Hydroxyeicosapentaenoic acid inhibits foam cell formation and ameliorates high-fat diet-induced pathology of atherosclerosis in mice2021
Author(s)
Nagatake Takahiro, Shibata Yuki, Morimoto Sakiko, Node Eri, Sawane Kento, Hirata So-ichiro, Adachi Jun, Abe Yuichi, Isoyama Junko, Saika Azusa, Hosomi Koji, Tomonaga Takeshi, Kunisawa Jun
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Journal Title
Scientific Reports
Volume: 11
Pages: -
DOI
Peer Reviewed
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