2021 Fiscal Year Research-status Report
疾患関連ゲノム領域に潜む人種差から迫る緑内障発症機序解明に向けたマルチオミクス
Project/Area Number |
20K07343
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Research Institution | Kyoto Prefectural University of Medicine |
Principal Investigator |
中野 正和 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (70381944)
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Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
田代 啓 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (10263097)
徳田 雄市 京都府立医科大学, 医学部, 研究員 (40833661)
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Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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Keywords | マルチオミクス / 緑内障 / 人種差 |
Outline of Annual Research Achievements |
緑内障は視野欠損が不可逆的に進行することによって失明に至る眼疾患である。緑内障の病型の一つである落屑緑内障については、目の組織を構成するエラスチンの重合酵素をコードする遺伝子(LOXL1)上の配列の違い(バリアント)が疾患に関連することが報告されている。しかし、疾患のリスクを規定するバリアントのアレルが日本人と白人とで逆転していることが判明したことから、LOXL1以外の関連分子の存在が強く示唆されている。そこで本研究では、日本人検体を用いたマルチオミクスを実施し、LOXL1周辺領域の配列情報や転写産物を精査することによって、落屑緑内障の発症機序を明らかにすることを目的とする。 昨年度までに、次世代シーケンサーによりLOXL1領域(500 Kb)をヒトゲノムから濃縮し、リシークエンス解析するための準備を完了した。標的配列濃縮法としては、Twist Bioscience社がキット化しているカバー率と均質性に定評のある溶液中でのハイブリダイゼーションに基づく方法を採用した。本キットを用いてLOXL1領域を濃縮するためのプローブをin silicoのプログラムを用いて設計したところ、500 Kbにわたる領域のカバー率は約85.6%という結果が得られ、他社のキットに比べて高い成績が得られた。 現在は、リシークエンス解析に供する総計96検体(LOXL1バリアントのリスクアレルを保有する検体と保有しない検体をそれぞれ48症例分)の選定を終え、濃縮実験および次世代シーケンサー用ライブラリーの作製に移行しつつある段階である。
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Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
本研究期間内に研究代表者がかつてJSTの支援を受けて整備し、本研究のリシークエンス解析に用いる血液検体やゲノムDNA、トランスクリプトーム解析に用いる眼組織を保管している超低温フリーザーが壊れてしまったため、本年度の予算で新しい超低温フリーザーを購入した。そのため、次世代シーケンサーによるリシークエンスデータ取得に必要な費用を次年度に計上することにしため、データ取得が当初の計画よりも遅れている。
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Strategy for Future Research Activity |
LOXL1領域をヒトゲノムから濃縮した後に速やかにシークエンスデータを取得する。取得したデータに基づき、LOXL1バリアントのリスクアレル保有の有無によるLOXL近傍の遺伝子群やゲノム配列のバリアントの差異をin silicoツールを活用して解析する。同定されたバリアントの性質に応じてバリアントの生物学的機能の解析を実施する。並行して落屑緑内障患者由来の眼組織 のトランスクリプトームデータの取得も目指す。
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Causes of Carryover |
本研究期間内に研究代表者がかつてJSTの支援を受けて整備した血液検体やゲノムDNA、組織を保管している超低温フリーザーが壊れてしまったため、本年度の予算で新しい超低温フリーザーを購入した。そのため、本年度に実施予定であった次世代シーケンサーを用いたリシークエンスデータ取得用の消耗品を購入することができず、残金を次年度に持ち越し、次年度の予算と併せて改めて購入することとした。
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[Presentation] 非緑内障者における眼圧季節変動の検討2021
Author(s)
池田陽子, 森和彦, 上野盛夫, 吉井健悟, 中野正和, 佐藤隆一, 大見奈津江, 丸山悠子, 佐藤史子, 今井浩二郎、外園千恵, 木下茂
Organizer
第75回日本臨床眼科学会総会
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[Presentation] Trend of continuous intraocular pressure decrease over a 20-year period in Japanese normal tension glaucoma patients2021
Author(s)
Ikeda Y, Mori K, Ueno M, Yoshii K, Nakano M, Sato R, Sato F, Maruyama Y, Omi N, Imai K, Yamamoto Y, Yamasaki T, Tashiro K, Sotozono C, Kinoshita S
Organizer
Annual Meeting of the Association for Research in Vision and Ophthalmology
Int'l Joint Research
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[Presentation] 正常者における前房隅角形状の10年の年代別変化2021
Author(s)
池田陽子, 森和彦, 吉井健悟, 上野盛夫, 丸山悠子, 中野正和, 佐藤隆一, 大見奈津江, 今井浩二郎、山本雄士, 田代啓, 外園千恵, 木下茂
Organizer
第125回日本眼科学会総会