Molecular mechanisms for resistance to kinase inhibitors in soft tisuue sarcomas

2022 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 20K07415
• Research Institution: Juntendo University
• Principal Investigator: 齋藤 剛 順天堂大学, 医学部, 先任准教授 (80439736)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 末原 義之 順天堂大学, 医学部, 客員教授 (70509405)
• Project Period (FY): 2020-04-01 – 2024-03-31
• Keywords: 軟部肉腫 / 融合遺伝子 / チロシンキナーゼ受容体 / 免疫染色 / 遺伝子発現

Outline of Annual Research Achievements

染色体非転座型の肉腫検体から得られたRNAシークエンスデータを解析し、従来は融合遺伝子陰性腫瘍とされてきた肉腫の中に相当数（15%程度）のチロシンキナーゼ受容体を含む融合遺伝子を有するものが存在することを見出した。多くはout-of-frameであったが、一部はin-frame fusionであったことから、融合遺伝子形成に繋がる染色体転座という現象は実際のところかなり多くの肉腫で起こっていることが推察された。一方、in-frame fusionについては、RT-PCRによる融合遺伝子の確認とともに融合遺伝子に含まれるチロシンキナーゼ受容体のタンパク質発現を免疫染色でも確認することが出来た。これらのチロシンキナーゼ受容体を含む融合遺伝子については、一部について機能解析も行い、腫瘍形成能やチロシンキナーゼ阻害剤による抗腫瘍効果についても確認した。研究成果の一部は学術論文として投稿中である。
また一方で、チロシンキナーゼ受容体に対する有用な免疫染色抗体がないため見過ごされていたが、前年度までの研究により肉腫にもチロシンキナーゼ受容体を含む融合遺伝子腫瘍が潜んでいる可能性が示唆された。今年度はチロシンキナーゼ受容体を含む融合遺伝子の効率的な検出方法について探索し、その１つにNanoStringを用いたRNAレベルでの遺伝子発現不均衡解析を試みた。これはチロシンキナーゼ受容体遺伝子の5'-サイドと3'-サイドに各々プローブ設定を行い、その発現量の違いを調べることから融合遺伝子形成の可能性を探索するものであるが、融合遺伝子形成の多様性からこの解析方法では検出出来ないような例や偽陽性となってくる症例もかなりあることもわかり、融合遺伝子形成の最終産物としての免疫染色による検出方法に加え、遺伝子発現不均衡解析にもプローブ設定の位置や数について次年度に向けて修正を加えていく必要性を感じている。

Current Status of Research Progress

4: Progress in research has been delayed.

Reason

チロシンキナーゼ受容体を含む融合遺伝子陽性軟部肉腫あるいはチロシンキナーゼ受容体異常を含む軟部肉腫の集積が、希少癌であるため困難であるため。少しずつ症例を集積している。

Strategy for Future Research Activity

Tissue microarrayと多数のチロシンキナーゼ受容体に対する免疫染色を用いた方法で網羅的に検索をかける方法を使用し、陽性疑いの症例を抽出している。

Causes of Carryover

今後抽出されてくる融合遺伝子形成の疑われる症例に対するRNAシークエンス費用として考えているため。