2020 Fiscal Year Research-status Report
ドライバー変異が惹起する発癌経路に基づいた血中新規バイオマーカーの探索
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20K07671
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Research Institution | Center for Clinical and Biomedical Research, Sapporo Higashi Tokushukai Hospital |
Principal Investigator |
小野 裕介 医療法人徳洲会札幌東徳洲会病院医学研究所, ゲノム診断研究部, 部門長 (40742648)
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Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
水上 裕輔 旭川医科大学, 医学部, 教授 (30400089)
唐崎 秀則 医療法人徳洲会札幌東徳洲会病院医学研究所, がん生物研究部, 客員研究員 (50374806)
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Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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Keywords | がん早期発見 / リキッドバイオプシー / 遊離核酸 / バイオマーカー |
Outline of Annual Research Achievements |
1)これまでに血中cfDNAについてのデジタルPCR二次元マルチプレックス展開によるKRAS・GNAS遺伝子の膵癌におけるホットスポット変異(KRASコドン12、GNASコドン201変異)の同定解析系を構築していた。この系を改良し、微量の検体においても検出率を上げるための前増幅系についての条件検討(酵素、PCR条件)を行った。構築した前増幅系により膵癌EUS-FNA(超音波内視鏡下穿刺吸引法)検査に用いた生検針の洗い液より採取した微量組織からの高率な変異検出に成功した。得られた二次元マルチプレックスデジタルPCRの結果についての学術論文を投稿準備中である。2)血中遊離RNA(cfRNA)の変異解析、および発現プロファイリング解析を行う予備実験として、細胞培養上清より抽出した遊離RNAを疑似検体とした精製・検出プロトコールの検討を行った。約106個の細胞培養上清より抽出された遊離RNAは非常に微量であり、断片長も短く数10 bpにそのピークを認めた。膵癌由来細胞株の培養上清から得られた遊離RNAを用いて、デジタルPCRを用いたKRAS変異検出を行うための前増幅系を構築した。さらにバイオマーカーの検討として膵癌特異的に発現すると考えられる既知のlncRNAの検出を試みた。3)倫理承認済みの臨床研究「血液を使った低侵襲的な癌の診断に関わる研究」において登録された膵癌・IPMN症例の中から特徴的な症例について組織病理像とターゲットパネルシーケンスによる詳細な組織遺伝子プロファイルを評価した。
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Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
申請時において2020年度には、1) 改良した変異同定解析系による、cfDNAを用いた変異解析 2)遊離RNAの単離に関する予備実験。3)対象疾患についてのIPMN病理像再評価、の3点を進めることを計画していた。上記概要にて述べたようにそれぞれの点について実験・評価が進展しており、特に1)では微量検体を用いたデジタルPCR二次元マルチプレックスの前増幅プロトコールに関する学術論文を投稿準備中である。
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Strategy for Future Research Activity |
1)マルチプレックス解析系を用いた臨床検体については、微量生検については変異解析データの蓄積が進んでいるが、血中cfDNAの再解析と臨床データとの経時的分析については2021年度に重点的に進めて行く予定である。またマルチプレックス解析の前増幅プロトコール論文の採択を2021年度に目指す。2) 培養上清をモデルとしたcfRNAの精製に関しては解析に十分な収量を抽出できたとはいえず、またデジタルPCRを用いたRNA検出系についても特異度が極めて高い系を目指す必要があると考えられるため、条件検討を継続する。系が構築されたら血漿cfDNAからの検出を試みる。また、ゲノム編集により取得した膵癌細胞株におけるRNA-seqを実施し、その結果変動が大きな遺伝子について培養上清・血漿cfDNAでの検出と比較解析を進める。膵癌特異的なNon-codingのRNAバイオマーカー候補についてもcfRNAからの検出を引き続き検討する。
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Causes of Carryover |
2020年度に予定していた臨床検体を用いた解析が、まだあまり行われておらず、2021年度に重点的に行うことにしため、予算を繰り越した。
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[Journal Article] Intracholecystic papillary neoplasm arising in the cystic duct and extending into common bile duct: a case report.2021
Author(s)
Masahiro I, Masamichi M, Yasutaka A, Shuichi A, Tatsuo H, Tatsuyuki T, Kei K, Kunihiro M, Masaharu I, Hideo O, Kei N, Hiroki H, Takanori M, Takashi K, Kiyoshi K, Atsushi K, Atsushi M, Yuko O, Yusuke O, Yusuke M, Toru F, Michiaki U.
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Journal Title
Clinical journal of gastroenterology
Volume: 2
Pages: 668-677
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Time-saving method for directly amplifying and capturing a minimal amount of pancreatic tumor-derived mutations from fine-needle aspirates using digital PCR2020
Author(s)
Yusuke Ono, Akihiro Hayashi, Chiho Maeda, Mayumi Suzuki, Reona Wada, Hiroki Sato, Hidemasa Kawabata, Tetsuhiro Okada, Takuma Goto, Hidenori Karasaki, Yusuke Mizukami, Toshikatsu Okumura
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Journal Title
Scientific Reports
Volume: 10
Pages: -
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Digital PCR-based plasma cell-free DNA mutation analysis for early-stage pancreatic tumor diagnosis and surveillance2020
Author(s)
Okada T, Mizukami Y, Ono Y, Sato H, Hayashi A, Kawabata H, Koizumi K, Masuda S, Teshima S, Takahashi K, Katanuma A, Omori Y, Iwano H, Yamada M, Yokochi T, Asahara S, Kawakubo K, Kuwatani M, Sakamoto N, Enomoto K, Goto T, Sasajima J, Fujiya M, Ueda J, Matsumoto S, Taniue K, Sugitani A, Karasaki H, Okumura T
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Journal Title
J Gastroenterol
Volume: 55
Pages: 1183-1193
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Resection for pancreatic cancer metastases contributes to survival2020
Author(s)
Hiroki Sato, Junpei Sasajima, Tetsuhiro Okada, Akihiro Hayashi, Hidemasa Kawabata, Takuma Goto, Kazuya Koizumi, Nobue Tamamura, Hiroki Tanabe, Mikihiro Fujiya, Shin-ichi Chiba, Mishie Tanino, Yusuke Ono, Yusuke Mizukami, Toshikatsu Okumura
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Journal Title
Medicine
Volume: 99
Pages: e20564
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Genetic alteration of colorectal adenoma‐carcinoma sequence among gastric adenocarcinoma and dysplastic lesions in a patient with attenuated familial adenomatous polyposis2020
Author(s)
Hiroki Tanabe, Kentaro Moriichi, Keitaro Takahashi, Yusuke Ono, Yu Kobayashi, Yuki Murakami, Takuya Iwama, Takehito Kunogi, Takahiro Sasaki, Katsuyoshi Ando, Nobuhiro Ueno, Shin Kashima, Hidehiro Takei, Yusuke Mizukami, Mikihiro Fujiya, Toshikatsu Okumura
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Journal Title
Molecular Genetics & Genomic Medicine
Volume: 8
Pages: e1348
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Serrated adenomas with a BRAF mutation in a young patient with familial adenomatous polyposis.2020
Author(s)
Kentaro Moriichi, Hiroki Tanabe, Yusuke Ono, Yu Kobayashi, Yuki Murakami, Takuya Iwama, Takehito Kunogi, Takahiro Sasaki, Keitaro Takahashi, Katsuyoshi Ando, Nobuhiro Ueno, Shin Kashima, Hidehiro Takei, Yusuke Mizukami, Mikihiro Fujiya, Toshikatsu Okumura
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Journal Title
International journal of colorectal disease
Volume: 35
Pages: 1967-1972
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Metachronous intraductal papillary mucinous neoplasms disseminate via the pancreatic duct following resection.2020
Author(s)
Kazumasa Nagai, Yusuke Mizukami, Yuko Omori, Toshifumi Kin, Kei Yane, Kuniyuki Takahashi, Yusuke Ono, Ayumu Sugitani, Hidenori Karasaki, Toshiya Shinohara, Toru Furukawa, Tsuyoshi Hayashi, Toshikatsu Okumura, Hiroyuki Maguchi, Akio Katanuma
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Journal Title
Modern pathology
Volume: 33
Pages: 971-980
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Genetic Tracing of Clonal Expansion and Progression of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma: A Case Report and Multi-Region Sequencing Analysis.2020
Author(s)
Shion Tachibana, Yusuke Mizukami, Yusuke Ono, Yuya Sugiyama, Tetsuhiro Okada, Arisa Kitazaki, Junpei Sasajima, Motoya Tominaga, Jun Sakamoto, Keisuke Kimura, Yuko Omori, Toru Furukawa, Taichi Kimura, Shinya Tanaka, Kazuo Nagashima, Hidenori Karasaki, Tomoyuki Ohta, Toshikatsu Okumura
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Journal Title
Frontiers in oncology
Volume: 10
Pages: -
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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