2021 Fiscal Year Research-status Report
The impact of viral sequence on the pathological status of the post-antiviral therapeutic liver analyzed by single molecular sequencing.
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20K08281
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| Research Institution | University of Yamanashi |
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Principal Investigator |
前川 伸哉 山梨大学, 大学院総合研究部, 講師 (70397298)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | ウイルスゲノム / 1分子シークエンシング / HCV / HBV / ウイルス制御後の病態進展 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
●抗ウイルス治療による肝炎ウイルス制御が可能となった今日において、肝癌症例は未だ十分な減少を認めておらず、またウイルス制御後に肝硬変が進展する 症例が存在するが、肝炎ウイルス制御下においても、治療前のウイルスゲノム構造がこのような病態を修飾する可能性が疑われてきた。特に肝病態に対するウイ ルスゲノム変異の関連解析において、個々のHCV分子におけるコアとNS5A変異の直列変異情報の取得が強く望まれていた。しかしながら、宿主中でウイルスはゲ ノムの混在状態(=quasispecies)で存在するが、従来のショートリードシークエンスでは個々のHCV分子の解析は困難であった。
● 近年登場したロングリード可能な一分子シークエンサーNanoporeはリードエラーが高い問題があったが、rolling circle amplification (RCA)法によって、 1分子をタンデムに幾度も増幅・解析することにより、エラー率を劇的に低下させ、真の変異を検出することが可能となった。
● 本年度は、昨年度までに我々が構築したHCV一分子シークエンスシステム、すなわちRCA法を用いることにより100分子 以上のHCVゲノム配列を1分子ごとに高精度に決定する系において得られる膨大なシークエンスデータを迅速に分類する”ハプロタイピングシステム”を構築した。本システムを用いることにより、抗ウイルス薬耐性時に出現する変異ウイルスの起源と消長などの進化過程を明瞭に可視化することが可能となった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
●本年度導入したハプロタイピングシステムを用いることにより、昨年度に構築したHCV一分子シークエンスシステムから得られる膨大なHCVゲノム混在状態のデータを迅速に”型分け”することが可能となった。
●遺伝子型1型のみならず、遺伝子型2型のNanoporeシークエンスシステムをも構築しえた。
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| Strategy for Future Research Activity |
●HCVの様々な病態における本方法の応用を進め、感染状態・ウイルス排除後の病態形成におけるウイルスゲノムの関与についてさらに明らかとする。
●ウイルスゲノム変異に対応した宿主因子について、インターフェロン誘導遺伝子群を含むサイトカイン等、炎症関連分子に注目し、血液を用いて関連を検討する。
●HBVにおいても、RCA法・nanoporeシークエンシングを導入し、HBV全ゲノムの一分子シークエンスシステムの確立を目指してゆく。precision medicineとしてのウイルスゲノムの意義について検討を行う。
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| Causes of Carryover |
408円は令和4年度に繰越します。
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Research Products
(5 results)
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[Journal Article] Analysis of direct-acting antiviral-resistant hepatitis C virus haplotype diversity by single-molecule and long-read sequencing2022
Author(s)
Yamauchi K, Sato M, Osawa L, Matsuda S, Komiyama Y, Nakakuki N, Takada H, Katoh R, Muraoka M, Suzuki Y, Tatsumi A, Miura M, Takano S, Amemiya F, Fukasawa M, Nakayama Y, Yamaguchi T, Inoue T, Maekawa S, Enomoto N.
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Journal Title
Hepatol Commun
Volume: in press
Pages: in press
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Inhibitory effect of a novel thiazolidinedione derivative on hepatitis B virus entry.2021
Author(s)
Tanaka T, Okuyama-Dobashi K, Motohashi R, Yokoe H, Takahashi K, Wiriyasermkul P, Kasai H, Yamashita A, Maekawa S, Enomoto N, Ryo A, Nagamori S, Tsubuki M, Moriishi K.
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Journal Title
Antiviral Res
Volume: 194
Pages: 105165
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Usefulness of Circulating CYFRA21-1 in Patients as a Biomarker in Patients Taking Sorafenib or Lenvatinib for Unresectable Hepatocellular Carcinoma.2021
Author(s)
Takada H, Osawa L, Komiyama Y, Kato R, Nakakuki N, Muraoka M, Suzuki Y, Tatsumi A, Sato M, Takahashi E. Maekawa S, Enomoto N.
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Journal Title
Reports
Volume: in press
Pages: in press
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Usefulness of Cell-Free Human Telomerase Reverse Transcriptase Mutant DNA Quantification in Blood for Predicting Hepatocellular Carcinoma Treatment Efficacy2021
Author(s)
Muraoka M, Maekawa S, Katoh R, Komiyama Y, Nakakuki N, Takada H, Matsuda S, Suzuki Y, Sato M, Tatsumi A, Miura M, Amemiya F, Shindo H, Takano S, Fukasawa M, Yamauchi K, Yamaguchi T, Nakayama Y, Inoue T, Enomoto N.
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Journal Title
Hepatol Commun
Volume: 5
Pages: 1927-1938
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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