The impact of viral sequence on the pathological status of the post-antiviral therapeutic liver analyzed by single molecular sequencing.

2022 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 20K08281
• Research Institution: University of Yamanashi
• Principal Investigator: 前川 伸哉 山梨大学, 大学院総合研究部, 特任教授 (70397298)
• Project Period (FY): 2020-04-01 – 2023-03-31
• Keywords: ウイルスゲノム / 1分子シークエンシング / HCV / HBV / ウイルス制御後の病態進展

Outline of Annual Research Achievements

●肝病態に対するウイルスゲノム変異の関連解析において、HCVあるいはHBVは宿主中でウイルスはゲノムの混在状態(=quasispecies)で存在するが、従来のショートリードシークエンスでは個々のウイルスゲノムの病態への関与は断片的であり、ウイルス全ゲノムからみた解析が望まれていたが、これまでは技術的に困難であった。
● 本年度は、これまでに我々が構築した一分子シークエンサーNanopore にRCA法を導入することにより確立した高精度HCV一分子シークエンスシステムを用いることにより、遺伝子型1型における抗ウイルス薬耐性HCVの出現過程に加え、遺伝子型2型における抗ウイルス薬耐性HCVの出現過程、肝予備能低下(非代償性肝硬変等)に関連して生じるHCV構造蛋白遺伝子の欠損、肝障害の急性増悪に生じて出現する遺伝子変異等について検討を行い、現在これらの解析のまとめを行っている。
●本年度は上記に加え、HBVにおいても、RCA法・nanoporeシークエンシングを導入し、HBV全ゲノムの一分子シークエンスシステムの構築に成功した。肝病態ごとに生じるPreS/S領域あるいはX領域におけるの特徴的な欠損について明らかとしつつある。
●研究期間全体を通じて、HCV、HBV両者において、従来の断片的なウイルスゲノム解析ではなく、高精度なウイルス全ゲノムにわたる一分子シークエンシング解析プラットフォームを構築することに成功、またHCVに関しては型分けを行うためのハプロタイピングシステムを開発した。同システムを用いることにより、ウイルス全ゲノムの観点から多様な病態における病態に関与するウイルスゲノム関与の関わりを検討することが可能となった。

Research Products

• [Journal Article] Significance of serum IP-10/CXCL10 measurement in predicting post-direct acting antiviral treatment liver function in patients with HCV-decompensated liver cirrhosis. (2023)
  • Author(s): Katoh R, Maekawa S, Osawa L, Komiyama Y, Nakakuki N, Takada H, Matsuda S, Muraoka M, Suzuki Y, Sato M, Tatsumi A, Takano S, Fukasawa M, Yamaguchi T, Nakayama Y, Inoue T, Enomoto N.
  • Journal Title: Hepatol Res Volume: 53 Pages: 280-288
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Early diagnosis of hepatic inflammation in Japanese nonalcoholic fatty liver disease patients using 3D MR elastography. (2023)
  • Author(s): Komiyama Y, Motosugi U, Maekawa S, Osawa L, Nakakuki N, Takada H, Muraoka M, Suzuki Y, Sato M, Takano S, Fukasawa M, Yamaguchi T, Onishi H, Yin M, Enomoto N.
  • Journal Title: Hepatol Res Volume: 53 Pages: 208-218.
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Effect of a combination of pemafibrate and a mild low-carbohydrate diet on obese and non-obese patients with metabolic-associated fatty liver disease. (2023)
  • Author(s): Suzuki Y, Maekawa S, Yamashita K, Osawa L, Komiyama Y, Nakakuki N, Takada H, Muraoka M, Sato M, Takano S, Fukasawa M, Yamaguchi T, Funayama S, Morisaka H, Onishi H, Enomoto N.
  • Journal Title: J Gastroenterol Hepatol Volume: in press Pages: in press
  • DOI: 10.1111/jgh.16154.
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Prediction of Therapeutic Response Using Contrast-Enhanced Ultrasound in Japanese Patients Treated with Atezolizumab and Bevacizumab for Unresectable Hepatocellular Carcinoma. (2023)
  • Author(s): Takada H, Yamashita K, Osawa L, Komiyama Y, Nakakuki N, Muraoka M, Suzuki Y, Sato M, Takano S, Fukasawa M, Yamaguchi T, Maekawa S, Enomoto N.
  • Journal Title: Oncology Volume: 101 Pages: 173-184.
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Analysis of direct-acting antiviral-resistant hepatitis C virus haplotype diversity by single-molecule and long-read sequencing. (2022)
  • Author(s): Yamauchi K, Sato M, Osawa L, Matsuda S, Komiyama Y, Nakakuki N, Takada H, Katoh R, Muraoka M, Suzuki Y, Tatsumi A, Miura M, Takano S, Amemiya F, Fukasawa M, Nakayama Y, Yamaguchi T, Inoue T, Maekawa S, Enomoto N.
  • Journal Title: Hepatol Commun Volume: 6 Pages: 1634-1651
  • Peer Reviewed