Exploratory analysis of DNA methylation as a novel biomarker in gastrointestinal cancer chemotherapy

2020 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 20K08328
• Research Institution: Nagoya University
• Principal Investigator: 前田 修 名古屋大学, 医学部附属病院, 病院准教授 (20378053)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 近藤 豊 名古屋大学, 医学系研究科, 教授 (00419897) ; 安藤 雄一 名古屋大学, 医学部附属病院, 教授 (10360083) ; 藤城 光弘 名古屋大学, 医学系研究科, 教授 (70396745) ; 古川 和宏 名古屋大学, 医学部附属病院, 病院講師 (70624310)
• Project Period (FY): 2020-04-01 – 2023-03-31
• Keywords: 胃がん / 食道がん / がん薬物療法 / 循環腫瘍DNA / DNAメチル化

Outline of Annual Research Achievements

本研究計画「化学療法を受ける食道がん・胃がん患者の腫瘍遺伝子変化の解析研究」について名古屋大学医学部附属病院のゲノム解析研究専門審査委員会に申請を行い、承認を得た。化学療法を受ける食道がんおよび胃がん患者から同意を得て、診療上必要な内視鏡検査を施行する際に、同時に研究用の生検検体を採取した。また、診療上必要な採血を行う際に同時に研究用の採血を行った。腫瘍検体からDNAおよびRNAを抽出し、血液検体からは腫瘍由来循環DNAを抽出した。一部の症例では臨床経過に伴い、複数回の内視鏡検査が施行され、その際に臨床経過による腫瘍由来遺伝子の変化を解析するために研究用の生検検体を収集した。一方で、化学療法の有効性と耐性に関与する可能性のある遺伝子について過去の報告及び公開されているデータベースから、候補となる遺伝子を抽出した。特に免疫チェックポイント阻害薬の有効性や耐性に関与することが想定される遺伝子を重点的に解析することとした。これらの病態と関連が考えられる遺伝子について遺伝子変異、遺伝子発現、DNAメチル化等の解析を行うとともに、次世代シークエンス及びマイクロアレイを用いた網羅的解析の準備を開始した。並行して電子カルテから化学療法の腫瘍縮小効果および副作用等の臨床情報を収集して、経時的な遺伝子変化との関連の解析を開始した。今後も遺伝子変化と臨床経過の経時的な解析を継続するとともに、新規症例の集積を継続する。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

消化器内科と連携して症例の集積を継続している。DNAおよびRNA抽出、遺伝子解析と臨床経過の情報収集を計画通り行っている。

Strategy for Future Research Activity

さらに多くの症例を登録し、遺伝子解析を行う。一部の症例については網羅的遺伝子解析を予定する。

Causes of Carryover

採取された検体からの核酸抽出及び遺伝子解析について、消耗品等の効率的な使用をした。また新型コロナウイルス感染症が蔓延したため、学会出席のための旅費が発生しなかった。そのため、初年度の支出が当初の予定よりも少なかった。今後、検体数の増加に伴い、遺伝子解析に必要な消耗品等の費用が増えることが見込まれる。