2021 Fiscal Year Research-status Report

Exploratory analysis of DNA methylation as a novel biomarker in gastrointestinal cancer chemotherapy

Research Project

Project/Area Number	20K08328
Research Institution	Nagoya University
Principal Investigator	前田修名古屋大学, 医学部附属病院, 病院准教授 (20378053)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	近藤豊名古屋大学, 医学系研究科, 教授 (00419897) 安藤雄一名古屋大学, 医学部附属病院, 教授 (10360083) 藤城光弘名古屋大学, 医学系研究科, 教授 (70396745) [Withdrawn] 古川和宏名古屋大学, 医学部附属病院, 病院講師 (70624310)
Project Period (FY)	2020-04-01 – 2023-03-31
Keywords	化学療法 / 食道がん / 胃がん / 循環腫瘍DNA / DNAメチル化 / RNA発現
Outline of Annual Research Achievements	食道がんまたは胃がんに対する化学療法を受ける患者を対象として、上部消化管内視鏡施行時に、DNA抽出用およびRNA抽出用の検体を採取した。また循環腫瘍DNA（ctDNA）抽出用の血液検体を診療用の採血時に採取した。内視鏡検体からはDNAおよびRNAを、血液からはctDNAを抽出した。DNAは変異解析を行い、またバイサルファイト処理後にメチル化解析を行った。RNAはリアルタイムPCR法による発現解析を行った。ctDNAは変異解析及びDNAメチル化解析を行った。化学療法（殺細胞薬、分子標的薬、免疫チェックポイント阻害薬）を施行する臨床経過中に、内視鏡の検体採取を繰り返し行う機会があった症例は再生検を行った。また採血を最大5回まで繰り返し行った。薬剤が有効または無効となる臨床経過中に繰り返し採取した検体の遺伝子変化と臨床経過の関連を解析した。一方で、化学療法の有効性と耐性に関与する可能性のある遺伝子について過去の報告及び公開されているデータベースから、候補となる遺伝子を抽出した。特に免疫チェックポイント阻害薬の有効性や耐性に関与することが想定される遺伝子を重点的に解析することとした。臨床経過と関連する可能性のある遺伝子変化について、腫瘍増殖やアポトーシスなどの機能との関連を調べるとともに、パスウェイ解析によって関連するシグナル伝達経路の探索を開始した。化学療法の感受性あるいは耐性との関連が考えられるバイオマーカーの抽出を目指している。
Current Status of Research Progress	Current Status of Research Progress 2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned. Reason 症例を集積するとともに、集積した症例の臨床経過に伴い、内視鏡再検の際の生検、および血液検体を繰り返し採取して、解析を継続しているため。
Strategy for Future Research Activity	すでに集積した症例の経過観察と検体採取、さらに症例を集積するとともに、臨床経過と遺伝子解析の関連の解析を継続し、有望なバイオマーカー候補を抽出する。
Causes of Carryover	採取された検体からの核酸抽出及び遺伝子解析について、消耗品等の効率的な使用をした。また新型コロナウイルス感染症が蔓延したため、学会出席のための旅費が発生しなかった。そのため当初の予定よりも支出が少なかった。今後、遺伝子解析の進行に伴い必要な消耗品等の費用が増えることが見込まれる。