2022 Fiscal Year Annual Research Report
Identification and kinetic analysis of glaucoma resistance gene with primary open angle glaucoma
Project/Area Number |
20K09795
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Research Institution | Kyoto Prefectural University of Medicine |
Principal Investigator |
池田 陽子 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 客員講師 (00433243)
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Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
木下 茂 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (30116024)
田代 啓 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (10263097)
森 和彦 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 客員教授 (40252001)
中野 正和 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (70381944)
外園 千恵 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (30216585)
上野 盛夫 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 講師 (40426531)
吉井 健悟 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 講師 (90388471)
佐藤 隆一 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (30717533) [Withdrawn]
大見 奈津江 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (10438210)
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Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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Keywords | 遺伝子 / 緑内障 / 正常 |
Outline of Annual Research Achievements |
2020年度に10年正常維持群と中期未満の視野異常の原発開放隅角緑内障の全ゲノム解析(GWAS)をdiscovery(D)として実施した。次年度に正常判定を受けた70歳以上のボランティアにASAでのGWAS解析のvalidation(V)を実施中に、Dに1検体重複、IBD/IBS解析で近縁関係者が発見され、正常維持群231例、緑内障群は200例に変更となったためA:正常維持群197例vs緑内障群200例、B:非緑内障維持群231症例(正常+緑内障疑い含む)vs Aと同じ緑内障群200例とし、A/Bで1000Kにて再度D実験を行った。Call rate 95 %以上、MAF1%以上、Control検体でのHWE0.5%以上でフィルタリングを適用しGWAS(Allelic Chi-square test、Dominant gene Chi-square test、Recessive gene Chi-square test、Cocharan-Armitage trend test、Genitypic Chi-square test)を行い、いずれかの検定でP値が10の-4乗未満、ASA搭載済みSNPを抽出した。Aから13SNP、Bから22SNPが同定され、重複を除く計27SNPの近傍遺伝子にcSNPはなく、AB両方に有意であった7SNPを選択しV実験を行った。実験に先立って正常維持に関わる7SNPをリスクアレルに変換し、初回検査時年齢/性別/眼圧/視神経乳頭垂直陥凹比/眼軸/MD値を用いBにて多重ロジスティック回帰分析し、ステップワイズ法変数選択にて3SNP/眼圧/視神経乳頭垂直陥凹比/MD値による判別モデルを構築した。変数のうちrs**470と視神経乳頭垂直陥凹比が有意となった。以上より正常維持バリアントの診断と検証のモデルを構築でき、この方法を用い現在V解析を実施中である。
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[Journal Article] Novel Vertical Cup-to-Disc Classification to Identify Normal Eyes that Maintain Non-Glaucoma Status: A 10-Year Longitudinal Study.2023
Author(s)
Ikeda Y, Mori K, Maruyama Y, Ueno M, Kengo Yoshii K, Yamamoto Y, Imai K, MD, Omi N, Ryuichi Sato R, Sato F, Nakano M, Hamuro J, Tashiro K, Sotozono C, Kinoshita S.
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Journal Title
Journal of Glaucoma
Volume: 32
Pages: 127-132
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] Seasonal Variation of Intraocular Pressure in Non-Glaucomatous Subjects2022
Author(s)
Ikeda Y, Mori K, Ueno M, Yoshii K, Nakano M, Maruyama Y, Imai K, Omi N, Mieno H, Sato R, Tashiro K, Sotozono C, Kinoshita S
Organizer
Annual Meeting of the Association for Research in Vision and Ophthalmology
Int'l Joint Research
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[Presentation] Ten-Year Change of Anterior Chamber Depth and Angle Level in Normal Healthy Subjects.2022
Author(s)
Yoko Ikeda, Kazuhiko Mori, Morio Ueno, Kengo Yoshii, Yuko Maruyama, Masakazu Nakano, Natsue Omi, Kojiro Imai, Hiroki Mieno, Kei Tashiro, Chie Sotozono, and Shigeru Kinoshita.
Organizer
The 126th Annual Meeting of the Japanese Ophthalmological Society
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