• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2020 Fiscal Year Research-status Report

機械刺激感受性チャネルTMCタンパク質の構造機能解析

Research Project

Project/Area Number 20K15754
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

草木迫 司  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教 (80815316)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2022-03-31
Keywordsチャネル / 膜タンパク質 / クライオ電子顕微鏡 / 単粒子解析
Outline of Annual Research Achievements

音すなわち空気の振動によって機械刺激を受けた内耳の有毛細胞では,膜タンパク質を含むMechanotransduction (MET) channel複合体が機械刺激を電気シグナルへと変換することで,有毛細胞から聴神経へ情報が伝達されると考えられている。MET channel複合体のチャネル透過経路を形成するサブユニットの最有力候補がTMC1およびTMC2である。しかしながら,TMC1/TMC2がどのようなイオン透過経路を形成しているのか,また機械刺激によってどのようにチャネルが開閉するのかという核心的な疑問については未だ解明されていない。TMC1/TMC2のイオン透過機構・機械刺激感受性チャネル開閉機構を解明することを目的として,本年度はクライオ電子顕微鏡による構造決定に向けて,熱安定化TMC2サンプルを調製した。精製過程で界面活性剤をGDNに置換したサンプルの他,脂質環境を模したnanodiscに精製TMCを再構成したサンプルを調製した。膜骨格タンパク質や脂質の種類など,nanodisc再構成条件を検討してグリッドを作製し,クライオ電子顕微鏡による撮影画像を得た。また,単粒子解析における粒子像の方位決めを補助するために,TMCサンプルを特異的に認識するnanobodyをベースに分子量を増やしたmegabodyとの複合体サンプルの調製を目指して,yeast surface displayを用いたnanobody library selectionの系の確立を推進した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

熱安定化TMC2のnanodisc再構成に成功し,クライオ電子顕微鏡による撮影画像の解析から二次元平均化像を得て,さらに単粒子解析による構造決定に向けてnanobody library selectionの系の確立を推進したため。

Strategy for Future Research Activity

Nanobody library selectionの系を確立し,TMCサンプルと特異的に認識するnanobodyを得てmegabodyを作製する。TMCとmegabodyの複合体サンプルを調製し,クライオ電子顕微鏡による単粒子解析で構造を決定する。構造情報を基に変異体を作製し,電気生理学的解析をおこなう。

Causes of Carryover

学会がオンライン開催になり,当初想定していた旅費の支出が無かったため。また,nanobody library selectionに多くの精製試料が必要になることが予想されるため,翌年度には細胞培養のための培地や精製に必要な界面活性剤の購入に使用する。

  • Research Products

    (12 results)

All 2021 2020 Other

All Journal Article (9 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Peer Reviewed: 9 results,  Open Access: 4 results) Presentation (2 results) (of which Invited: 2 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Time-resolved serial femtosecond crystallography reveals early structural changes in channelrhodopsin2021

    • Author(s)
      Oda K、Nomura T、Nakane T、Yamashita K、Inoue K、Ito S、Vierock J、Hirata K、Maturana AD、Katayama K、Ikuta T、Ishigami I、Izume T、Umeda R、Eguma R、Oishi S、Kasuya G、Kato T、Kusakizako T、Shihoya W、…、Nango E、…、Tono K、Ishitani R、Hayashi S、Kandori H、Hegemann P、Iwata S、Kubo M、Nishizawa T、Nureki O et al.
    • Journal Title

      eLife

      Volume: 10 Pages: e62389

    • DOI

      10.7554/eLife.62389

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Conserved binding site in the N-lobe of prokaryotic MATE transporters suggests a role for Na+ in ion-coupled drug efflux2021

    • Author(s)
      Castellano Steven、Claxton Derek P.、Ficici Emel、Kusakizako Tsukasa、Stix Robyn、Zhou Wenchang、Nureki Osamu、Mchaourab Hassane S.、Faraldo-Gomez Jose D.
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 296 Pages: 100262

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2021.100262

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structure of the miniature type V-F CRISPR-Cas effector enzyme2021

    • Author(s)
      Takeda Satoru N.、Nakagawa Ryoya、Okazaki Sae、Hirano Hisato、Kobayashi Kan、Kusakizako Tsukasa、Nishizawa Tomohiro、Yamashita Keitaro、Nishimasu Hiroshi、Nureki Osamu
    • Journal Title

      Molecular Cell

      Volume: 81 Pages: 558~570.e3

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2020.11.035

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Taste transduction and channel synapses in taste buds2021

    • Author(s)
      Taruno Akiyuki、Nomura Kengo、Kusakizako Tsukasa、Ma Zhongming、Nureki Osamu、Foskett J. Kevin
    • Journal Title

      Pflugers Archiv - European Journal of Physiology

      Volume: 473 Pages: 3~13

    • DOI

      10.1007/s00424-020-02464-4

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structure of the human secretin receptor coupled to an engineered heterotrimeric G protein2020

    • Author(s)
      Fukuhara Satoshi、Kobayashi Kazuhiro、Kusakizako Tsukasa、Iida Wataru、Kato Masahiko、Shihoya Wataru、Nureki Osamu
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 533 Pages: 861~866

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2020.08.042

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cryo-EM structures of calcium homeostasis modulator channels in diverse oligomeric assemblies2020

    • Author(s)
      Demura Kanae*、Kusakizako Tsukasa*、Shihoya Wataru*、Hiraizumi Masahiro*、Nomura Kengo、Shimada Hiroto、Yamashita Keitaro、Nishizawa Tomohiro、Taruno Akiyuki、Nureki Osamu (*equal contribution)
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 6 Pages: eaba8105

    • DOI

      10.1126/sciadv.aba8105

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The structure of lipid nanodisc-reconstituted TRPV3 reveals the gating mechanism2020

    • Author(s)
      Shimada Hiroto*、Kusakizako Tsukasa*、Dung Nguyen T. H.、Nishizawa Tomohiro、Hino Tomoya、Tominaga Makoto、Nureki Osamu (*equal contribution)
    • Journal Title

      Nature Structural & Molecular Biology

      Volume: 27 Pages: 645~652

    • DOI

      10.1038/s41594-020-0439-z

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 多剤排出輸送体MATEの構造および機能解析2020

    • Author(s)
      田中 良樹、草木迫 司
    • Journal Title

      日本薬学会誌「ファルマシア」

      Volume: 56 Pages: 514~518

    • DOI

      10.14894/faruawpsj.56.6_514

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cryo-EM structure of the volume-regulated anion channel LRRC8D isoform identifies features important for substrate permeation2020

    • Author(s)
      Nakamura Ryoki、Numata Tomohiro、Kasuya Go、Yokoyama Takeshi、Nishizawa Tomohiro、Kusakizako Tsukasa、Kato Takafumi、Hagino Tatsuya、Dohmae Naoshi、Inoue Masato、Watanabe Kengo、Ichijo Hidenori、Kikkawa Masahide、Shirouzu Mikako、Jentsch Thomas J.、Ishitani Ryuichiro、Okada Yasunobu、Nureki Osamu
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 3 Pages: 240

    • DOI

      10.1038/s42003-020-0951-z

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] クライオ電子顕微鏡による膜タンパク質の単粒子解析2021

    • Author(s)
      草木迫 司
    • Organizer
      大阪大学蛋白質研究所セミナー
    • Invited
  • [Presentation] MATEトランスポーターの構造生物学2020

    • Author(s)
      草木迫 司、宮内 弘剛、石谷 隆一郎、濡木 理
    • Organizer
      第5回トランスポーター研究会関東部会
    • Invited
  • [Remarks] 甘味・うま味・苦味物質の認識に必要なATPチャネルの構造可視化に成功(東京大学理学部プレスリリース)

    • URL

      https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2020/6936/

URL: 

Published: 2021-12-27  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi