Leveraging Polygenic Risk Score for Elucidating Novel Disease Mechanisms in Hypertrophic Cardiomyopathy

2021 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 20K17110
• Research Institution: Kanazawa University
• Principal Investigator: 野村 章洋 金沢大学, 附属病院, 特任准教授 (30707542)
• Project Period (FY): 2020-04-01 – 2023-03-31
• Keywords: 肥大型心筋症 / 多遺伝子リスクスコア / 次世代シークエンサー

Outline of Annual Research Achievements

今年度は、当研究室が保管する約30年間にわたる家族性・孤発性肥大型心筋症の患者レジストリにおいて、これまでに有効な遺伝子検査に関する同意書が既に取得されている肥大型心筋症患者350名を抽出し、登録時の臨床的特徴(年齢、性別、生活習慣病の有無、肥大型心筋症の特徴所見の有無)ならびに検査所見(心電図検査、心エコー検査)を網羅した肥大型心筋症被験者リストを作成した。
次に、この肥大型心筋症患者350名のDNAを用い、Asian screening array(Illumin社)による全ゲノム領域を対象とした一塩基多型(SNP, single nucleotide polymorphism)のジェノタイピングを行った。解析を行った350名全例においてジェノタイピングは問題なく成功し、得られたデータは次年度におけるBioBank Japanのデータをリファレンスとした多遺伝子リスクスコアの算出ならびにバイオマティクス解析に用いる。
さらに、解析において肥大型心筋症患者の対照群となる石川県志賀町コホート参加者約1200名のデータにおいて、以前の研究で用いたSNPジェノタイピングのデータを抽出するだけでなく、今回の研究で必要な個々人の心エコーデータ(特に心室中隔[IVS, intraventricular septum]壁厚)にアクセスし、遠隔診療連携システムを用いた追加でのデータ収集を進めている。既に対照群の被験者における心エコーデータの有無については把握しており、遠隔かつ安全な環境下でのデータ取得について関係各所との調整を進めている。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

研究開始直後よりCOVID-19の日本を含む世界的な蔓延により、研究室の閉鎖、臨床医としてのCOVID-19治療病棟への派遣等により、約1年以上にわたり十分な研究時間を取ることが難しい状態であった。現在、その状態は徐々に緩和しており、今回1年間の研究延長を申請することでその埋め合わせを行い、2022年度中の研究の完遂は可能と考える。

Strategy for Future Research Activity

まず、BioBank Japanより公開されている日本人における心エコーデータ、特に心室中隔(IVS)壁厚に注目したゲノムワイド関連解析(GWAS)の解析サマリーデータを用い、2021年度に行った肥大型心筋症SNPジェノタイピングのデータ、ならびに石川県志賀町コホート対照群のSNPジェノタイピングのデータより個々人のIVS壁厚に対する多遺伝子リスクスコアを算出する。
次に、肥大型心筋症と対照群の実際の心エコーデータ(IVS壁厚)を用いて、肥大型心筋症と対照群での多遺伝子リスクスコアに有意な差があるかどうかを評価する。また、肥大型心筋症における単一遺伝子変異の有無によって、この多遺伝子リスクスコアのリスク層別化への貢献度がどれほど変化するかについても検討する。
本研究結果は今年度末における国内外の学会での発表、ならびに英文誌への投稿を予定する。

Causes of Carryover

研究開始直後よりCOVID-19の日本を含む世界的な蔓延により、研究室の閉鎖、臨床医としてのCOVID-19治療病棟への派遣等により、約1年以上、特に研究初年度の2020年度は十分な研究時間を取ることが極めて難しい状態であった。現在、その状態は徐々に緩和しており、今回1年間の研究延長を申請することでその埋め合わせを行う予定であり、研究期間が1年間ずれた分だけ次年度使用額が生じたため。