2022 Fiscal Year Annual Research Report
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20K21386
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| Research Institution | Niigata University |
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Principal Investigator |
松本 雅記 新潟大学, 医歯学系, 教授 (60380531)
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| Project Period (FY) |
2020-07-30 – 2023-03-31
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| Keywords | プロテオーム / プロテオゲノミクス / タンパク質 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
近年、質量分析計の高性能化によって細胞が発現するプロテオームの概要が把握できるようになった。その一方で、各遺伝子とそれがコードするタンパク質の関係性は未だ不明瞭である。本研究では、われわれが独自に構築した大規模絶対定量プロテオーム解析技術iMPAQT法を発展させ、既存のプロテオゲノミクス研究戦略と正反対の「情報／仮説駆動型プロテオゲノミクス」を考案し、核酸情報とプロテオーム情報をつなぐことに成功した。具体的には、Peptide-centric ProteoGenomics DataBase （PcPG-DB）を開発し、各種スプライシングバリアント、がんにおける変異などの配列を登録した。また、近年盛んに行われているdata-independent acquisition (DIA) 法を取りいれることで、より網羅的にペプチドを同定・定量する基盤を構築した。また、DIA法で検出できなかった超微量なペプチドをシームレスにPRMメソッドに変換して、超高感度に定量可能な技術であるSLIM法を構築した。次に、独自に収集した132種類のがん細胞パネルを対象に情報／仮説駆動型プロテオゲノミクス解析を実施し、得られたデータをPcPG-DBから得た予想スペクトルライブラリーを用いて解析し、スプライシングバリアント特異的あるいは疾患関連変異特異的ペプチドを多数同定した。同定されたペプチド情報は実測結果としてPcPG-DBに反映し、本情報から集連結体を設計し、安定同位体標識組換えタンパク質評品として調製した。これらの連結体を添加した試料を対象にSLIM法を用いて、スプライシング特異的およびがん特異的なペプチドの絶対定量が可能であった。
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