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2020 Fiscal Year Research-status Report

組織内の核内ゲノム構造を単一細胞レベルで高解像度に解析する技術の開発

Research Project

Project/Area Number 20K21398
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

大川 恭行  九州大学, 生体防御医学研究所, 教授 (80448430)

Project Period (FY) 2020-07-30 – 2022-03-31
Keywordsエピゲノム / クロマチン / マルチオミクス / 空間オミクス
Outline of Annual Research Achievements

生体は幹細胞あるいは前駆細胞が増殖分化することで、様々な機能を担う細胞、組織が分化増殖することにより形成される。この際に行われるのが選択的な遺伝子発現である。選択的遺伝子発現は、ゲノム領域に広範に分布する遺伝子の制御領域(エンハンサー、プロモーター)を介して特定の遺伝子座を活性化型クロマチン構造に変換し、遺伝子の転写活性を促進するゲノム構造を獲得させるダイナミックなイベントである。一方で、組織形成においては、様々な細胞が、増殖、分化していく極めて不均一な集団変化が起こり、その上個々の細胞においても少なくとも3000遺伝子座以上が協調的あるいは排他的に秩序だった制御を受け、遺伝子発現あるいは抑制に必要な高次構造の変換が行われる。特定の細胞分化・組織形成を理解するためには、全ゲノム上の遺伝子を対象とし不均一な組織細胞を単一細胞レベルで時系列変化を解析し理解する必要がある。そこで本研究では、新技術LabelingSeq法の開発を行い、予備実験に基づいたパイロット実験を行うことで実証研究を行うことを目的として進めている。今年度は、各細胞に固有のバーコードを付加する基本技術の構築を行い理論的におおよそ2000万細胞の固有ラベルを達成する技術を開発した。また、トランスクリプトーム解析をモデルとして単一細胞レベルでそれぞれの細胞内で非破壊的に固有のラベルを付加する技術を確立した。現在これらラベルの読み取り技術および同時解析技術の開発を進めている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当初計画に従って進捗しており、論文発表を重ねている。

Strategy for Future Research Activity

研究計画に従って進めていく。

  • Research Products

    (21 results)

All 2021 2020

All Journal Article (10 results) (of which Peer Reviewed: 10 results,  Open Access: 10 results) Presentation (6 results) (of which Invited: 4 results) Book (5 results)

  • [Journal Article] Genome-wide analysis of chromatin structure changes upon MyoD binding in proliferative myoblasts during the cell cycle.2021

    • Author(s)
      Wu Q, Fujii T, Harada A, Tomimatsu K, Miyawaki-Kuwakado A, Fujita M, Maehara K, Ohkawa Y.
    • Journal Title

      J Biochem.

      Volume: 169 Pages: 653-661

    • DOI

      10.1093/jb/mvab001.

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Transcription factor C/EBPβ induces genome-wide H3K27ac and upregulates gene expression during decidualization of human endometrial stromal cells.2021

    • Author(s)
      Isao Tamura, Ryo Maekawa, Kosuke Jozaki, Yasuyuki Ohkawa, Haruka Takagi, Yumiko Doi-Tanaka, Yuichiro Shirafuta, Yumiko Mihara, Toshiaki Taketani, Shun Sato, Hiroshi Tamura, Norihiro Sugino.
    • Journal Title

      Mol Cell Endocrinol.

      Volume: 520 Pages: 111085

    • DOI

      10.1016/j.mce.2020.111085.

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Subnuclear gene positioning through lamina association affects copper tolerance.2020

    • Author(s)
      Yuki Sakamoto, Mayuko Sato, Yoshikatsu Sato, Akihito Harada, Takamasa Suzuki, Chieko Goto, Kentaro Tamura, Kiminori Toyooka, Hiroshi Kimura, Yasuyuki Ohkawa, Ikuko Hara-Nishimura, Shingo Takagi, Sachihiro Matsunaga.
    • Journal Title

      Nat Commun.

      Volume: 11 Pages: 5914

    • DOI

      10.1038/s41467-020-19621-z.

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Direct reprogramming of human umbilical vein- and peripheral blood-derived endothelial cells into hepatic progenitor.2020

    • Author(s)
      Hiroki Inada, Miyako Udono , Kanae Matsuda-Ito, Kenichi Horisawa, Yasuyuki Ohkawa, Shizuka Miura, Takeshi Goya, Junpei Yamamoto, Masao Nagasaki, Kazuko Ueno, Daisuke Saitou, Mikita Suyama, Yoshihiko Maehara, Wataru Kumamaru, Yoshihiro Ogawa, Sayaka Sekiya, Atsushi Suzuki.
    • Journal Title

      cellsNat Commun.

      Volume: 11 Pages: 5292

    • DOI

      10.1038/s41467-020-19041-z.

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The role of galanin in the differentiation of mucosal mast cells in mice.2020

    • Author(s)
      Tomoko Yamaguchi, Yumi Ikeda, Katsuhisa Tashiro, Yasuyuki Ohkawa, Kenji Kawabata.
    • Journal Title

      Eur J Immunol.

      Volume: 50 Pages: 110-118

    • DOI

      10.1002/eji.201848061.

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Tyrosine kinase inhibitors induce alternative spliced BCR-ABL Ins35bp variant via inhibition of RNA polymerase II on genomic BCR-ABL.2020

    • Author(s)
      Junichiro Yuda, Jun Odawara, Mariko Minami, Tsuyoshi Muta, Kentaro Kohno, Kazuki Tanimoto, Tetsuya Eto, Takahiro Shima, Yoshikane Kikushige, Koji Kato, Katsuto Takenaka, Hiromi Iwasaki, Yosuke Minami, Yasuyuki Ohkawa, Koichi Akashi, Toshihiro Miyamoto.
    • Journal Title

      Cancer Sci.

      Volume: 111 Pages: 2361-2373

    • DOI

      10.1111/cas.14424.

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The Dynamics of Transcriptional Activation by Hepatic Reprogramming Factors.2020

    • Author(s)
      Kenichi Horisawa, Miyako Udono, Kazuko Ueno, Yasuyuki Ohkawa, Masao Nagasaki, Sayaka Sekiya, Atsushi Suzuki Chromatin integration labeling for mapping DNA-binding proteins and modifications with low input.
    • Journal Title

      Mol Cell.

      Volume: S1097-2765 Pages: 30502-30505

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2020.07.012.

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Genome-wide kinetic properties of transcriptional bursting in mouse embryonic stem cells. Sci Adv.2020

    • Author(s)
      Hiroshi Ochiai, Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda, Mika Yoshimura, Akihito Harada, Yukiko Shimizu, Kenta Nakano, Noriko Saitoh, Zhe Liu, Takashi Yamamoto, Tadashi Okamura, Yasuyuki Ohkawa, Hiroshi Kimura, Itoshi Nikaido.
    • Journal Title

      Sci Adv.

      Volume: 6 Pages: eaaz6699

    • DOI

      10.1126/sciadv.aaz6699.

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Chromatin integration labeling for mapping DNA-binding proteins and modifications with low input.2020

    • Author(s)
      Tetsuya Handa, Akihito Harada, Kazumitsu Maehara, Shoko Sato, Masaru Nakao, Naoki Goto, Hitoshi Kurumizaka, Yasuyuki Ohkawa, Hiroshi Kimura.
    • Journal Title

      Nat Protoc.

      Volume: 15 Pages: 3334-3360

    • DOI

      10.1038/s41596-020-0375-8.

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Genomic Profiling by ALaP-Seq Reveals Transcriptional Regulation by PML Bodies Through DNMT3A Exclusion.2020

    • Author(s)
      Misuzu Kurihara, Kagayaki Kato, Chiaki Sanbo, Shuji Shigenobu, Yasuyuki Ohkawa, Takeshi Fuchigami, Yusuke Miyanari.
    • Journal Title

      Mol Cell.

      Volume: 78 Pages: 493-505.e8

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2020.04.004.

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 骨格筋特異的なヒストンが構成するクロマチン構造の解明.2021

    • Author(s)
      大川恭行
    • Organizer
      第8回骨格筋生物学会
  • [Presentation] クロマチンダイナミクスの理解に向けた同時マルチオミクスの開発.2020

    • Author(s)
      大川恭行
    • Organizer
      『配偶子インテグリティの構築』『全能性プログラム』合同公開シンポジウム
  • [Presentation] クロマチンダイナミクスの理解に向けた同時マルチオミクスの開発.2020

    • Author(s)
      大川恭行
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会
    • Invited
  • [Presentation] トランスクリプトミクスによる骨格筋細胞分化能の解明.2020

    • Author(s)
      大川恭行
    • Organizer
      第19回日本再生医療学会総会
    • Invited
  • [Presentation] Chromatin integration labeling Technology for expanding multi-omics.2020

    • Author(s)
      大川恭行
    • Organizer
      理研エピゲノム操作プロジェクトセミナー
    • Invited
  • [Presentation] 単一細胞マルチオミクスに向けたクロマチン挿入標識法の開発.2020

    • Author(s)
      大川恭行
    • Organizer
      第19回日本再生医療学会総会
    • Invited
  • [Book] 1細胞エピゲノム解析技術開発の最前線2021

    • Author(s)
      大川 恭行,原田 哲仁,前原 一満
    • Total Pages
      6
    • Publisher
      医歯薬出版株式会社 週刊医学のあゆみ
  • [Book] scRNA-seqを用いた細胞系譜の軌跡推定-データの背後の流れを読み取る技術-.2020

    • Author(s)
      前原一満, 大川恭行
    • Total Pages
      8
    • Publisher
      羊土社 実験医学 増刊
  • [Book] 骨格筋研究のための最先端解析技術.2020

    • Author(s)
      原田 哲仁,大川 恭行
    • Total Pages
      7
    • Publisher
      羊土社 実験医学
  • [Book] シングルセルでのエピゲノム情報の計測技術.2020

    • Author(s)
      原田 哲仁,大川 恭行
    • Total Pages
      8
    • Publisher
      羊土社 実験医学
  • [Book] 空間オミクス実現に向けたエピゲノム解析技術.2020

    • Author(s)
      小松 哲郎,大川 恭行
    • Total Pages
      4
    • Publisher
      ニューサイエンス社 月刊細胞

URL: 

Published: 2021-12-27  

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