2022 Fiscal Year Annual Research Report
超小型次世代シーケンサーによる口腔内細菌叢ディスバイオーシス検出システムの構築
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20K21670
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| Research Institution | Tokyo Medical and Dental University |
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Principal Investigator |
岩田 隆紀 東京医科歯科大学, 大学院医歯学総合研究科, 教授 (60431946)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
前川 祥吾 東京医科歯科大学, 東京医科歯科大学病院, 助教 (20793574) [Withdrawn]
片桐 さやか 東京医科歯科大学, 歯学部附属病院, 准教授(キャリアアップ) (60510352)
大杉 勇人 東京医科歯科大学, 歯学部附属病院, 医員 (80846791)
芝 多佳彦 東京医科歯科大学, 大学院医歯学総合研究科, 助教 (90802306)
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| Project Period (FY) |
2020-07-30 – 2023-03-31
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| Keywords | 超小型次世代シーケンサー / 口腔内細菌 / 歯周病 / インプラント周囲炎 / 顎骨壊死 / 次世代シーケンサー / PCR / 細菌診断 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
口腔は消化器系の入り口であり細菌叢と共存する器官であるが、強大な外的要因やホスト免疫の変動によりその平衡が破綻するとディスバイオーシスが起こり、齲蝕や歯周炎のみならず、インプラント周囲炎や顎骨壊死などの様々な細菌に起因すると考えられる疾患が誘発される。一方、患者個人レベルでの最適な診断および治療を施すプレジション・メディシンにおいては次世代シーケンサーの活用が進められており、唾液や組織などの検体から核酸情報を抽出し、網羅的に解析することにより定量的な細菌の同定が可能ではあるものの、巨大な解析装置・解析時間・コスト等の問題から一般普及に至っていない。本研究ではUSBサイズの解析チップで10分でサンプル調整可能、かつ安価な超小型シーケンサーを用いて、クリニカルシークエンスを導入することでチェアサイドでの迅速かつ確実な細菌診断技術の確立を目指す。
本年度は、昨年度に採取したサンプル（健常者唾液、難治性歯周炎患者の唾液ならびにインプラント周囲炎それぞれ7サンプルずつ合計21サンプル、顎骨壊死患者の壊死部を4サンプル）を使用し、すでに最適化した手法を用いてDNAの抽出・ライブラリ調整・シーケンスまでを実施した。
取得したデータの解析から可視化までにかかるパイプラインを構築し、さらに、スーパーコンピューターShirokaneを活用することで、その豊富な計算ノードを利用した迅速な解析により、臨床的に価値のあるパラメーターの抽出を行うとともに、可読性の高いデータの表示手法を検討している。
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Research Products
(14 results)
