Development of the rapid diagnostic method for RNA virus infections by use of a Nanopore sequencer

2021 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 20K21698
• Research Category: Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Review Section: Medium-sized Section 58:Society medicine, nursing, and related fields
• Research Institution: Chiba University
• Principal Investigator: Ido Eiji 千葉大学, 大学院医学研究院, 特任教授 (70183176)
• Project Period (FY): 2020-07-30 – 2022-03-31
• Keywords: 感染症 / ウイルス / 迅速診断法 / RNA / チクングニア熱 / デング熱 / 新型コロナウイルス / ナノポア・シーケンス

Outline of Final Research Achievements

As seen in the examples of the pandemic of SARS-CoV-2 and frequent outbreak news of mosquito-vectored viral infections such as dengue and chikungunya fevers outside from the previously known endemic zones, the threats of emerging RNA viruses are extremely rising on the earth in recent years. In this study, we intended to develop a rapid diagnostic system for emerging RNA viral infections using a handy sequencer MinION. Coincidentally outbreaks of chikungunya and dengue fevers (in Africa) and world-wide COVID-19 occurred one after another since 2019. Here we report how we responded to these infectious diseases including the use of MinNION.

Free Research Field

ウイルス学

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

超小型核酸配列分析装置MinIONは、最近開発された次世代型の解析ツールで、その軽量さと手軽さからフィールド調査における微生物の分析などに利用されている。同様の理由から、感染症の迅速診断においてもその利用価値は大いにあると想定され、現在、その応用範囲を拡げるべく検出限界を含めた実際の利用例の蓄積が強く求められている。本装置普及とそのノウハウ確立の暁には、大型で高価なシーケンサーが無くとも早急に病原体が明らかになるので、迅速な感染予防体制を構築することができるなど、その社会的意義について述べるまでもない。