Genomic Epidemiological Study of Mycobacteria circulating in Indonesia

2023 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 20KK0179
• Research Category: Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Review Section: Medium-sized Section 49:Pathology, infection/immunology, and related fields
• Research Institution: Osaka University
• Principal Investigator: Nakamura Shota 大阪大学, 微生物病研究所, 准教授 (90432434)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 松本 悠希 大阪大学, 微生物病研究所, 特任助教(常勤) (30749114) ; 金城 武士 琉球大学, 医学(系)研究科(研究院), 講師 (90724211)
• Project Period (FY): 2020-10-27 – 2024-03-31
• Keywords: 結核 / 非結核性抗酸菌症 / MLST / 分子疫学

Outline of Final Research Achievements

From fiscal year 2020 to 2022, we developed the mlstverse-web system for real-time species identification using MinION sequencer. In fiscal year 2023, with the cooperation of Vice-Dean Karunawati, we installed the MinION and the developed mlstverse-web system to the University of Indonesia. The next-generation sequencing analysis was performed using nine NTM culture samples obtained in Indonesia that could not be identified by conventional tests. As a result, five cases of M. abscessus subsp. abscessus, one case of M. colombiense, and one case of M. farcinogenes were identified. For two cases, the scores for any species were low, suggesting the possibility of new species, highlighting the importance of accurate species identification in Indonesia.

Free Research Field

ゲノム科学

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

2019年にSaptawati らによって行われた同国の結核疑い患者を対象とした後ろ向き研究によると、結核疑いと診断されていた患者から取得された単離株の15%が、NTMであることが明らかとなった。NTMは亜種レベルで薬剤感受性が異なるため、本来であれば詳細な菌種同定を行ってから治療方針を決定する必要がある。そのため結核陽性と診断されたうちの15%のNTM症例については、多剤耐性結核菌として扱われるなど、適切な治療を行えていなかった可能性がある。この誤診がインドネシアにおける結核根絶を妨げる一因になっていると考えられることから、迅速かつ正確な同定法の導入が治癒率改善につながると期待される。