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2009 Fiscal Year Annual Research Report

一分子生理学を超えて:生体分子機械を力で優しく働かせる

Research Project

Project/Area Number 21000011
Research InstitutionWaseda University

Principal Investigator

木下 一彦  Waseda University, 理工学術院, 教授 (30124366)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 石渡 信一  理工学術院, 教授 (10130866)
Keywords1分子計測・操作 / 1分子生理・生化学 / 生体エネルギー変換 / タンパク質核酸の構造動態機能 / 回転分子モーター / リニアー分子モーター / F1-ATPase / トポイソメラーゼ
Research Abstract

(1)F1-ATPaseの回転機構
回転分子モーターF1の回転子を磁気ピンセットによりATP合成方向に回転させ、蛍光性AD(T)Pを用いて、回転角と3つの活性部位における化学反応の関係を調べた。合成は基本的に加水分解の逆の道筋をたどることが分かった。ヌクレオチド親和性の角度依存性も分かり、Boyerの結合変化説を実証しつつある。
活性部位に結合したヌクレオチドの数は常に2であり、ATP結合の直後だけ一瞬3になることが確かめられた。従来必要とされてきた3個目は、活性と無関係な弱い結合によること、燐酸は加水分解直後に放出されること、なども分かった。
回転軸を半身に削いでしまった変異体でも、高速回転するだけでなく、野生体の半分のトルクを発生できる。
(2)ATP合成酵素
脂質膜に再構成することにより、ATP駆動での膜内回転を示せたが、プロトン駆動によるATP合成方向の回転は検出できなかった。その後ATP合成活性のはるかに高い再構成法を見いだしたので、合成回転の可視化に再挑戦する。
(3)リニアー分子モーター
ATPに駆動されるミオシンの爪先上下運動を詳細に解析し、投稿した。また、ミオシンVとアクチン間の結合力には方向性があること、斜めに引っ張られてもミオシンVは歩き続けられること、などを示した
(4)その他
II型トポイソメラーゼがDNAの絡まりをほどくときの見かけのprocessivityは1μm程度であり、DNAのブラウン運動によると分かりつつある。Reverse gyraseに関しても、一分子だけでDNAを何回も捻り続けることを示唆するデータが取れ始めている。紡錘体(染色体分裂装置)はラダビーボールの形をしているが、外力で紡錘体を変形させて大きさが変わってしまっても形状が保たれることが分かり、その機構を調べている。

  • Research Products

    (63 results)

All 2010 2009

All Journal Article (17 results) (of which Peer Reviewed: 17 results) Presentation (45 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Stimulation of F1-ATPase activity by sodium dodecyl sulfate2010

    • Author(s)
      Hossain, M.,D., et al.
    • Journal Title

      Biochimica Biophysica Acta-Bioenergetics 1797

      Pages: 435-442

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Chemo-mechanical coupling in Fl-ATPase revealed by catalytic site occupancy during catalysis2010

    • Author(s)
      Shimo-Kon, R., et al.
    • Journal Title

      Biophysical Journal 98

      Pages: 1227-1236

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Activation and stiffness of the inhibited states of F1-ATPese probed by single-molecule manipulation2010

    • Author(s)
      Saita, E., et al.
    • Journal Title

      J.Bioi.Chem. 285

      Pages: 11411-11417

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular motors as an auto-oscillator2010

    • Author(s)
      Ishiwata, S., et al.
    • Journal Title

      HFSP J. (in press,未定)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A potential role of actin filament polymerization/depolymerization in smooth muscle contration2010

    • Author(s)
      Watanabe, M., et al.
    • Journal Title

      Adapt.Med. (in press,未定)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Insights into the mechanisms of myosin and kinesin molecular motors frotn the singie-molecule unbinding force measurements2010

    • Author(s)
      Mikhailenko, S.V., et al.
    • Journal Title

      J Royal Soc.Interfface. (in press,未定)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Titin-bbased regulation of diastolic and systolic function of mammalian cardiac muscle2010

    • Author(s)
      Fukuda, N., et al.
    • Journal Title

      J.Mol.Cell.Cadiol. (in press,未定)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Robust processivity of myosin-V under off-axis loads2010

    • Author(s)
      Oguchi, Y., et al.
    • Journal Title

      Nature Chemical Biology 6(4)

      Pages: 300-305

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Key residues on microtubule responsible for activation of kinesin ATPase2010

    • Author(s)
      Uchimura, S., et al.
    • Journal Title

      EMBO J. Mar 11(in press,未定)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Activated protein G prevents glutamate-and thrombin-induced activation of nuclear factor-kB in cultured hippocampal neurons2010

    • Author(s)
      Gorbacheva, L., et al.
    • Journal Title

      Neurosci. 165(4)

      Pages: 1138-1146

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Actin oligomers at the initial stage of polymerization induced by increasing temperature under low ionic strength : Study with Small-angle X-ray scattering2010

    • Author(s)
      Sato, T., et al.
    • Journal Title

      Biophysics 6

      Pages: 111

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] D-loop of actin differently regulates the motor function of myosins II and V2009

    • Author(s)
      Kubota, H., et al.
    • Journal Title

      J.Biol.Chem. 284

      Pages: 35251-35258

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Endothelial protein C receptor is expressed in rat cortical and hippocampal neurons and is necessary for protective effect of activated protein C at glutamate excitotoxicity2009

    • Author(s)
      Gorbacheva, L., et al.
    • Journal Title

      J. Neurochem 111

      Pages: 967-975

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 紡垂体の力学計測2009

    • Author(s)
      板橋岳志, 他
    • Journal Title

      生物物理 49

      Pages: 250-251

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Inter-sarcomere coordination in muscle revealed through individual sarcomere response to quick stretch2009

    • Author(s)
      Shimmoto, Y., et al.
    • Journal Title

      Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A 106

      Pages: 11954-11959

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Protein kinase A-dependent modulation of Ca2+ sensitivity in fast skeletal muscle reconstituted with cardiac troponin2009

    • Author(s)
      Matsuba, D., et al.
    • Journal Title

      J.Gen.Physiol. 133(6)

      Pages: 571-581

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Purification of cytoplasmic actin by affinity chromatography using the C-terminal half of gelsolin2009

    • Author(s)
      Ohki, T., et al.
    • Journal Title

      Biochem.Biophys.Res.Commun 383(1)

      Pages: 146-150

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Hierarchical chemo-mechanical feedback loop in bio-motile systems2010

    • Author(s)
      Ishiwata, S.
    • Organizer
      International Symposium on "Fifty years of biophysics research at Nagoya University
    • Place of Presentation
      Nagoya University, Japan
    • Year and Date
      20100312-20100314
  • [Presentation] Playing with microscopes : Some technical hints2010

    • Author(s)
      Kinosita, K., Jr.
    • Organizer
      Tne 2nd Bangalore Microscopy Course
    • Place of Presentation
      NCBS, India.
    • Year and Date
      20100221-20100228
  • [Presentation] Rotary motions in molecular machines2010

    • Author(s)
      Kinosita, K., Jr.
    • Organizer
      Tne 2nd Bangalore Microscopy Course
    • Place of Presentation
      NCBS, India.
    • Year and Date
      20100221-20100228
  • [Presentation] Temperature dependence of positive supercoiling by reverse gyrase2010

    • Author(s)
      Ogawa, T., et al.
    • Organizer
      The 2nd Bangalore Microscopy Course
    • Place of Presentation
      NOBS, India.
    • Year and Date
      20100221-20100228
  • [Presentation] Probing the force-batancing mechanism of the meiotic spindle in xenopus egg extracts2010

    • Author(s)
      Takagi, J., et al.
    • Organizer
      Biophysical Society 54th Annual Meeting
    • Place of Presentation
      San Francisco, USA
    • Year and Date
      20100220-20100224
  • [Presentation] Microscopic measurement of periodic cross-bridge formation in skeletal myofibril2010

    • Author(s)
      Suzuki, M., et al.
    • Organizer
      Biophysical Society 54th Annual Meeting
    • Place of Presentation
      San Franoisco, USA
    • Year and Date
      20100220-20100224
  • [Presentation] Regulation of myosin motility by d-loop of actin2010

    • Author(s)
      Kubota, H., et al.
    • Organizer
      Biophysical Society 54th Annual Meeting
    • Place of Presentation
      San Francisco, USA
    • Year and Date
      20100220-20100224
  • [Presentation] Mxamining mechanical properties of vertebrate meiotic spindles2010

    • Author(s)
      Shimamoto, Y., et al.
    • Organizer
      Biophysical Society 54th Annual Meeting
    • Place of Presentation
      San Francisco, USA
    • Year and Date
      20100220-20100224
  • [Presentation] Key residues on microtubules responsible for activation of kinesin2010

    • Author(s)
      Uchimura, S., et al.
    • Organizer
      Biophysical Society 54th Annuai Meeting
    • Place of Presentation
      San Francisco, USA
    • Year and Date
      20100220-20100224
  • [Presentation] Single sarcomere imaging by quantum dots (QDOTS) in the heart2010

    • Author(s)
      Terui, T., et al.
    • Organizer
      Biophysical Society 54th Annual Meeting
    • Place of Presentation
      San Francisco, USA
    • Year and Date
      20100220-20100224
  • [Presentation] Single sarcomere imaging in cardiomyocytes with quantum dots (QDOTS) : Physiological significance of SPOC in cardiac beat2010

    • Author(s)
      Fukuda, N., et al.
    • Organizer
      Biophysical Society 54th Annual Meeting
    • Place of Presentation
      San Francisco, USA
    • Year and Date
      20100220-20100224
  • [Presentation] Theory on auto-oscillation of striated muscle (SPOC)2010

    • Author(s)
      Sato, K., et al.
    • Organizer
      Biophysical Society 54th Annual Meeting
    • Place of Presentation
      San Francisco, USA
    • Year and Date
      20100220-20100224
  • [Presentation] Stepping motion of myosin V under off-axis laods2010

    • Author(s)
      Oguchi, Y., et al.
    • Organizer
      Biophysical Society 54th Annual Meeting
    • Place of Presentation
      San Francisco, USA
    • Year and Date
      20100220-20100224
  • [Presentation] Insights into the mechanism of force transduction in myosin V from the mutations in the converter2010

    • Author(s)
      Mikhailenko, S, V., et al.
    • Organizer
      Biophysical Society 54th Annual Meeting
    • Place of Presentation
      San Francisco, USA
    • Year and Date
      20100220-20100224
  • [Presentation] Self-organization in biomotile systems-molecular motors, auto-oscillation (SPOC) in muscle and meiotic spindle –2010

    • Author(s)
      Ishiwata, S., et al.
    • Organizer
      1st POSTECH Workshop
    • Place of Presentation
      Pohang, Korea
    • Year and Date
      20100127-20100129
  • [Presentation] 方錐体形状の左右対称について:非対称変形に対する応答性2010

    • Author(s)
      鈴木和也, 他
    • Organizer
      2010年生体運動研究合同班会議
    • Place of Presentation
      中央大学,東京
    • Year and Date
      20100109-20100111
  • [Presentation] 拍動に伴う心筋細胞の熱産生イメージング2010

    • Author(s)
      瀬戸祐介, 他
    • Organizer
      2010年生体運動研究合同班会議プログラム
    • Place of Presentation
      中央大学,東京
    • Year and Date
      20100109-20100111
  • [Presentation] 顕微画像化法の開発と細胞構造・物性・機能の研究2010

    • Author(s)
      鈴木団
    • Organizer
      第2回生物学・化学・情報科学融合のための戦略的先進理工学研究基盤の形成(FBT)・超専攻型融合テーマスタディクラスター教育(TSC-PBL)
    • Place of Presentation
      早稲田大学,東京
    • Year and Date
      2010-01-23
  • [Presentation] Driving force of Fo-motor from Bacillus PS3 FoF1-ATP synthase2009

    • Author(s)
      曽我直樹, 他
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第35回討諭会
    • Place of Presentation
      旭川医科大学,旭川
    • Year and Date
      20091218-20091220
  • [Presentation] Beyond single-molecule physiology2009

    • Author(s)
      Kinosita, K., Jr.
    • Organizer
      Frontiers in Biophysics Meeting
    • Place of Presentation
      Gran Hotel Domine, Spain
    • Year and Date
      20091107-20091109
  • [Presentation] Direct observation of interaction between sungle actin filament and myosin in skeletal myofibril2009

    • Author(s)
      Suzuki, M., et al.
    • Organizer
      The 3rd Mechanobiology Workshop
    • Place of Presentation
      National Univ. of Singapore
    • Year and Date
      20091103-20091105
  • [Presentation] Mechanochemistry of microtubule systems : Single-molecule motors and meiotic spindle2009

    • Author(s)
      Ishiwata, S., et al.
    • Organizer
      The 3rd Mechanobiology Workshop
    • Place of Presentation
      National Univ. of Singapore
    • Year and Date
      20091103-20091105
  • [Presentation] Rotary motions in molecular machines2009

    • Author(s)
      Kinosita, K., Jr.
    • Organizer
      Nano SWEC 2009
    • Place of Presentation
      Univ. of Bordeaux, France.
    • Year and Date
      20091102-20091104
  • [Presentation] Temperature dependence of positive supercoiling by reverse gyrase2009

    • Author(s)
      小川泰策, 他
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      アスティ徳島,徳島.
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] Direct observation of DNA unlinking magic by a type-II DNA topoisomerase2009

    • Author(s)
      余語克紀, 他
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      アステイ徳島,徳島.
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] Rotation of F1-ATPase with truncated γ-subunits2009

    • Author(s)
      千綿亮平, 他
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      アスティ徳島,徳島.
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] 生体運動系の自動振動:変動するナノ機能空間2009

    • Author(s)
      石渡信一
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      アスティ徳島,徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] ゲルゾリンC末端部位を使った細胞質アクチンのアフィニティ精製2009

    • Author(s)
      大木高志, 他
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      アスティ徳島,徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] ミオシンVの頭部間協調性におけるレバーアームの役割2009

    • Author(s)
      小ロ祐伴, 他
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      アスティ徳島,徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] 細胞内の局所的な温度変化の測定とその解析2009

    • Author(s)
      大山廣太郎, 他
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      アスティ徳島,徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] 張力のかかったアクチンフィラメント上でのミオシンV-分子運動2009

    • Author(s)
      久保田寛顕, 他
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      アスティ徳島,徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] 細胞内アクチンのSS結合による二量体の研究2009

    • Author(s)
      福原大裕, 他
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      アスティ徳島,徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] 正常おろび心筋症におけるSPOCの研究2009

    • Author(s)
      山根光智, 他
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      アスティ徳島,徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] 肥満細胞の脱顆粒メカニズム:アクチン骨格再構成での活性化タンパク質Cの役割2009

    • Author(s)
      小野文睦, 他
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      アステイ徳島,徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] 活性化レベルに依存する骨格筋自励振動現象の振舞い2009

    • Author(s)
      今野岳史, 他
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      アスティ徳島,億島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] 分裂中期にある方錐体形状の左右相称制御2009

    • Author(s)
      鈴木和也, 他
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      アスティ徳島,徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] 分裂期のHela細胞への局所温度勾配の効果2009

    • Author(s)
      元吉真広, 他
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      アスティ徳島,徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] ミオシンVの運動性におけるトロポミオシンの役割2009

    • Author(s)
      石塚隼司, 他
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      アスティ徳島,徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] Rotations in molecular maehines2009

    • Author(s)
      Kinosita, K., Jr.
    • Organizer
      Subcellular Microscopy and Probing, International Symposium
    • Place of Presentation
      Villa Bosch, Germany.
    • Year and Date
      20091023-20091025
  • [Presentation] Studies of F1-ATPase in the presence of sodium dodecyl sulfate2009

    • Author(s)
      Hossain, M, D.
    • Organizer
      第82回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド,神戸.
    • Year and Date
      20091021-20091024
  • [Presentation] Driving force of Fo-motor from Bacillus PS3 FoF1-ATP synthase2009

    • Author(s)
      曽我直樹, 他
    • Organizer
      第82回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド,神戸.
    • Year and Date
      20091021-20091024
  • [Presentation] Spontaneous oscillatory contraction : A functional assay of contractile function of human heart samples stored at -190℃2009

    • Author(s)
      dos Remedios, C.G., et al.
    • Organizer
      ISHR/CSAN 2009
    • Place of Presentation
      Sydney, Australia
    • Year and Date
      20090813-20090816
  • [Presentation] Rotations in molecular machines2009

    • Author(s)
      Kinosita, K., Jr.
    • Organizer
      The 355th Xiangshan Science Conference
    • Place of Presentation
      Fregrant Hill Hotel, China.
    • Year and Date
      20090708-20090710
  • [Presentation] ヒト心筋における正常、病態の違い2009

    • Author(s)
      山根光智, 他
    • Organizer
      筋生理の集い
    • Place of Presentation
      東京慈恵会医科大学,東京
    • Year and Date
      2009-12-19
  • [Presentation] 骨格筋原線維における微細振動2009

    • Author(s)
      今野岳史, 他
    • Organizer
      筋生理の集い
    • Place of Presentation
      東京慈恵会医科大学,東京
    • Year and Date
      2009-12-19
  • [Book] Single molecule speotroscopy in chemistry. physics and biology "Vol.96.," Chemo-mechanical coupling in the rotary molecular motor F1-ATPase"2010

    • Author(s)
      Adachi, K., et al.
    • Total Pages
      572(271-288)
    • Publisher
      Springer

URL: 

Published: 2011-06-16   Modified: 2016-04-21  

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