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2012 Fiscal Year Annual Research Report

藻類・プロティスト複合系の多様性研究の基盤構築

Research Project

Project/Area Number 21247010
Research InstitutionUniversity of Tsukuba

Principal Investigator

井上 勲  筑波大学, 生命環境系, 教授 (70168433)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 菊地 淳  独立行政法人理化学研究所, 植物科学研究センター, チームリーダー (00321753)
守屋 繁春  独立行政法人理化学研究所, 基幹研究所, 専任研究員 (00321828)
渡邉 信  筑波大学, 生命環境系, 教授 (10132870)
石田 健一郎  筑波大学, 生命環境系, 教授 (30282198)
中山 剛  筑波大学, 生命環境系, 講師 (40302369)
橋本 哲男  筑波大学, 生命環境系, 教授 (50208451)
稲垣 祐司  筑波大学, 生命環境系, 准教授 (50387958)
Project Period (FY) 2009-04-01 – 2013-03-31
Keywords環境 / 進化 / 分類学 / 生態学 / 原生生物
Research Abstract

本研究は、藻類とプロティストで構成される未知の微生物複合系と,それらを取り巻く物質環境の多様性とその相互作用を,複合オミクスデータで網羅的に解明する研究基盤を構築することを目的としている。本年度は,平成22年度および平成23年度の東京湾沿岸サンプルを用いて,1)抽出方法を改良した核磁気共鳴法でのメタボローム解析,2)次世代シーケンサーを使用した環境メタゲノム解析,3)クロロフィル代謝物質(特に分解代謝物質)の色素分析,4)新規生物の系統分類学的解析を実施した。
環境メタボロームデータと,同海域から単離培養した藻類培養株のメタボロームデータと比較することで,環境水中から確認できた環境物質が,同時に存在していた優占生物に由来することを示すデータが得られ,核磁気共鳴法が多様な生物・成分で構成される環境水の変動解析に有効な手段である可能性を示した。一方,環境メタゲノム解析については,平成22年4月から翌年3月までの12ヶ月分(合計24サンプル)と,平成23年6月から8月の連続する数日間(合計24サンプル)について実施し,それぞれ真核微生物相の周年変動と夏期の赤潮発生期の短期変動を調査した。この結果,顕微鏡観察では把握できなかった多数のプロティストの季節変動が明らかとなり,これらと周囲の物理・化学的環境との相関についても把握した。さらに,これまで発生過程が不明瞭だったシクロフェオフォルバイドaエノール(cPPB-aE)というクロロフィル代謝物が,プロティストが藻類を捕食する際に産生されることを,確立したプロティストの2員培養株を用いた色素分析で明らかにした。そこで,これまでの環境試料についてクロロフィル色素分析を実施し,クロロフィル代謝分解物と環境メタゲノムデータとの相関解析を行い,cPPB-aEが藻類捕食性従属栄養生物の捕食活性を測る指標となる可能性を検証した。

Current Status of Research Progress
Reason

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

24年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (43 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (12 results) (of which Peer Reviewed: 11 results) Presentation (26 results) (of which Invited: 3 results) Book (5 results)

  • [Journal Article] Rigifila ramosa n. gen., n. sp., a filose apusozoan with a distinctive pellicle, is related to Micronuclearia.2013

    • Author(s)
      Yabuki A, Ishida K and Cavalier-Smith T.
    • Journal Title

      Protist

      Volume: 164 Pages: 75-88

    • DOI

      10.1016/j.protis.2012.04.005, How to Cite or Link Using DOI

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Identification of a bacteria-like ferrochelatase gene in Strongyloides venezuelensis, an animal parasitic nematode.2013

    • Author(s)
      Nagayasu E, Ishikawa S, Taketani S, Ooka T, Chakraborty G, Yoshida A, Inagaki Y, Hayashi T, Maruyama H.
    • Journal Title

      PLoS One

      Volume: 8 Pages: e58458

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0058458

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Physicochemical characterization of complex biochemical mixtures from diversed seaweeds2012

    • Author(s)
      Date Y, Sakata K and Kikuchi J.
    • Journal Title

      Polymer J.

      Volume: 44 Pages: 888-894

    • DOI

      DOI:10.1038/pj.2012.105

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Ubiquity and quantitative significance of detoxification catabolism of chlorophyll associated with protistan herbivory.2012

    • Author(s)
      Kashiyama Y, Yokoyama A,他6名, Inouye I, Ishida K, 他7名
    • Journal Title

      Proceedings of National Academy of Sciences of the United States of America

      Volume: 109 Pages: 17328-17335

    • DOI

      www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.1207347109

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Esquamula lacrimiformis n. g., n. sp., a New Member of Thaumatomonads that Lacks Siliceous Scales2012

    • Author(s)
      Shiratori T, Yabuki A, Ishida K.
    • Journal Title

      The Journal of Eukaryotic Microbiology

      Volume: 59 Pages: 527-536

    • DOI

      10.1111/j.1550-7408.2012.00635.x

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 藻類とは何か――プロティストによる「植物という生き方」の取捨選択2012

    • Author(s)
      中山剛
    • Journal Title

      生物の科学 遺伝

      Volume: 66 Pages: 384-390

  • [Journal Article] Optimization of culture conditions of the thraustochytrid Aurantiochytrium sp. strain 18W-13a for squalene production.2012

    • Author(s)
      Nakazawa A, Matsuura H, Kose R, Kato S, Honda D, Inouye I, Kaya K, Watanabe MM.
    • Journal Title

      Bioresource technology

      Volume: 109 Pages: 287-291

    • DOI

      10.1016/j.biortech.2011.09.127

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Metabolic sequences of anaerobic fermentation on glucose-based feeding substrates based on correlation analyses of microbial and metabolite profiling2012

    • Author(s)
      Date Y, Iikura T, Yamazawa, A., Moriya S and Kikuchi J.
    • Journal Title

      J. Proteome Res. 11

      Volume: 11 Pages: 5602-5610

    • DOI

      10.1021/pr3008682

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Prasinoxanthin is absent in the green-colored dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum strain NIES- 1868: Pigment composition and 18S rRNA phylogeny.2012

    • Author(s)
      Matsumoto T, Kawachi M, Miyashita H, Inagaki Y.
    • Journal Title

      Journal of Plant Research

      Volume: 165 Pages: 705-711

    • DOI

      10.1007/s10265-012-0486-6

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Evolution of elongation factor-like (EFL) protein in Rhizaria is revised by radiolarian EFL gene sequences.2012

    • Author(s)
      Ishitani Y, Kamikawa R, Yabuki A, Tsuchiya M, Inagaki Y, Takishita K.
    • Journal Title

      Journal of Eukaryotic Microbiology

      Volume: 59 Pages: 367-373

    • DOI

      10.1111/j.1550-7408.2012.00626.x

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Separate origins of group I introns in two mitochondrial genes of the katablepharid Leucocryptos marina.2012

    • Author(s)
      Nishimura Y, Kamikawa R, Hashimoto T, Inagaki Y.
    • Journal Title

      PLoS One

      Volume: 7 Pages: e37307

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0037307

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Multigene phylogenies of diverse Carpediemonas-like organisms identify the closest relatives of 'amitochndriate' diplomonads and retortamonads2012

    • Author(s)
      Takishita K, Kolisko M, Komatsuzaki H, Yabuki A, Inagaki Y, Cepicka I, Smejkalova P, Silberman JD, Hashimoto T, Roger AJ, Simpson AGB.
    • Journal Title

      Protist

      Volume: 163 Pages: 344-355

    • DOI

      10.1016/j.protis.2011.12.007

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 新奇単細胞真核生物Tsukubamonas globosaの系統的位置とミトコンドリアゲノム2012

    • Author(s)
      神川龍馬, 西村祐貴, 矢吹彬憲, Kolisko M, Simpson A GB, Roger A J , 石田健一 郎, 橋本哲男, 稲垣祐司.
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場・マリンメッセ福岡、福岡
    • Year and Date
      20121211-20121214
  • [Presentation] 真核生物における翻訳伸長因子EF-1αとEFLを両有するゲノムの分布2012

    • Author(s)
      神川龍馬, 西村祐貴, 左子芳彦, 橋本哲男, 稲垣 祐司
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場・マリンメッセ福岡、福岡
    • Year and Date
      20121211-20121214
  • [Presentation] A model for endosymbiotic genome reduction: rhopalodiacecan diatoms2012

    • Author(s)
      Yuji Inagaki
    • Organizer
      Protist2012
    • Place of Presentation
      University of Oslo, Oslo, Norway
    • Year and Date
      20120729-20120803
    • Invited
  • [Presentation] A new strategy of organellar genome sequencing incorporating rolling circle amplification: protist mitochondria genomes.2012

    • Author(s)
      Nishimura Y, Kamikawa R, Inagaki Y, Hashimoto T.
    • Organizer
      Protist2012
    • Place of Presentation
      University of Oslo, Oslo, Norway
    • Year and Date
      20120729-20120803
  • [Presentation] Is the replacement of a gene encoding plastid-targeted GAPDH on-going in the dinoflagellate genus in Karenia?2012

    • Author(s)
      Yazaki Y, Kamikawa R, Hashimoto T, Inagaki Y.
    • Organizer
      Protist2012
    • Place of Presentation
      University of Oslo, Oslo, Norway
    • Year and Date
      20120729-20120803
  • [Presentation] The phylogenetic position and mitochondrial genome sequence of the enigmatic discobid Tsukubamonas globosa.2012

    • Author(s)
      Kamikawa R, Nishimura Y, Yabuki A, Kolisko M, Simpson A GB, Roger A J, Ken-ichiro Ishida, Hashimoto T, Inagaki Y.
    • Organizer
      Protist2012
    • Place of Presentation
      University of Oslo, Oslo, Norway
    • Year and Date
      20120729-20120803
  • [Presentation] ローリングサークル型複製法に基づく原生生物ミトコンドリアゲノムのシーケンス解析2012

    • Author(s)
      西村祐貴、神川龍馬、稲垣祐司、橋本哲男
    • Organizer
      第1回マトリョーシカ型生物学研究会
    • Place of Presentation
      国立感染症研究所、東京
    • Year and Date
      20120720-20120721
  • [Presentation] Karenia属渦鞭毛藻類の三次葉緑体獲得に伴う葉緑体型GAPDHの進化2012

    • Author(s)
      矢崎裕規、神川龍馬、橋本哲男、稲垣祐司
    • Organizer
      第1回マトリョーシカ型生物学研究会
    • Place of Presentation
      国立感染症研究所、東京
    • Year and Date
      20120720-20120721
  • [Presentation] 珪藻Epithemia turgida細胞における窒素固定シアノバクテリア共生体のゲノム解析2012

    • Author(s)
      稲垣祐司
    • Organizer
      第1回マトリョーシカ型生物学研究会
    • Place of Presentation
      国立感染症研究所、東京
    • Year and Date
      20120720-20120721
  • [Presentation] 光合成能進化研究のモデルとしての無色珪藻類Nitzschia spp.2012

    • Author(s)
      神川龍馬、吉田昌樹、平美砂歌、石田健一郎、橋 本哲男、稲垣祐司
    • Organizer
      日本藻類学会第36回大会
    • Place of Presentation
      北海道大学(札幌)
    • Year and Date
      20120713-20120715
  • [Presentation] Genome evolution of the nitrogen-fixing cyanobacterial endosymbiont in the diatom Epithemia turgida.2012

    • Author(s)
      Yuji Inagaki
    • Organizer
      Integrated Microbial Biodiversity Program Meeting, Canadian Institute for Advanced Research
    • Place of Presentation
      Quebec City, Quebec, Canada
    • Year and Date
      20120509-20120510
    • Invited
  • [Presentation] 沿岸域におけるクロロフィル誘導体と真核微生物相の時空間変動解析

    • Author(s)
      横山 亜紀子, 柏山祐一郎, 守屋繁春, 民秋均, 井上 勲
    • Organizer
      日本地球惑星科学連合2013年大会
    • Place of Presentation
      幕張メッセ(千葉)
  • [Presentation] プロティスト捕食活動の指標としてのシクロエ ノールの可能性を探る

    • Author(s)
      横山 亜紀子, 柏山 祐一郎, 守屋 繁春, 民秋 均, 井上 勲
    • Organizer
      日本藻類学会第 37 回大会
    • Place of Presentation
      山梨大学(甲府)
  • [Presentation] 祖先的な光合成性ユーグレナ藻であるユートレプチア目の分子系統解析

    • Author(s)
      川口明音, 白鳥峻志, 雪吹直史, Leander B S, 中山剛
    • Organizer
      日本藻類学会第 37 回大会
    • Place of Presentation
      山梨大学(甲府)
  • [Presentation] 色素体獲得を可能にしたユーグレノイドによるク ロロフィルの解毒代謝分解

    • Author(s)
      柏山 祐一郎, 横山 亜紀子, 白鳥 峻志, 川口 明 音, 中沢 昌美, 井上 勲 , 民秋 均
    • Organizer
      日本藻類学会第 37 回大会
    • Place of Presentation
      山梨大学(甲府)
  • [Presentation] ハプト藻類Chrysochromulina sp.ミトコンドリアゲノムと転移性イントロンの進化

    • Author(s)
      西村祐貴、神川龍馬、稲垣祐司、橋本哲男
    • Organizer
      日本藻類学会第37回大会
    • Place of Presentation
      山梨大学(甲府)
  • [Presentation] 渦鞭毛藻類における緑色葉緑体の起源と多様性

    • Author(s)
      稲垣祐司、皿井千裕、神川龍馬、高橋和也、岩滝 光儀
    • Organizer
      第15回植物オルガネラワークショップ
    • Place of Presentation
      オルガホール、岡山
    • Invited
  • [Presentation] Seasonal succession of eukaryotic community detected by environmental sequences in Tokyo Bay, Japan.

    • Author(s)
      Yokoyama A, Kikuchi J, Tsuboi Y, Moriya S, Inagaki Y, Hashimoto T and Inouye I.
    • Organizer
      Protist 2012
    • Place of Presentation
      Oslo, Norway
  • [Presentation] Morphology and phylogeny of a new imbricatean flagellate (phylum Cercozoa).

    • Author(s)
      Shiratori T, Yokoyama A and Ishida K.
    • Organizer
      Protist 2012
    • Place of Presentation
      Oslo, Norway
  • [Presentation] Ecological significance of chlorophyll metabolism of herbivorous protists in aquatic ecosystems.

    • Author(s)
      Kashiyama Y, Yokoyama A, Miyashita H, Ishikawa K, Ishikawa A, Inouye I and Tamiaki H.
    • Organizer
      Protist 2012
    • Place of Presentation
      Oslo, Norway
  • [Presentation] Evolutionary significance of chlorophyll metabolisms of herbivorous protists in aquatic ecosystems.

    • Author(s)
      Kashiyama Y, Yokoyama A, Shiratori T, Inouye I, Ishida K and Tamiaki H.
    • Organizer
      Protist 2012
    • Place of Presentation
      Oslo, Norway
  • [Presentation] 微細藻類捕食プロティストによるクロロフィルの 解毒代謝

    • Author(s)
      柏山 祐一郎,横山 亜紀子,井上 勲 ,石田 健一郎 他13名
    • Organizer
      日本藻類学会第36回大会
    • Place of Presentation
      北海道大学(札幌)
  • [Presentation] 塩基配列情報で探る東京湾沿岸の真核微生物相とその季節変動

    • Author(s)
      横山 亜紀子,守屋 繁春,稲垣 祐司,橋本 哲男 ,井上 勲
    • Organizer
      日本藻類学会第36回大会
    • Place of Presentation
      北海道大学(札幌)
  • [Presentation] 環境メタゲノムで探る東京湾の藻類・プロティスト相

    • Author(s)
      横山亜紀子・守屋繁春・稲垣祐司・橋本哲男・井上勲
    • Organizer
      NGS現場の会 第二回研究会
    • Place of Presentation
      ホテル阪急エキスポパーク(大阪)
  • [Presentation] メタゲノミクスで探る東京湾沿岸の藻類・プロティスト相

    • Author(s)
      横山 亜紀子, 守屋繁春, 稲垣佑司, 橋本哲男, 白鳥峻志, 中山 剛, 石田健一郎 , 井上 勲
    • Organizer
      日本地球惑星科学連合2012年大会
    • Place of Presentation
      幕張メッセ(千葉)
  • [Presentation] 放散虫と有孔虫が互いに姉妹群とする「レタリア仮説」に基づいたアクチン、チューブリンおよびペプチ ド伸長因子の複雑な進化シナリオ

    • Author(s)
      石谷佳之、石川奏太、神川龍馬、矢吹彬憲、土屋 正史、稲垣祐司、瀧下清貴
    • Organizer
      日本地球惑星科学連合2012年大会
    • Place of Presentation
      幕張メッセ(千葉)
  • [Book] 藻類ハンドブック2012

    • Author(s)
      井上勲
    • Total Pages
      4-10
    • Publisher
      NTS
  • [Book] 藻類ハンドブック2012

    • Author(s)
      中山剛
    • Total Pages
      14-17, 23-27, 46-55,89-92,97-103,325-326
    • Publisher
      NTS
  • [Book] 藻類ハンドブック2012

    • Author(s)
      石田健一郎
    • Total Pages
      93-96
    • Publisher
      NTS
  • [Book] 藻類ハンドブック2012

    • Author(s)
      渡辺信
    • Total Pages
      316-319,341-353,386-387,490-501,520-522,
    • Publisher
      NTS
  • [Book] 生物の科学 遺伝 7月号2012

    • Author(s)
      井上勲
    • Total Pages
      139-444
    • Publisher
      生物の系統と新しい分類系 第4回 原生生物

URL: 

Published: 2014-07-24  

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