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2012 Fiscal Year Annual Research Report

マイクロRNAの発現・成熟に関わる分子の網羅的探索とその機能解析

Research Project

Project/Area Number 21310123
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

程 久美子  東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 准教授 (50213327)

Project Period (FY) 2009-04-01 – 2013-03-31
KeywordsmiRNA / 遺伝子 / noncoding RNA / 発現調節 / プロセシング / RNA結合タンパク質 / 2本鎖RNA結合タンパク質 / ADAR
Research Abstract

本研究では、マイクロRNA(miRNA)の発現・成熟を制御する機構を明らかにすることを目的としている。miRNAは、タンパク質をコードしないnoncoding RNAの一種で、メッセンジャーRNA (mRNA)の3’タンパク質非翻訳領域(3’UTR)に部分的に対合して、標的mRNAの翻訳を抑制する。これまでは、miRNAがどのような標的mRNAに対合して、その翻訳を抑制するのかという研究に焦点が当てられていたため、miRNAの発現・成熟過程についてはよくわかっていない。しかし、miRNAの発現および成熟過程の解析は、未知の多様な高次生命現象の解明には重要である。本研究では、この点に焦点を絞り、miRNAの発現・成熟に関わる機構について明らかにすることを目的とした。
RNAエディティングは様々な種類のRNAで起こることが報告されているが、近年、miRNAでもエディティングが起こることが明らかになり、その機能的意味が注目されている。エディティングは2本鎖RNA特異的アデノシンデアミナーゼ(ADAR)によってRNAの2本鎖部分のアデノシンが脱アミノ化されてイノシンに変換されることによって起こる。ヒトではADAR1~3の3種のADARファミリー遺伝子が存在するが、ADARの各アイソフォームによって、ターゲットとするRNAの種類やエディティング部位が異なるかどうかは明らかではない。そこで、平成24年度は、ADARの各アイソフォームと相互作用するRNAを次世代シーケンスによって網羅的に同定し、エディティングを受けたpre-miRNAを同定することによってアイソフォームによる機能の違いを検討した。また、miRNAの標的識別領域とされるシード領域にエディティングが起こると、標的mRNAの抑制効果に影響を与えることが明らかになった。

Current Status of Research Progress
Reason

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

24年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (27 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 8 results) Presentation (15 results) (of which Invited: 1 results) Book (3 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Distinguishable In Vitro Binding Mode of Monomeric TRBP and Dimeric PACT with siRNA.2013

    • Author(s)
      Tomoko Takahashi
    • Journal Title

      PLoS ONE

      Volume: in press Pages: in press

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Human TNRC6A is an Argonaute-navigator protein for microRNA-mediated gene silencing in the nucleus.2013

    • Author(s)
      Kenji Nishi
    • Journal Title

      RNA

      Volume: 942 Pages: 17-35

    • DOI

      doi:10.1261/rna.034769.112

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Designing functional siRNA with reduced off-target effects.2013

    • Author(s)
      Yuki Naito
    • Journal Title

      Methods Mol. Biol.

      Volume: 942 Pages: 57-68

    • DOI

      doi: 10.1007/978-1-62703-119-6_3

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] IFPA meeting 2012 workshop report I: Comparative placentation and animal models, advanced techniques in placental histopathology, human pluripotent stem cells as a model for trophoblast differentiation2013

    • Author(s)
      Ackerman WE 4th
    • Journal Title

      Placenta

      Volume: 34 Pages: S3-5

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Stability of miRNA 5’ terminal and seed regions is correlated with experimentally observed miRNA-mediated silencing efficacy.2013

    • Author(s)
      Naoki Hibio
    • Journal Title

      Sci. Rep.

      Volume: 2 Pages: 996

    • DOI

      doi:10.1038/srep00996

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] sdRNA: siRNA with a DNA seed for an efficient and target-gene specific RNA interference.2013

    • Author(s)
      Kumiko Ui-Tei
    • Journal Title

      Gene Technology

      Volume: 1 Pages: 102

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] siRNA design software for a target gene-specific RNA interference.2012

    • Author(s)
      Yuki Naito
    • Journal Title

      Front. Genet.

      Volume: 3 Pages: 102

    • DOI

      doi: 10.3389/fgene.2012.00102

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Thermodynamic control of small RNA-mediated gene silencing.2012

    • Author(s)
      Kumiko Ui-Tei
    • Journal Title

      Front. Genet.

      Volume: 3 Pages: 101

    • DOI

      doi: 10.3389/fgene.2012.00101

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 形質膜におけるリン脂質動態解析-ショウジョウバエ培養細胞をモデルとして2012

    • Author(s)
      芦本徹
    • Organizer
      第85回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場・マリンメッセ福岡(福岡)
    • Year and Date
      20121215-20121215
  • [Presentation] Human TNRC6A recruits Argonaute associated small RNA into the nucleus to lead RNA silencing2012

    • Author(s)
      Kenji Nishi
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場・マリンメッセ福岡(福岡)
    • Year and Date
      20121214-20121214
  • [Presentation] Next generation sequencing analysis of miRNA editing by adenosine deaminase acting on RNA2012

    • Author(s)
      Rintaro Ishii
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場・マリンメッセ福岡(福岡)
    • Year and Date
      20121214-20121214
  • [Presentation] Thermodynamic stability in base-pairing regulates the efficiency of small RNA-mediated gene silencing2012

    • Author(s)
      Naoki Hibio
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場・マリンメッセ福岡(福岡)
    • Year and Date
      20121212-20121212
    • Invited
  • [Presentation] Disco-interacting protein 2 (DIP2) regulates guidance of sister axons in the Drosophila mushroom body2012

    • Author(s)
      Yuhei Nitta
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場・マリンメッセ福岡(福岡)
    • Year and Date
      20121212-20121212
  • [Presentation] Distinguishable In Vitro siRNA-Binding Mechanisms of TRBP and PACT2012

    • Author(s)
      Tomoko Takahashi
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場・マリンメッセ福岡(福岡)
    • Year and Date
      20121211-20121211
  • [Presentation] Microarray analysis of non-negligible effect of endogenous miRNAs on exogenous miRNA-mediated silencing activity2012

    • Author(s)
      Eigo Shimizu
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
    • Year and Date
      20121211-20121211
  • [Presentation] Development of high-throughput screening method to identify microRNA which maturation is inhibited at the processing steps2012

    • Author(s)
      Kimihiro Hino
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場・マリンメッセ福岡(福岡)
    • Year and Date
      20121211-20121211
  • [Presentation] 次世代シーケンサーを用いたADARによるmiRNAエディティングの網羅的解析2012

    • Author(s)
      石井 倫太郎
    • Organizer
      東京大学GCOE『ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏』ワークショップ2012
    • Place of Presentation
      東京大学柏キャンパス(千葉)
    • Year and Date
      20121102-20121102
  • [Presentation] Target gene-specific RNAi for placental research.2012

    • Author(s)
      Kumiko Ui-Tei
    • Organizer
      International Federation of Placental Associations (IFPA) 2012 Hiroshima Meeting
    • Place of Presentation
      International Conference Center Hiroshima(広島)
    • Year and Date
      20120918-20120918
  • [Presentation] 核内機能性non-coding RNAの分解に関与するRNA結合蛋白質の同定2012

    • Author(s)
      越智 晴香
    • Organizer
      日本アイソトープ協会 エンライトニングセミナー
    • Place of Presentation
      東京理科大学・森戸記念館(東京)
    • Year and Date
      20120821-20120821
  • [Presentation] アデノシンデアミナーゼによるmiRNA エディティングの網羅的解析2012

    • Author(s)
      石井 倫太郎
    • Organizer
      第12回 東京大学生命科学シンポジウム 2012 BIO UT
    • Place of Presentation
      東京大学・山上会館(東京)
    • Year and Date
      20120712-20120712
  • [Presentation] 細胞内miRNAによる遺伝子発現制御の外来性miRNA導入による摂動解析2012

    • Author(s)
      清水 英悟
    • Organizer
      第12回 東京大学生命科学シンポジウム 2012 BIO UT
    • Place of Presentation
      東京大学・山上会館
    • Year and Date
      20120712-20120712
  • [Presentation] 核内機能性non-coding RNAの分解に関与するRNA結合蛋白質の同定2012

    • Author(s)
      越智 晴香
    • Organizer
      第12回 東京大学生命科学シンポジウム 2012 BIO UT
    • Place of Presentation
      東京大学・山上会館(東京)
    • Year and Date
      20120712-20120712
  • [Presentation] Distinguishable In Vitro Binding Mode of TRBP and PACT with siRNA2012

    • Author(s)
      Tomoko Takahashi
    • Organizer
      RNA Sciences in Cell and Developmental Biology II
    • Place of Presentation
      RIKEN Center for Developmental Biology(兵庫)
    • Year and Date
      20120611-20120612
  • [Book] BIO INDUSTRY 核酸医薬の開発動向2012

    • Author(s)
      程 久美子
    • Total Pages
      4
    • Publisher
      シーエムシー出版
  • [Book] 実験医学別冊 目的別で選べる 遺伝子導入プロトコール2012

    • Author(s)
      程 久美子
    • Total Pages
      5
    • Publisher
      羊土社
  • [Book] 実験医学別冊 目的別で選べる 遺伝子導入プロトコール2012

    • Author(s)
      西 賢二
    • Total Pages
      5
    • Publisher
      羊土社
  • [Remarks] 東京大学 程研究室ホームページ

    • URL

      http://ui-tei.rnai.jp/publications.html

URL: 

Published: 2014-07-24  

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