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2009 Fiscal Year Annual Research Report

生体機能における時空間階層を繋ぐ選択性と統計性の動的構築原理の創出

Research Project

Project/Area Number 21340117
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

小松崎 民樹  Hokkaido University, 電子科学研究所, 教授 (30270549)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 李 振風  北海道大学, 電子科学研究所, 准教授 (90397795)
寺本 央  北海道大学, 電子科学研究所, 助教 (90463728)
Keywords化学反応ダイナミックス / 法双曲的不変多様体 / カオス力学系 / 遷移状態 / 一分子計測 / 複雑ネットワーク
Research Abstract

力学系理論における標準形理論を散逸系に適用し、準安定状態を複数有する多次元平均力ポテンシャルを持つ(一般化)ランジュバン方程式の状態空間幾何学を調べた。その結果、系の持つ複数の自由度間の非線形相互作用、およびランダムな外力の存在下においても、それらに応じた適切な座標を構成してその座標に射影して見ることによって運動が単純な形になることを見出し、またその座標変換を得るための具体的な手法を構築することに成功した。この特別な座標で見ることにより、ランダム力の存在下にあっても少なくとも鞍部点近くの領域においては反応するものとしないものとを分かつ境界が存在し、反応の帰趨は系が鞍部点近傍に入った時点でこの境界面のどちら側にあるかのみで決まっていることを実証した。この境界面は本研究で導入した新しい座標がゼロになる場所として解析的に与えることができる。新しい座標は元の座標およびランダム力の非線形な(汎)関数であるが、その解析的な形を見ることにより系の反応性に影響を及ぼす因子を環境の熱ゆらぎの効果、非線形性の効果、およびそれらが複合的に組合わされた効果に分類して理解することができるなどを示した。
非マルコフ性を自然な形で取り込んだ状態遷移ネットワークを異なる時空間スケール毎に展開し、機械受容イオンチャネルMscLのパッチクランプ電流時系列データを解析した。その結果、膜に与える張力の大きさに依存して、キネテッィクスが多様な変化(指数緩和からべき緩和へ)を示すこと、ならびにそれらの背後に存在する状態に依存して滞在時間分布が多様に変化する状態遷移ネットワークが存在することが判明した。

  • Research Products

    (48 results)

All 2010 2009 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (39 results) Book (5 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] New Quantification of Local Transition Heterogeneity of Multiscale Complex Networks Constructed from Single-Molecule Time Series2009

    • Author(s)
      C.Li, H.Yang, T.Komatsuzaki
    • Journal Title

      Journal of Physical Chemistry B 113(44)

      Pages: 14732-14741

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dynamic pathways to mediate reactions buried in thermal fluctuations I : Time-dependent normal form theory for multidimensional Langevin equqtion2009

    • Author(s)
      S.Kawai, T.Komatsuzaki
    • Journal Title

      J.Chem.Phys. 131

      Pages: 224505-11

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dynamic pathways to mediate reactions buried in thermal fluctuations II : numerical illustrations using a model system2009

    • Author(s)
      S.Kawai, T.Komatsuzaki
    • Journal Title

      J.Chem.Phys. 131

      Pages: 24506-9

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 強レーザー場による反応制御における力学構造(一般、口頭)2010

    • Author(s)
      河合信之輔、小松崎民樹
    • Organizer
      日本化学会第90春季年会
    • Place of Presentation
      近畿大学 本部キャンパス(東大阪市)
    • Year and Date
      2010-03-26
  • [Presentation] Roles of water molecules for structural transitions of solute molecules(一般、ポスター)2010

    • Author(s)
      寺本央、小松崎民樹
    • Organizer
      International Symposium on Joint Research Network for Advanced Material and Devices"彫"
    • Place of Presentation
      ホテルニドム(苫小牧市)
    • Year and Date
      2010-03-25
  • [Presentation] Extracting a Multidimensional Free Energy Landscape from a Scalar Single-Molecule Time Series(一般、ポスター)2010

    • Author(s)
      T.Komatsuzaki
    • Organizer
      International Symposium on Joint Research Network for Advanced Material and Devices"彫"
    • Place of Presentation
      ホテルニドム(苫小牧市)
    • Year and Date
      2010-03-25
  • [Presentation] Multidimensional Energy Landscapes in Single Molecule Biophysics(一般、ポスター)2010

    • Author(s)
      馬場昭典、小松崎民樹
    • Organizer
      International Symposium on Joint Research Network for Advanced Material and Devices"彫"
    • Place of Presentation
      ホテルニドム(苫小牧市)
    • Year and Date
      2010-03-25
  • [Presentation] 多変数確率過程の背後に存在する集団運動の数理(一般、ポスター)2010

    • Author(s)
      宮川尚記, Chun Biu Li, 小松崎民樹
    • Organizer
      日本物理学会第65回年次大会
    • Place of Presentation
      岡山大学津島キャンパス(岡山市)
    • Year and Date
      2010-03-23
  • [Presentation] 熱ゆらぎ環境下での化学反応の偶然と必然(一般 ポスター)2010

    • Author(s)
      河合信之輔、小松崎民樹
    • Organizer
      第日本物理学会65回年次大会
    • Place of Presentation
      岡山大学津島キャンパス(岡山市)
    • Year and Date
      2010-03-23
  • [Presentation] 複雑ネットワークから階層的なツリー構造(disconnectivity graph)を構成する方法論に関する一考察(一般、ポスター)2010

    • Author(s)
      伊藤正寛、馬場昭典、李振風、小松崎民樹
    • Organizer
      日本物理学会 第65回年次大会
    • Place of Presentation
      岡山大学津島キャンパス(岡山市)
    • Year and Date
      2010-03-23
  • [Presentation] 溶質分子の構造変化に際しての水の役割(一般、口頭)2010

    • Author(s)
      寺本央、小松崎民樹
    • Organizer
      日本物理学会第65回年次大会
    • Place of Presentation
      岡山大学津島キャンパス(岡山市)
    • Year and Date
      2010-03-22
  • [Presentation] 可積分系でのエルゴード性を仮定しない反応速度定数の導出(一般、ポスター)2010

    • Author(s)
      永幡裕, 李振風
    • Organizer
      日本物理学会第65回年次大会
    • Place of Presentation
      岡山大学津島キャンパス(岡山市)
    • Year and Date
      2010-03-21
  • [Presentation] 複雑ネットワークから階層的なツリー構造(disconnectivity graph)を構成する方法論に関する一考察(一般、口頭)2010

    • Author(s)
      伊藤正寛、馬場昭典、李振風、小松崎民樹
    • Organizer
      日本生物物理学会 2009年度北海道支部例会
    • Place of Presentation
      北海道大学理学部(札幌市)
    • Year and Date
      2010-03-09
  • [Presentation] Extracting Complex Network and Effective Free Energy Landscape of Protein Fluctuation From Single Molecule Time Series(一般、ポスター)2010

    • Author(s)
      T.Komatsuzaki
    • Organizer
      Biophysical Society 2010 Annual meeting
    • Place of Presentation
      Moscone Center, San Francisco, USA
    • Year and Date
      2010-02-21
  • [Presentation] Nonlinear Dynamics of Chemical Reactions through a Saddle Point(招待、口頭)2010

    • Author(s)
      S.Kawai
    • Organizer
      The 69th Okazaki Conference on"New Frontier in Quantum Chemical Dynamics"
    • Place of Presentation
      Okazaki Conference Center, NINS, Okazaki, Japan
    • Year and Date
      2010-02-21
  • [Presentation] Time-dependent quantum normal form and control of chemical reactions(一般、ポスター)2010

    • Author(s)
      S.Kawai, T.Komatsuzaki
    • Organizer
      International Symposium on"Molecular Theory for Real Systems
    • Place of Presentation
      Fukui Institute for Fundamental Chemistry, Kyoto University, Kyoto
    • Year and Date
      2010-01-07
  • [Presentation] Nonlinear dynamics of chemical reactions in thermal fluctuating environments(一般、ポスター)2010

    • Author(s)
      S.Kawai, T.Komatsuzaki
    • Organizer
      International Symposium on"Molecular Theory for Real Systems
    • Place of Presentation
      Fukui Institute for Fundamental Chemistry, Kyoto University, Kyoto
    • Year and Date
      2010-01-07
  • [Presentation] Discussion on the convergence properties of Lie Canonical Transformation(招待、口頭)2010

    • Author(s)
      H.Teramoto
    • Organizer
      Workshop on dynamical systems theory and reaction dynamics toward large systems
    • Place of Presentation
      Kyoto University, Kyoto
    • Year and Date
      2010-01-06
  • [Presentation] Transition to Chaos above the Reaction Threshold : Bifurcations, Resonances and Future Challenges(招待、口頭)2010

    • Author(s)
      C-B.Li
    • Organizer
      Workshop on dynamical systems theory and reaction dynamics toward large systems
    • Place of Presentation
      Kyoto University, Kyoto
    • Year and Date
      2010-01-05
  • [Presentation] Analysis of chemical reaction dynamics by normal from I-What determines the fate of reaction?-(招待、口頭)2010

    • Author(s)
      S.Kawai
    • Organizer
      Workshop on dynamical systems theory and reaction dynamics toward large systems
    • Place of Presentation
      Kyoto University, Kyoto
    • Year and Date
      2010-01-05
  • [Presentation] Analysis of chemical reaction dynamics by normal from II-Effect of external force-(招待、口頭)2010

    • Author(s)
      S.Kawai
    • Organizer
      Workshop on dynamical systems theory and reaction dynamics toward large systems
    • Place of Presentation
      Kyoto University, Kyoto
    • Year and Date
      2010-01-05
  • [Presentation] Dynamical Origin of Change of States in Chemical Reactions and Conformation Changes--Toward Biological Functions under Thermal Fluctuation(招待、口頭)2009

    • Author(s)
      T.Komatsuzaki
    • Organizer
      RIES-CIS Mini-workshop on Nano/Bio/Quantum Science
    • Place of Presentation
      National Chiao Tung University, Taiwan
    • Year and Date
      2009-12-10
  • [Presentation] 水の集団運動の解析およびそれを通じた溶質分子と水分子の動力学的相互作用の解明(一般、ポスター)2009

    • Author(s)
      寺本央、小松崎民樹
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      アスティとくしま(徳島市)
    • Year and Date
      2009-11-01
  • [Presentation] 機械受容型イオンチャンネルダイナミクスの統計的解析(一般、ポスター)2009

    • Author(s)
      清一人、李振風、小松崎民樹
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      アスティとくしま(徳島市)
    • Year and Date
      2009-11-01
  • [Presentation] Quantifying the Local Transition Heterogeneity of Multiscale Complex Networks Reconstructed from Single-Molecule Time Series(一般、ポスター)2009

    • Author(s)
      C.Li, H.Yang, T.Komatsuzaki
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      アスティとくしま(徳島市)
    • Year and Date
      2009-11-01
  • [Presentation] 多自由度系における安定/不安定多様体の折り畳みパターンおよびそれを通じた力学系の理解(一般、口頭)2009

    • Author(s)
      寺本央、小松崎民樹
    • Organizer
      日本物理学会2009年秋季大会
    • Place of Presentation
      熊本大学(熊本市)
    • Year and Date
      2009-09-26
  • [Presentation] 反応O+OH→H+O2における非統計性と反応動力学(一般、口頭)2009

    • Author(s)
      河合信之輔、小松崎民樹、Pascal Larregaray
    • Organizer
      第3回 分子科学討論会
    • Place of Presentation
      名古屋大学東山キャンパス(名古屋市)
    • Year and Date
      2009-09-24
  • [Presentation] 一分子観測時系列に基づく多次元自由エネルギー地形の構成(一般、口頭)2009

    • Author(s)
      馬場昭典、小松崎民樹
    • Organizer
      第3回 分子科学討論会
    • Place of Presentation
      名古屋大学東山キャンパス(名古屋市)
    • Year and Date
      2009-09-21
  • [Presentation] Data-driven Multiscale Modeling of Single Molecule Experiments from Time Series Analysis(一般、口頭)2009

    • Author(s)
      李振風
    • Organizer
      International Symposium"Innovative Nanoscience of Supermolecular Motor Proteins"
    • Place of Presentation
      京都大学芝蘭会館(京都市)
    • Year and Date
      2009-09-08
  • [Presentation] 状態変化の数理:化学反応の起源を探る(招待、口頭)2009

    • Author(s)
      小松崎民樹
    • Organizer
      Dynamics of complex systems 2009-複雑系解析における未解決問題への新しい挑戦
    • Place of Presentation
      北海道大学理学部(札幌市)
    • Year and Date
      2009-09-01
  • [Presentation] What is the Relevant Information in Modeling the Dynamics of Complex Systems from Measurements?(招待、口頭)2009

    • Author(s)
      李振風
    • Organizer
      Dynamics of complex systems 2009-複雑系解析における未解決問題への新しい挑戦
    • Place of Presentation
      北海道大学理学部(札幌市)
    • Year and Date
      2009-08-31
  • [Presentation] 多自由度Hamilton系における安定/不安定多様体の可能な折り畳みパターンとそれらの力学系の性質との関係(一般、口頭)2009

    • Author(s)
      寺本央
    • Organizer
      力学系研究集会「双曲型力学系から大自由度力学系へ」
    • Place of Presentation
      京都大学(京都市)
    • Year and Date
      2009-08-17
  • [Presentation] 時系列情報から読み解く数理モデル-生体分子の階層的な構造揺らぎを例に-(招待、口頭)2009

    • Author(s)
      小松崎民樹
    • Organizer
      第15回創発システム・シンポジウム 創発夏の学校2009
    • Place of Presentation
      インテック大山研修センター(富山市)
    • Year and Date
      2009-08-09
  • [Presentation] Free Energy Landscape for Single Molecule(招待、口頭)2009

    • Author(s)
      T.Komatsuzaki
    • Organizer
      Telluride Workshop on The Complexity of Dynamics and Kinetics in Many Dimensions
    • Place of Presentation
      Telluride, CO, USA
    • Year and Date
      2009-07-02
  • [Presentation] Construction of an Effective Free Energy Landscape from Single-Molecule Time Series(招待、口頭)2009

    • Author(s)
      A.Baba, T.Komatsuzaki
    • Organizer
      多体化学系の反応ダイナミックスに関する国際シンポジウム
    • Place of Presentation
      京都大学百周年時計台記念館(京都市)
    • Year and Date
      2009-06-22
  • [Presentation] Determinism and fluctuation in condensed phase chemical reactions(一般、ポスター)2009

    • Author(s)
      S.Kawai, T.Komatsuzaki
    • Organizer
      多体化学系の反応ダイナミックスに関する国際シンポジウム
    • Place of Presentation
      京都大学百周年時計台記念館(京都市)
    • Year and Date
      2009-06-22
  • [Presentation] Time series analysis of mechanosensitive ion channel dynamics(一般、ポスター)2009

    • Author(s)
      清一人、李振風、小松崎民樹
    • Organizer
      多体化学系の反応ダイナミックスに関する国際シンポジウム
    • Place of Presentation
      京都大学百周年時計台記念館(京都市)
    • Year and Date
      2009-06-22
  • [Presentation] Does No-return Transition State always exist above the Reaction Thresh old?(一般、ポスター)2009

    • Author(s)
      C.Li, M.Toda, T.Komatsuzaki
    • Organizer
      多体化学系の反応ダイナミックスに関する国際シンポジウム
    • Place of Presentation
      京都大学百周年時計台記念館(京都市)
    • Year and Date
      2009-06-22
  • [Presentation] Free energy landscape from single molecule time series of biomolecules(一般、ポスター)2009

    • Author(s)
      A.Baba, T.Komatsuzaki
    • Organizer
      多体化学系の反応ダイナミックスに関する国際シンポジウム
    • Place of Presentation
      京都大学百周年時計台記念館(京都市)
    • Year and Date
      2009-06-22
  • [Presentation] Understanding high dimensional molecular dynamics in terms of stable/unstable manifolds(一般、口頭)2009

    • Author(s)
      H.Teramoto, T.Komatsuzaki
    • Organizer
      化学反応討論会
    • Place of Presentation
      大宮ソニックシティ(さいたま市)
    • Year and Date
      2009-06-03
  • [Presentation] 安定/不安定多様体の折り畳みパターンを通した分子動力学の解明(一般、口頭)2009

    • Author(s)
      寺本央、小松崎民樹
    • Organizer
      理論化学討論会
    • Place of Presentation
      東京大学武田先端知ビル 武田ホール(東京都文京区)
    • Year and Date
      2009-05-29
  • [Presentation] Exploring Multiscale Complex Network and Effective Free Energy Landscape by using Single-Molecule Time Series(招待、口頭)2009

    • Author(s)
      小松崎民樹
    • Organizer
      階層性を持つ大自由度力学系の時系列解析
    • Place of Presentation
      理研和光キャンパス(和光市)
    • Year and Date
      2009-05-25
  • [Book] "Ergodic Problems for Real Complex Systems in Chemical Physics"Advances in Chemical Physics

    • Author(s)
      T.Komatsuzaki, A.Baba, S.Kawai, M.Toda, J.E.Straub, R.S.Berry
    • Total Pages
      73
    • Publisher
      John-Wiley & Sons, Inc.(印刷中)
  • [Book] "Dynamical Reaction Theory based on Geometric Structures of Phase Space"Advances in Chemical Physics

    • Author(s)
      S.Kawai, H.Teramoto, C.B.Li, T.Komatsuzaki, M.Toda
    • Total Pages
      59
    • Publisher
      John-Wiley & Sons, Inc(印刷中)
  • [Book] "Non-Brownian Phase Space Dynamics of Molecules, the Nature of their Vibrational States, and non-RRKM Kinetics", Advances in Chemical Physics

    • Author(s)
      D.M.Leitner, Y.Matsunaga, A.Shojiguchi, C.B.Li, T.Komatsuzaki, M.Toda
    • Total Pages
      60
    • Publisher
      John-Wiley & Sons, Inc(印刷中)
  • [Book] "Multidimensional Energy Landscapes in Single Molecule Biophysics"Advances in Chemical Physics

    • Author(s)
      A.Baba, T.Komatsuzaki
    • Total Pages
      46
    • Publisher
      John-Wiley & Sons, Inc(印刷中)
  • [Book] "Extracting the Underlying Unique Reaction Scheme from a Single-Molecule Time Series"in Cell Signaling Reactions : Single-Molecular Kinetic Analysis

    • Author(s)
      C.B.Li, T.Komatsuzaki
    • Total Pages
      43
    • Publisher
      Springer(印刷中)
  • [Remarks]

    • URL

      http://mlns.es.hokudai.ac.jp/index_j.html

URL: 

Published: 2011-06-16   Modified: 2016-04-21  

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