2010 Fiscal Year Annual Research Report
次世代シーケンサーを利用した三角頭蓋症候群の原因および病態解明
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21591329
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| Research Institution | University of the Ryukyus |
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Principal Investigator |
要 匡 琉球大学, 医学研究科, 准教授 (40264288)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
成富 研二 琉球大学, 医学研究科, 教授 (20101446)
柳 久美子 琉球大学, 医学研究科, 助教 (90294701)
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| Keywords | 遺伝子 / 奇形症候群 / ゲノム / 次世代シーケンサー / マイクロアレイ |
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| Research Abstract |
平成22年度は、三角頭蓋患児に対する臨床遺伝学的診断、CD96遺伝子解析、遺伝子変異スクリーニング系の構築、ゲノム構造解析、エクソーム解析準備を計画した。
1)三角頭蓋を呈する患児の臨床遺伝学的診断とCD96遺伝子変異解析
昨年度に引き続き三角頭蓋を呈する患児について、顔貌その他の症状等、臨床遺伝学的にOpitz三角頭蓋症候群、Bohring-Opitz症候群と診断された患児(疑いを含む)のCD96遺伝子解析を行った。海外症例の解析では、遺伝子変異を認めなかった。
2)CD96遺伝子変異スクリーニングシステムの構築
定量PCR-高精度融解曲線分析法による、CD96遺伝子変異スクリーニングのシステムを構築した。本手法を用いて、遺伝子変異およびコントロール検体での新規SNPを確認した。
3)三角頭蓋を呈する患児のアレイCGH(comparative genomic hybridization)解析
三角頭蓋を呈する患児について、アレイCGHを行ったところ、1人に9番染色体長腕遠位部の部分重複を認めた。現在、重複領域のゲノム解析を行っている。
4)次世代シーケンサーによるエクソーム解析
三角頭蓋を呈する患児で、CD96遺伝子変異およびアレイCGHにおける構造変異を認めない例を対象として、エクソーム解析の準備を行った。
ゲノムより遺伝子(エクソン)濃縮をおこなうためのキャプチャー試薬は、NimbleGen,Agilent,illumina各社より供給されているが、まず、3社の試薬による比較検討を行った後、illumina社の試薬を用いて、2人の患児でホールエクソンキャプチャーを行った。
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