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2023 Fiscal Year Annual Research Report

High-Speed-AFM Analysis of Structural and Mechanical Properties of Single Protein under Mechanical Stimulation

Research Project

Project/Area Number 21H01772
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

内橋 貴之  名古屋大学, 理学研究科, 教授 (30326300)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Keywords高速原子間力顕微鏡 / 動態解析 / 機械ストレス / 一軸伸長機構
Outline of Annual Research Achievements

近年のメカノバイオロジー研究の進展により、多様なタンパク質が機械的刺激を感知し、その機能を変化させる現象が次第に明らかにされている。特に、メカノセンサータンパク質はその構造と力学的性質が外部の力に応じてどのように変化するかについて、詳細な解析が求められているが、これまでの技術では単分子レベルでの直接的な観察が困難であった。本研究はこの技術的障壁を克服するため、高速原子間力顕微鏡(AFM)を基盤として新たな観測手法を開発し、タンパク質の構造と力学特性の動的変化を実時間で解析することを目指した。

昨年度までに、一軸伸張機能を備えた探針走査型高速AFMの開発し、これによりタンパク質単分子に対して力学負荷を印加しながら、その構造変化を高解像度で観察することが可能となった。具体的には、微小管の屈曲挙動やBIN1タンパク質の曲率を持つ脂質膜への結合過程について解析した。
本年度は、さらに技術の向上を目指し、基板に引張応力を印加することによる弾性基板のひずみを定量化するための装置改良を行った。このプロセスにおいて、伸長装置にホイートストンブリッジを利用したひずみゲージを組み込み、標準ゴムを使用してひずみゲージの校正を行うことで、基板への応力印加とひずみの関係を計測できるようになった。また、引張限界が150%であった伸長装置の性能を改良し、300%までの引張に耐えられる設計へと改良した。
この技術の応用範囲を拡大し、生体分子だけでなく高分子ゴムやその他の材料への適用も試みた。特に、高分子ゴムから成る微粒子を含んだフィルムにおいて、引張時における微粒子の変形と配列の変化を高速AFMで詳細に観察することに成功した。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (26 results)

All 2024 2023

All Journal Article (16 results) (of which Peer Reviewed: 16 results,  Open Access: 7 results) Presentation (10 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 10 results)

  • [Journal Article] In-Situ Real-Time Observation of Photoinduced Nanoscale Azo-Polymer Motions Using High-Speed Atomic Force Microscopy Combined with an Inverted Optical Microscope2024

    • Author(s)
      Yang Keishi、Chan Feng-Yueh、Watanabe Hiroki、Yoshioka Shingo、Inouye Yasushi、Uchihashi Takayuki、Ishitobi Hidekazu、Verma Prabhat、Umakoshi Takayuki
    • Journal Title

      Nano Letters

      Volume: 24 Pages: 2805~2811

    • DOI

      10.1021/acs.nanolett.3c04877

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 3D Structure of Ring-shaped Microtubule Swarms Revealed by High-speed Atomic Force Microscopy2023

    • Author(s)
      Rashid Mst. Rubaya、Ganser Christian、Akter Mousumi、Nasrin Syeda Rubaiya、Kabir Arif Md. Rashedul、Sada Kazuki、Uchihashi Takayuki、Kakugo Akira
    • Journal Title

      Chemistry Letters

      Volume: 52 Pages: 100~104

    • DOI

      10.1246/cl.220491

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Decoding of the ubiquitin code for clearance of colliding ribosomes by the RQT complex2023

    • Author(s)
      Matsuo Yoshitaka、Uchihashi Takayuki、Inada Toshifumi
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 14 Pages: 79

    • DOI

      10.1038/s41467-022-35608-4

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Disulfide Bond-mediated Oligomerization of a Green Fluorescent Protein in Solution2023

    • Author(s)
      Soon Julian Wong、Oohora Koji、Uchihashi Takayuki、Hayashi Takashi
    • Journal Title

      Chemistry Letters

      Volume: 52 Pages: 105~109

    • DOI

      10.1246/cl.220495

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Closed-loop recycling of microparticle-based polymers2023

    • Author(s)
      Watanabe Takumi、Minato Haruka、Sasaki Yuma、Hiroshige Seina、Suzuki Hayato、Matsuki Nahomi、Sano Koki、Wakiya Takeshi、Nishizawa Yuichiro、Uchihashi Takayuki、Kureha Takuma、Shibayama Mitsuhiro、Takata Toshikazu、Suzuki Daisuke
    • Journal Title

      Green Chemistry

      Volume: 25 Pages: 3418~3424

    • DOI

      10.1039/D3GC00090G

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Creation of single molecular conjugates of metal-organic cages and DNA2023

    • Author(s)
      Nakajo Toshinobu、Kusaka Shinpei、Hiraoka Haruka、Nomura Kohei、Matsubara Noriaki、Baba Rintaro、Yoshida Yuki、Nakamoto Kosuke、Honma Masakazu、Iguchi Hiroaki、Uchihashi Takayuki、Abe Hiroshi、Matsuda Ryotaro
    • Journal Title

      Chemical Communications

      Volume: 59 Pages: 4974~4977

    • DOI

      10.1039/D3CC00460K

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Antiparallel dimer structure of CELSR cadherin in solution revealed by high-speed atomic force microscopy2023

    • Author(s)
      Nishiguchi Shigetaka、Kasai Rinshi S.、Uchihashi Takayuki
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 120 Pages: e2302047120

    • DOI

      10.1073/pnas.2302047120

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Single microgel degradation governed by heterogeneous nanostructures2023

    • Author(s)
      Nishizawa Yuichiro、Yokoi Hiroki、Uchihashi Takayuki、Suzuki Daisuke
    • Journal Title

      Soft Matter

      Volume: 19 Pages: 5068~5075

    • DOI

      10.1039/D3SM00216K

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Multistep, site-selective noncovalent synthesis of two-dimensional block supramolecular polymers2023

    • Author(s)
      Sasaki Norihiko、Kikkawa Jun、Ishii Yoshiki、Uchihashi Takayuki、Imamura Hitomi、Takeuchi Masayuki、Sugiyasu Kazunori
    • Journal Title

      Nature Chemistry

      Volume: 15 Pages: 922~929

    • DOI

      10.1038/s41557-023-01216-y

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The two‐step cargo recognition mechanism of heterotrimeric kinesin2023

    • Author(s)
      Jiang Xuguang、Ogawa Tadayuki、Yonezawa Kento、Shimizu Nobutaka、Ichinose Sotaro、Uchihashi Takayuki、Nagaike Wataru、Moriya Toshio、Adachi Naruhiko、Kawasaki Masato、Dohmae Naoshi、Senda Toshiya、Hirokawa Nobutaka
    • Journal Title

      EMBO reports

      Volume: 24 Pages: e56864

    • DOI

      10.15252/embr.202356864

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Ring formation by Vibrio fusion protein composed of FliF and FliG, MS-ring and C-ring component of bacterial flagellar motor in membrane2023

    • Author(s)
      Takahashi Kanji、Nishikino Tatsuro、Kajino Hiroki、Kojima Seiji、Uchihashi Takayuki、Homma Michio
    • Journal Title

      Biophysics and Physicobiology

      Volume: 20 Pages: e200028-1~10

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v20.0028

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] High Density of N- and O-Glycosylation Shields and Defines the Structural Dynamics of the Intrinsically Disordered Ectodomain of Receptor-type Protein Tyrosine Phosphatase Alpha2023

    • Author(s)
      Chien Yu-Chun、Wang Yong-Sheng、Sridharan Deepa、Kuo Chu-Wei、Chien Chih-Ta、Uchihashi Takayuki、Kato Koichi、Angata Takashi、Meng Tzu-Ching、Hsu Shang-Te Danny、Khoo Kay-Hooi
    • Journal Title

      JACS Au

      Volume: 3 Pages: 1864~1875

    • DOI

      10.1021/jacsau.3c00124

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Molecular Design of FRET Probes Based on Domain Rearrangement of Protein Disulfide Isomerase for Monitoring Intracellular Redox Status2023

    • Author(s)
      Yagi-Utsumi Maho、Miura Haruko、Ganser Christian、Watanabe Hiroki、Hiranyakorn Methanee、Satoh Tadashi、Uchihashi Takayuki、Kato Koichi、Okazaki Kei-ichi、Aoki Kazuhiro
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 24 Pages: 12865~12865

    • DOI

      10.3390/ijms241612865

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Visualizing the membrane disruption action of antimicrobial peptides by cryo-electron tomography2023

    • Author(s)
      Chen Eric H.-L.、Wang Chun-Hsiung、Liao Yi-Ting、Chan Feng-Yueh、Kanaoka Yui、Uchihashi Takayuki、Kato Koichi、Lai Longsheng、Chang Yi-Wei、Ho Meng-Chiao、Chen Rita P.-Y.
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 14 Pages: 5464

    • DOI

      10.1038/s41467-023-41156-2

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structure of the human ATAD2 AAA+ histone chaperone reveals mechanism of regulation and inter-subunit communication2023

    • Author(s)
      Cho Carol, Ganser Christian, Uchihashi Takayuki, Kato Koichi, Song Ji-Joon
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 6 Pages: 993

    • DOI

      10.1038/s42003-023-05373-1

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Measuring mechanical properties with high-speed atomic force microscopy2023

    • Author(s)
      Ganser Christian、Uchihashi Takayuki
    • Journal Title

      Microscopy

      Volume: 73 Pages: 14~21

    • DOI

      10.1093/jmicro/dfad051

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡を用いた生体/人工高分子のダイナミクス解析2023

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      高分子のためのキャラクタリゼーションセミナー
    • Invited
  • [Presentation] 動態イメージングで探る生体分子材料と人工分子材料の境界2023

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      分子研研究会「生体分子材料を探る:発動分子のさらなる理解と設計に向けて」
    • Invited
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡による生体分子のダイナミクス計測2023

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      第49回 生体分子科学討論会
    • Invited
  • [Presentation] AFMのソフトマテリアルイメージング応用:タンパク質からゲルまで2023

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      日本顕微鏡学会ソフトマテリアル分科会「色んな装置でソフトマテリアルを観る」
    • Invited
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡技術で明らかにする生体・人工高分子のナノスケールダイナミクス2023

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      第25回高分子ゲル研究会講座
    • Invited
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡で可視化する生体/人工材料の構造物性ダイナミクス2023

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      第30回 発動分子科学セミナー
    • Invited
  • [Presentation] Dynamic Structural Biology Driven by High-Speed Atomic Force Microscopy2023

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      IEEE International Conference on Manipulation, Manufacturing and Measurement (3M-NANO) on the Nanoscale
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Revealing conformational dynamics and molecular interaction of ring-shaped ATPase2023

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      Protein Society Webinar
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Single-molecule dynamic visualized by high-speed atomic force microscopy2023

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      ExCELLS and KAIST Symposium on Complex Biological Systems
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Application of high-speed AFM to synthetic polymers and supramolecules2023

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      The 31st International Colloquium on Scanning Probe Microscopy (ICSPM31)
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2024-12-25  

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