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2023 Fiscal Year Annual Research Report

Molecular mechanism of bidirectional signalings between nuclear epigenome and mitochondria and their biological significance

Research Project

Project/Area Number 21H02686
Research InstitutionKumamoto University

Principal Investigator

中尾 光善  熊本大学, 発生医学研究所, 教授 (00217663)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Keywordsエピゲノム / ミトコンドリア / 遺伝子 / クロマチン / 代謝
Outline of Annual Research Achievements

核エピゲノムはミトコンドリア由来の代謝物(アセチルCoAやS-アデノシルメチオニンなど)を用いて化学修飾されており、他方、ミトコンドリアのタンパク質の殆どは核ゲノムにコードされている。このため、両者のコミュニケーションが細胞機能の恒常性維持に不可欠である。細胞核からミトコンドリアへの順行性経路、ミトコンドリアから細胞核への逆行性経路の2つのシグナリングがあるが、その分子機序には不明な点が多い。本研究では、エピゲノムとミトコンドリアの相互作用に着目し、両向性シグナリングの機構を明らかにすることを目的とした。具体的には、上記のエピゲノム・転写因子の解析から、順行性経路を明らかにした。また、ミトコンドリアストレスによる逆行性経路、標的遺伝子座とエピゲノム制御の解明に挑んだ。胆管癌細胞において、微小環境の乳酸アシドーシスがthrombospondin 1(THBS1)の誘導を介して代謝型と表現型のリモデリングを促進することを報告した。生命現象における全遺伝子発現の変動を明らかにするために、細胞・組織・状況特異的なトランスクリプトームを網羅的に解析するWEBベースのアプリケーション(RNAseqChef)を開発・公開した。それを用いて、神経幹細胞の増殖制御、造血系細胞の分化制御などを解析した。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (21 results)

All 2024 2023 Other

All Int'l Joint Research (6 results) Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 6 results) Presentation (4 results) (of which Invited: 4 results) Book (4 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Leicester大学/Imperial College, London/Cambridge大学(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      Leicester大学/Imperial College, London/Cambridge大学
  • [Int'l Joint Research] Cologne大学(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      Cologne大学
  • [Int'l Joint Research] 国立衛生学研究所NIH/Texas大学(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      国立衛生学研究所NIH/Texas大学
  • [Int'l Joint Research] Khon Kaen大学(タイ)

    • Country Name
      THAILAND
    • Counterpart Institution
      Khon Kaen大学
  • [Int'l Joint Research] Paris大学(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      Paris大学
  • [Int'l Joint Research]

    • # of Other Countries
      2
  • [Journal Article] Inhibition of HDAC8 Reduces the Proliferation of Adult Neural Stem Cells in the Subventricular Zone2024

    • Author(s)
      Fukuda Momoko、Fujita Yuki、Hino Yuko、Nakao Mitsuyoshi、Shirahige Katsuhiko、Yamashita Toshihide
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 25 Pages: 2540~2540

    • DOI

      10.3390/ijms25052540

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Lactic acidosis induces metabolic and phenotypic reprogramming in cholangiocarcinoma cells via the upregulation of thrombospondin‐12023

    • Author(s)
      Thamrongwaranggoon Ubonrat、Kuribayashi Kanji、Araki Hirotaka、Hino Yuko、Koga Tomoaki、Seubwai Wunchana、Wongkham Sopit、Nakao Mitsuyoshi、Hino Shinjiro
    • Journal Title

      Cancer Science

      Volume: 114 Pages: 1541~1555

    • DOI

      10.1111/cas.15699

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] YAP/BRD4‐controlled ROR1 promotes tumor‐initiating cells and hyperproliferation in pancreatic cancer2023

    • Author(s)
      Yamazaki Masaya、Hino Shinjiro、Usuki Shingo、Miyazaki Yoshihiro、Oda Tatsuya、Nakao Mitsuyoshi、Ito Takaaki、Yamagata Kazuya
    • Journal Title

      The EMBO Journal

      Volume: 42 Pages: e112614

    • DOI

      10.15252/embj.2022112614

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A web-based integrative transcriptome analysis, RNAseqChef, uncovers the cell/tissue type-dependent action of sulforaphane2023

    • Author(s)
      Etoh Kan、Nakao Mitsuyoshi
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 299 Pages: 104810~104810

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2023.104810

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Phosphorylation of phase‐separated p62 bodies by ULK1 activates a redox‐independent stress response2023

    • Author(s)
      Ikeda Ryo、Noshiro Daisuke、Morishita Hideaki、Takada Shuhei、Kageyama Shun、Fujioka Yuko、Funakoshi Tomoko、Komatsu‐Hirota Satoko、Arai Ritsuko、Ryzhii Elena、Abe Manabu、Koga Tomoaki、Motohashi Hozumi、Nakao Mitsuyoshi、Sakimura Kenji、Horii Arata、Waguri Satoshi、Ichimura Yoshinobu、Noda Nobuo N、Komatsu Masaaki
    • Journal Title

      The EMBO Journal

      Volume: 42 Pages: e113349

    • DOI

      10.15252/embj.2022113349

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] HMGA2 directly mediates chromatin condensation in association with neuronal fate regulation2023

    • Author(s)
      Kuwayama Naohiro、Kujirai Tomoya、Kishi Yusuke、Hirano Rina、Echigoya Kenta、Fang Lingyan、Watanabe Sugiko、Nakao Mitsuyoshi、Suzuki Yutaka、Ishiguro Kei-ichiro、Kurumizaka Hitoshi、Gotoh Yukiko
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 14 Pages: 6420

    • DOI

      10.1038/s41467-023-42094-9

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] エピゲノム記憶による細胞制御と病態の分子基盤2024

    • Author(s)
      中尾光善
    • Organizer
      エピジェネティックメディスン研究会 第16回講演会
    • Invited
  • [Presentation] 私のエピジェネティクス研究~現在・過去・未来~2023

    • Author(s)
      中尾光善
    • Organizer
      第23回日本分子脳神経外科学会
    • Invited
  • [Presentation] 栄養・代謝とエピゲノム ~食事はメモリーされる~2023

    • Author(s)
      中尾光善
    • Organizer
      第70回日本栄養改善学会学術総会
    • Invited
  • [Presentation] 代謝とエピゲノムによる細胞老化の制御機構2023

    • Author(s)
      中尾光善
    • Organizer
      第51回日本臨床免疫学会総会
    • Invited
  • [Book] 体質は3年で変わる2023

    • Author(s)
      中尾光善
    • Total Pages
      205
    • Publisher
      集英社新書
  • [Book] 生体の科学(増大特集 代謝)2023

    • Author(s)
      中尾光善
    • Total Pages
      127
    • Publisher
      医学書院
  • [Book] 実験医学2023

    • Author(s)
      衛藤 貫、中尾光善
    • Total Pages
      2340
    • Publisher
      羊土社
  • [Book] 医学の歩み2023

    • Author(s)
      日野裕子、日野信次朗、中尾光善
    • Total Pages
      -
    • Publisher
      医歯薬出版
  • [Remarks] 熊本大学発生医学研究所

    • URL

      http://www.imeg.kumamoto-u.ac.jp

URL: 

Published: 2024-12-25  

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