2021 Fiscal Year Annual Research Report
乳がんゲノム遺伝子変異の不均一性及び幹細胞階層性の1細胞レベル統合解明
| Project/Area Number |
21H02761
|
|---|
| Research Institution | Kanazawa University |
|---|
Principal Investigator |
後藤 典子 金沢大学, がん進展制御研究所, 教授 (10251448)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
鈴木 穣 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40323646)
岡本 康司 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 分野長 (80342913)
廣瀬 遥香 名古屋大学, 医学系研究科, 助教 (90764754)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
|
| Keywords | がん幹細胞 / トリプルネガティブ乳がん / シングルセル / 不均一性 / 治療抵抗性 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
乳がんPDXを用いた、細胞分画ごとの1細胞微量RNAシークエンス解析より得られる、機能的ヒエラルキーの解析を行った。
本研究ではトリプルネガティブタイプ乳がんに焦点を絞った。5検体を用いて10xGenomicsとFluidumのC1 single cell-prep systemにより微量RNAシークエンスを行った。SEURAT (https://satijalab.org/seurat/)を用いたバイオインフォマティクス解析を行ったその結果、親玉がん幹細胞と通常のがん幹細胞を区別できる膜タンパク質FXYD3の同定に成功した(in preparation)。NP1もしくはIGF1Rと組み合わせ、IGF1Rhigh FXYD3highもしくはNP1high FXYD3highは親玉がん幹細胞、IGF1Rhigh FXYD3lowもしくはNP1high FXYD3lowは、通常のがん幹細胞を分画できた。
現在論文投稿中。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
1.トリプルネガティブタイプ乳がんに焦点を絞った。5検体を用いて10xGenomicsとFluidumのC1 single cell-prep systemにより微量RNAシークエンスを行った。SEURAT (https://satijalab.org/seurat/)を用いたバイオインフォマティクス解析を行ったその結果、親玉がん幹細胞と通常のがん幹細胞を区別できる膜タンパク質FXYD3の同定に成功した(in preparation)。NP1もしくはIGF1Rと組み合わせ、IGF1Rhigh FXYD3highもしくはNP1high FXYD3highは親玉がん幹細胞、IGF1Rhigh FXYD3lowもしくはNP1high FXYD3lowは、通常のがん幹細胞を分画できた。現在論文投稿中。
2.乳がんPDXを用いた、細胞分画ごとの１細胞ゲノム遺伝子変異解析より得られる、ゲノム遺伝子変異の不均一性の解明を行っている。すでにIGF1Rhigh, IGF1Rlow, NP1high, NP1lowをセルソーティングにより分画し、エクソームシークエンスを行った。ここからそれぞれの分画に濃縮する変異をもつがん遺伝子がん抑制遺伝子群を100-200個程度選びだし、ゲノム遺伝子パネルを作成した。
|
| Strategy for Future Research Activity |
ゲノム遺伝子パネルを元に、ごく最近市場に出されたタペストリを用いて、~10,000細胞の1細胞ごとに、ゲノム遺伝子パネルに含まれる遺伝子の変異とともに一個の膜タンパク質FXYD3の発現レベルを解析する。
PDXモデルを用いて、空間トランスクリプトーム解析を行う。
|
