2021 Fiscal Year Annual Research Report
クロマチン３次元構造調節因子CTCFの 子宮体がんにおける下流因子の解明
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21H02793
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| Research Institution | Japanese Foundation for Cancer Research |
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Principal Investigator |
森 誠一 公益財団法人がん研究会, がんプレシジョン医療研究センター 次世代がん研究シーズ育成プロジェクト, プロジェクトリーダー (10334814)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
丸山 玲緒 公益財団法人がん研究会, がん研究所 がんエピゲノムプロジェクト, プロジェクトリーダー (60607985)
杉山 裕子 公益財団法人がん研究会, 有明病院 細胞診断部, 部長 (80322634)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | 子宮体がん / エストロゲン受容体 / CTCF |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、クロマチン構造調節因子 CTCF の変異により、類内膜性子宮体がんのエストロゲン非依存性の獲得とがん化がどのような機序で引き起こされるのか、特にCTCF の多様な機能のうち、直接的な転写制御、クロマチン構造制御、インスレータ機能のどの機能が一義的に重要か 明らかにした上で、下流因子を同定する目的で実施している。
1) CTCF 変異によるDNA メチローム・トランスクリプトームの変化を測定する目的で、既存オミックスデータ(子宮体がん69 症例、子宮・卵 巣がん肉腫109 症例)について、統合解析を進め、転写ドメイン内外における遺伝子発現の相関や、エンハンサーのDNA メチル化による近傍遺伝子の発現変化を調べた。TCGAの子宮体がんのオミックスデータを用いて、検証解析を行った。TCGAデータでは、CTCFおよびコヒーシン複合体構成分子の変異により、CTCF結合部位のメチル化が確認できた。自験例ではCTCF変異子宮体がんはエストロゲン受容体結合部位のメチル化が亢進していたが、TCGAデータでは亢進していなかった。
2) 臨床検体で得られた知見が細胞株でも観察できるかどうか確認する目的で、CTCF 野生型・変異型それぞれ3種類の類内膜性子宮体がん細胞株について、エクソーム解析によりCTCFを含む子宮体がんドライバー遺伝子の変異を確認した。
3) 転写因子結合部位解析およびクロマチン3 次元構造解析を行うため、子宮体がんの手術検体ならびに臨床情報を、前向きに収集した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
1) CTCF変異によるDNAメチローム・トランスクリプトームの変化を測定する目的で、既存オミックスデータだけでなく、前がん病変などについても、統合解析を順調に進めた。DNAメチル化による近傍遺伝子の発現変化を調べる手法の開発を行い、メチル化の程度と遺伝子発現との相関が指標になることを明らかにした。TCGAの子宮体がんのオミックスデータを用いて、検証解析を行い、TCGAデータでは、CTCFおよびコヒーシン複合体構成分子の変異体における、CTCF結合部位のメチル化が確認できたが、TCGAデータではエストロゲン受容体結合部位のメチル化亢進が観察されず、エストロゲン受容体経路のFOXA2, ZFHX3の発現低下も認められなかった。解析自体は順調であり、原因は不明であるが、TCGAではネガティブな結果であることが判明した。
2) 臨床検体で得られた知見が細胞株でも観察できるかどうか確認する目的で、CTCF 野生型・変異型それぞれ3種類の類内膜性子宮体がん細胞株について、エクソーム解析によりCTCFを含む子宮体がんドライバー遺伝子の変異を確認した。CTCF変異体の細胞株で、エストロゲン反応性の低下は認められなかった。解析自体は順調であり、原因は不明であるが、細胞株ではネガティブな結果であることが判明した。
3) 子宮体がんの手術検体ならびに臨床情報を、前向きに順調に収集した。
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| Strategy for Future Research Activity |
自験コホートとTCGAにおいて、CTCF変異の下流においてエストロゲン受容体シグナルの反応性が大きく異なっていた。細胞株においてもCTCF変異体におけるエストロゲン反応性の低下は認めなかった。解析自体および臨床検体と臨床情報の収集は順調に進んでいるが、当初考えていた仮説が、エストロゲン受容体シグナルという点についてTCGAと細胞株で成立していないことが判明したものである。今後はCTCFの下流因子の探索方法を再検討する、腫瘍形成過程におけるDNAメチル化・遺伝子発現変化などを考慮するなど、CTCF-エストロゲンに拘泥せずに研究を推進する。
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Research Products
(5 results)
