2021 Fiscal Year Annual Research Report
Discovery of innovative seeds for diagnosis and treatment in bone and soft-tissue sarcomas by proteogenomic approach
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21H03062
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| Research Institution | National Cancer Center Japan |
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Principal Investigator |
川井 章 国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 科長 (90252965)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
近藤 格 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 分野長 (30284061)
市川 仁 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 部門長 (30201924)
吉田 朗彦 国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 医員 (80574780)
平田 真 国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 医長 (50401071)
野口 玲 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 研究員 (30779682)
吉松 有紀 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 特任研究員 (60808632)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | 肉腫 / プロテオゲノミクス / ゲノム / プロテオーム / プロテオームデータベース |
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| Outline of Annual Research Achievements |
①本研究は、希少で難治な悪性骨軟部腫瘍の診断・治療法の開発に向けて、その分子生物学的背景をプロテオゲノミクスという新しい解析手法を用いて包括的に解析し、診断・治療上重要な表現型に関与する新たな分子の異常を明らかにすることを目的とする。悪性骨軟部腫瘍の新たな知見、バイオマーカーの開発、プロテオゲノミクスという新しい解析技術を用いたがん領域の開拓、希少がん研究における国際共同研究の枠組みの構築などに寄与することを最終目的としている。まず、プロテオミクスの骨軟部腫瘍研究における有用性を明らかにすることを目的として、予後の異なる肉腫症例（悪性抹消神経鞘腫）の腫瘍内タンパク質の発現（質量分析）データを比較し、臨床的な悪性度に相関するタンパク質の同定を試みた。平行して同じ検体からDNAを得て次世代シークエンサーでの解析を始めた。次に、臨床検体と患者由来がんモデルの両面からアプローチするために、腫瘍組織から新規の患者由来肉腫細胞株を樹立し、その特徴と分子背景および抗がん剤への応答性を調べた。元腫瘍組織と培養細胞をのちにプロテオゲノミクスで比較解析する予定である。さらに、国際共同研究への参加・推進としてはプロテオゲノミクスの国際コンソーシアムに参加しているが、2021年度の代表者会議に参加して情報交換をしたり、参加施設が所有する質量分析装置の間でのばらつきを共通試料で評価するプロジェクトでは日本側の窓口としての役割を果たすなどした。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
概ね進展していると考える理由は、申請書に記載した実験が概ね遂行されているからである。プロテオミクスの骨軟部腫瘍研究における有用性は臨床検体を用いたバイオマーカー開発において、候補となるタンパク質を検出できた。また、患者由来がんモデルと元腫瘍との比較においても有用性を検討する予定である。さらに、臨床検体と患者由来がんモデルの両面からアプローチするためにモデル系を充実させること目的として複数の骨軟部腫瘍組織から細胞株を樹立しているが、本年度は順調に樹立し、樹立した細胞株の性格をDNAからタンパク質そして形質レベルまで幅広く調べることができた。最後に、International Cancer Proteogenomics Consortiumにおいては日本代表として国内の研究者をまとめ、日本が分担する肉腫のプロテオゲノミクスについて情報発信をすることができた。以上のことから、概ね計画通りに進展していると考えている。
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| Strategy for Future Research Activity |
プロテオミクスの骨軟部腫瘍研究における有用性を明らかにすることを目的として、患者由来肉腫細胞株と元腫瘍の比較をプロテオゲノミクスを用いて行い、抗がん剤の薬効スクリーニングの結果と統合的な解析を行う。骨軟部腫瘍への適応拡大に資する抗がん剤の同定と薬効の分子背景の解析を行うことで、プロテオゲノミクスの創薬への応用の可能性を検討する。臨床検体を用いたゲノム解析については別プロジェクトで全ゲノムデータを取得中であり、データを得ることができしだい質量分析のデータと合わせた解析を行う。次に、臨床検体と患者由来がんモデルの両面からアプローチするために、腫瘍組織からの新規の患者由来肉腫細胞株の樹立を継続する。まだ樹立したことのない組織型の肉腫の細胞株の樹立に加え、10株程度の樹立を目標として同一の組織型の肉腫細胞株の充実を図る。樹立できた細胞株は論文で公開すると同時に細胞株のデータベースであるCellosaurusに登録し、研究者への供給を促進する。さらに、ICPCの活動については代表者会議にて肉腫プロテオゲノミクスの解析結果を参加者国間で共有し、同コンソーシアムのデータベースへの登録を進める。ICPCの活動の一環としてゲノム情報から個別的なプロテオームデータベースを構築するソフトウェアを開発しており、その完成度を高めつつデータを出して解析に役立てる。
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[Journal Article] Identification of novel SSX1 fusions in synovial sarcoma.2021
Author(s)
Yoshida Akihiko、Arai Yasuhito、Satomi Kaishi、Kubo Takashi、Ryo Eijitsu、Matsushita Yuko、Hama Natsuko、Sudo Kazuki、Komiyama Motokiyo、Yatabe Yasushi、Shibata Tatsuhiro、Ichikawa Hitoshi、Ichimura Koichi、Kawai Akira、Mori Taisuke.
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Journal Title
Modern Pathology
Volume: 35
Pages: 228～239
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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