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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Discovery of innovative seeds for diagnosis and treatment in bone and soft-tissue sarcomas by proteogenomic approach

Research Project

Project/Area Number 21H03062
Research InstitutionNational Cancer Center Japan

Principal Investigator

川井 章  国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 科長 (90252965)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 近藤 格  国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 分野長 (30284061)
市川 仁  国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 部門長 (30201924)
吉田 朗彦  国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 医員 (80574780)
平田 真  国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 医長 (50401071)
野口 玲  国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 研究員 (30779682)
吉松 有紀  地方独立行政法人栃木県立がんセンター(研究所), 研究所-医療シーズ探索研究G-患者由来がんモデル研究分野, グループ長 (60808632)
Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Keywords肉腫 / プロテオゲノミクス / ゲノム / プロテオーム / プロテオームデータベース
Outline of Annual Research Achievements

肉腫の発生や進展の分子背景を解明し、バイオマーカーや治療標的の候補となる分子異常を同定するために、臨床検体と患者由来肉腫細胞株を用いた網羅的発現解析を行った。対象としたのは悪性抹消神経鞘腫(MPNST)である。MPNSTは抹消神経から発生する肉腫で神経線維腫症1型に合併することで知られており、NF-1、CDKN-2A、PRC2遺伝子の相互作用で発生する。完全摘出のみが根治療法であり、放射線・化学療法に対して抵抗性を示すため、新しい抗がん剤の開発が求められている。凍結保存された腫瘍組織からタンパク質を抽出し、質量分析を用いた解析によってタンパク質の発現プロファイルを得た。そして、手術後の再発の状態をもとに症例・試料を層別化して関連するタンパク質の発現を調べた。また、MPNST細胞株において同様に質量分析を実施し、また、リン酸化酵素の活性を網羅的に調べた(PamStation)。平行して抗がん剤200種類を反応させて応答を調べた。さらに、ゲノムレベルの解析としてNCC Oncopanelを用いて、治療応答性に関わりうる遺伝子の異常も調べた。タンパク質の発現プロファイルから予後不良に関わる分子パスウェイそして治療標的となりうる高発現する候補タンパク質を同定した。また、抗がん剤のスクリーニングから低濃度で抗腫瘍効果を示す既存の抗がん剤を同定した。また、NCC Oncopanelからは治療標的になりうる分子異常を同定した。上記の結果を統合的に解析することで、治療標的とバイオマーカーの候補を同定する。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

MPNSTの凍結腫瘍組織および患者由来培養細胞株を対象としてゲノムからプロテオームまで分子の異常を調べ、臨床的な有用性が示唆される候補分子を同定できた。また、肉腫細胞株の樹立にも成功した。アプローチとしては当初の計画通りに進捗している。一方、動物実験では肉腫細胞の生着がうまくいかず予定どおりの結果は得られていない。また、同じアプローチを複数の肉腫にも展開する計画であるが、他の肉腫についてはデータ採取中であり統合する段階にはいたっていない。また、OncoProGxを使った解析を計画していたのだが、使用するゲノムデータ(他プロジェクトで採取中)が間に合わず、また、ソフトウェアの解析も並行しており、本研究で使用するにいたらなかった。

Strategy for Future Research Activity

腫瘍組織を用いたプロテオーム解析(質量分析、PamStation)が本研究で行うプロテオゲノミクス研究の基盤となる。今までは凍結腫瘍組織を使ってきたのだが、NCCバイオバンクに保管されている肉腫の凍結腫瘍組織は限られており、研究が制限されていた。近年、ホルマリン固定標本からの解析のレベルが上がったとの報告が相次いでおり、本研究にも応用したいと考えている。また、リン酸化酵素の活性を測定し、活性が亢進したリン酸化酵素を同定した際に、それがドライバーとして機能していることを証明する実験系の立ち上げが必要である。プロテオーム解析としては発現のみならずタンパク質複合体の解析も準備を進めており、今後の方策としては発現と複合体の解析を平行して行いたいと考えている。

  • Research Products

    (16 results)

All 2023 2022

All Journal Article (14 results) (of which Peer Reviewed: 14 results,  Open Access: 14 results) Presentation (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Journal Article] Establishment and characterization of NCC-DSM1-C1: a novel cell line derived from a patient with desmoid fibromatosis2023

    • Author(s)
      Akiyama Taro、Yoshimatsu Yuki、Noguchi Rei、Sin Yooksil、Osaki Julia、Ono Takuya、Adachi Yuki、Tsuchiya Ryuto、Toda Yu、Kobayashi Eisuke、Kojima Naoki、Yoshida Akihiko、Ohtori Seiji、Kawai Akira、Kondo Tadashi
    • Journal Title

      Human Cell

      Volume: 36 Pages: 847~853

    • DOI

      10.1007/s13577-022-00850-x

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Establishment and characterization of NCC-PLPS2-C1: a novel cell line of pleomorphic liposarcoma2022

    • Author(s)
      Akiyama Taro、Yoshimatsu Yuki、Noguchi Rei、Sin Yooksil、Osaki Julia、Adachi Yuki、Ono Takuya、Tsuchiya Ryuto、Sato Chiaki、Iwata Shintaro、Kojima Naoki、Yoshida Akihiko、Ohtori Seiji、Kawai Akira、Kondo Tadashi
    • Journal Title

      Human Cell

      Volume: 36 Pages: 468~475

    • DOI

      10.1007/s13577-022-00828-9

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Establishment and characterization of NCC-MFS6-C1: a novel patient-derived cell line of myxofibrosarcoma2022

    • Author(s)
      Yoshimatsu Yuki、Noguchi Rei、Sin Yooksil、Tsuchiya Ryuto、Ono Takuya、Akiyama Taro、Sato Chiaki、Kobayashi Eisuke、Kojima Naoki、Yoshida Akihiko、Kawai Akira、Kondo Tadashi
    • Journal Title

      Human Cell

      Volume: 35 Pages: 1993~2001

    • DOI

      10.1007/s13577-022-00749-7

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Establishment and characterization of NCC-PS1-C1: a novel cell line of pleomorphic sarcoma from a patient after neoadjuvant radiotherapy2022

    • Author(s)
      Akiyama Taro、Yoshimatsu Yuki、Noguchi Rei、Sin Yooksil、Tsuchiya Ryuto、Ono Takuya、Sugaya Jun、Kobayashi Eisuke、Yoshida Akihiko、Ohtori Seiji、Kawai Akira、Kondo Tadashi
    • Journal Title

      Human Cell

      Volume: 35 Pages: 2011~2019

    • DOI

      10.1007/s13577-022-00787-1

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Establishment and characterization of NCC-GCTB5-C1: a novel cell line of giant cell tumor of bone2022

    • Author(s)
      Akiyama Taro、Yoshimatsu Yuki、Noguchi Rei、Sin Yooksil、Tsuchiya Ryuto、Ono Takuya、Fukushima Suguru、Toda Yu、Kojima Naoki、Yoshida Akihiko、Ohtori Seji、Kawai Akira、Kondo Tadashi
    • Journal Title

      Human Cell

      Volume: 35 Pages: 1621~1629

    • DOI

      10.1007/s13577-022-00724-2

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Establishment and characterization of NCC-MRT1-C1: a novel cell line of malignant rhabdoid tumor2022

    • Author(s)
      Akiyama Taro、Yoshimatsu Yuki、Noguchi Rei、Sin Yooksil、Tsuchiya Ryuto、Ono Takuya、Sato Chiaki、Kojima Naoki、Yoshida Akihiko、Kawai Akira、Ohtori Seji、Kondo Tadashi
    • Journal Title

      Human Cell

      Volume: 35 Pages: 2002~2010

    • DOI

      10.1007/s13577-022-00751-z

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Establishment and characterization of a novel patient-derived cell line of dedifferentiated liposarcoma, NCC-DDLPS6-C12022

    • Author(s)
      Yoshimatsu Yuki、Noguchi Rei、Sin Yooksil、Tsuchiya Ryuto、Ono Takuya、Akiyama Taro、Nakagawa Rumi、Kamio Satoshi、Hirabayashi Kaoru、Ozawa Iwao、Kikuta Kazutaka、Kondo Tadashi
    • Journal Title

      Human Cell

      Volume: 35 Pages: 1270~1278

    • DOI

      10.1007/s13577-022-00710-8

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Establishment and characterization of two novel patient-derived myxoid liposarcoma cell lines2022

    • Author(s)
      Noguchi Rei、Yoshimatsu Yuki、Sin Yooksil、Tsuchiya Ryuto、Ono Takuya、Akiyama Taro、Hirabayashi Kaoru、Ozawa Iwao、Nakagawa Rumi、Kikuta Kazutaka、Kondo Tadashi
    • Journal Title

      Human Cell

      Volume: 35 Pages: 1279~1289

    • DOI

      10.1007/s13577-022-00717-1

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Establishment and characterization of NCC-SS5-C1: a novel patient-derived cell line of synovial sarcoma2022

    • Author(s)
      Yoshimatsu Yuki、Noguchi Rei、Sin Yooksil、Tsuchiya Ryuto、Ono Takuya、Akiyama Taro、Sugaya Jun、Kojima Naoki、Yoshida Akihiko、Kawai Akira、Kondo Tadashi
    • Journal Title

      Human Cell

      Volume: 35 Pages: 1290~1297

    • DOI

      10.1007/s13577-022-00721-5

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Establishment and characterization of NCC-DDLPS5-C1: a novel patient-derived cell line of dedifferentiated liposarcoma2022

    • Author(s)
      Sin Yooksil、Yoshimatsu Yuki、Noguchi Rei、Tsuchiya Ryuto、Ono Takuya、Akiyama Taro、Iwata Shintaro、Sugaya Jun、Yoshida Akihiko、Kawai Akira、Kondo Tadashi
    • Journal Title

      Human Cell

      Volume: 35 Pages: 936~943

    • DOI

      10.1007/s13577-022-00689-2

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Establishment and characterization of a novel patient-derived Ewing sarcoma cell line, NCC-ES2-C12022

    • Author(s)
      Yoshimatsu Yuki、Noguchi Rei、Sin Yooksil、Tsuchiya Ryuto、Ono Takuya、Akiyama Taro、Nakagawa Rumi、Kamio Satoshi、Hirabayashi Kaoru、Ozawa Iwao、Kikuta Kazutaka、Kondo Tadashi
    • Journal Title

      Human Cell

      Volume: 35 Pages: 1262~1269

    • DOI

      10.1007/s13577-022-00701-9

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Concordance Between Recommendations From Multidisciplinary Molecular Tumor Boards and Central Consensus for Cancer Treatment in Japan2022

    • Author(s)
      Naito Yoichi、Sunami Kuniko、Kage Hidenori、Komine Keigo、Amano Toraji、Kanai Masashi、Kenmotsu Hirotsugu、Maeda Takahiro、Morita Sachi、Sakai Daisuke、Watanabe Kousuke、Shirota Hidekazu、Kinoshita Ichiro、Yoshioka Masashiro、Mamesaya Nobuaki、Ito Mamoru、Yamamoto Kouji、Hirata Makoto、Yoshino Takayuki、et al.
    • Journal Title

      JAMA Network Open

      Volume: 5 Pages: 2245081~2245081

    • DOI

      10.1001/jamanetworkopen.2022.45081

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Expert panel consensus recommendations on the use of circulating tumor DNA assays for patients with advanced solid tumors2022

    • Author(s)
      Imai Mitsuho、Nakamura Yoshiaki、Sunami Kuniko、Kage Hidenori、Komine Keigo、Koyama Takafumi、Amano Toraji、Ennishi Daisuke、Kanai Masashi、Kenmotsu Hirotsugu、Maeda Takahiro、Morita Sachi、Sakai Daisuke、Bando Hideaki、Hirata Makoto、Yoshino Takayuki、et al.
    • Journal Title

      Cancer Science

      Volume: 113 Pages: 3646~3656

    • DOI

      10.1111/cas.15504

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Liposarcoma With Hibernoma-like Histology2022

    • Author(s)
      Kojima Naoki、Komiyama Motokiyo、Shinoda Yasuo、Watanabe Shun-ichi、Yatabe Yasushi、Kawai Akira、Yoshida Akihiko
    • Journal Title

      American Journal of Surgical Pathology

      Volume: 46 Pages: 1319~1328

    • DOI

      10.1097/PAS.0000000000001911

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Patient-derived sarcoma model; pivotal research resource for proteomics.2022

    • Author(s)
      Yuki Yoshimatsu, Rei Noguchi, Yooksil Sin, Ryuto Tsuchiya, Takuya Ono, Hidetaka Kosako, Akira Kawai, Tadashi Kondo
    • Organizer
      ESMED (European Society of Medicine) General Assembly 2022
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 新規治療に向けた患者由来がんモデルとファーマコプロテオゲノミクス2022

    • Author(s)
      吉松有紀、杉原豊、甘利圭悟、川井章、野口玲、近藤格
    • Organizer
      第81回日本癌学会学術総会

URL: 

Published: 2023-12-25  

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