2023 Fiscal Year Annual Research Report
Discovery of innovative seeds for diagnosis and treatment in bone and soft-tissue sarcomas by proteogenomic approach
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21H03062
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| Research Institution | National Cancer Center Japan |
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Principal Investigator |
川井 章 国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 科長 (90252965)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
近藤 格 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 分野長 (30284061)
市川 仁 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 研究員 (30201924)
野口 玲 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 研究員 (30779682)
平田 真 国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 部門長 (50401071)
吉松 有紀 地方独立行政法人栃木県立がんセンター(研究所), 研究所－医療シーズ探索研究G－患者由来がんモデル研究分野, グループ長 (60808632)
吉田 朗彦 国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 医長 (80574780)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | 肉腫 / プロテオゲノミクス / ゲノム / プロテオーム / プロテオームデータベース |
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| Outline of Annual Research Achievements |
【1】 プロテオゲノミクスのデータの採取
さまざまな組織型の肉腫を対象として、国立がん研究センター・バイオバンクの凍結腫瘍組織からタンパク質を抽出し、質量分析およびペプチドアレイによるプロテオーム解析を進めた。対象とした肉腫はCIC rearranged sarcoma、隆起性皮膚線維肉腫（DFSP）、粘液型線維肉腫（MFS）、脂肪肉腫（高分化型、脱分化型、粘液型、多形型、粘液性多形型）、骨肉腫、軟骨肉腫、ユーイング肉腫だった。また、それぞれの組織型に対応した細胞株についても同様にタンパク質を抽出し質量分析にてデータを採取した。最終的には1000症例近い肉腫症例が本研究に対象になり、臨床検体を用いて肉腫の分子ランドマークを調べた研究としては最大規模の解析になる見込みである。今までの研究からゲノム解析データが得られている試料もプロテオーム解析の対象になっている。凍結腫瘍組織だけでは症例数が不足する超希少肉腫（CIC rearranged sarcomaなど）を解析対象とするために。ホルマリン固定標本（FFPE）から効率よくタンパク質・ペプチドを抽出する方法を確立した。30年以上前に作製されたFFPE標本からでも500種類以上のタンパク質を観察できるようになった。データから意味のある情報を抽出するための各種バイオインフォーマティクスの手法について情報を集めた。
【2】バイオマーカーの開発
プロテオーム解析の対象とする臨床検体が得られた症例の臨床病理情報を整理し、臨床的に重要な事象にて試料・データを層別化する準備を進めた。病理学的に鑑別診断が難しい良性腫瘍についてまた、臨床検体を用いたプロテオーム解析から得られるバイオマーカー候補の機能解析のために、肉腫の新鮮腫瘍組織から新規の細胞株を樹立した。また、標準的治療に用いられる抗がん剤を含む薬剤ライブラリーを用いて感受性試験を実施した。
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| Research Progress Status |
令和5年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和5年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Presentation] Drug repositioning for giant cell tumor of bone with multi-omics analysis: models, genome, kinome, and drug screening Rei Noguchi, Julia Osaki, Taro Akiyama, Takuya Ono, Yuki Adachi, Yuki Yoshimatsu2023
Author(s)
Rei Noguchi, Julia Osaki, Taro Akiyama, Takuya Ono, Yuki Adachi, Yuki Yoshimatsu, Kazuyoshi Yanagihara, Akihiko Yoshida, Akira Kawai, Tadashi Kondo
Organizer
第82回日本癌学会学術総会
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[Presentation] Comprehensive Whole-genome Molecular Profiling in Bone and Soft Tissue Sarcoma; Multi-omics Analysis of 627 Cases across Histologic Subtypes2023
Author(s)
Hirai T, Katayama K, Shiraishi Y, Kawai A, Yoshida A, Yoshida S, Takenaka S, Outani H, Ichikawa H, Kondo T, Shibata T, Imoto S, Matsuda K, Hirata M et al
Organizer
CTOS2023
Int'l Joint Research
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[Presentation] Whole genome and transcriptome analysis of bone and soft tissue sarcomas.2023
Author(s)
Hirai T, Katayama K, Shiraishi Y, Kawai A, Yoshida A, Kobayashi H, Ohtsu T, Kunisada T, Nishida Y, Yoshida S, Kondo T, Shibata T, Imoto S, Matsuda K, Hirata M
Organizer
第82回日本癌学会学術総会
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