2021 Fiscal Year Annual Research Report
Development for Personalized Medicine for Atherosclerotic Cardiovascular Disease based on Genomic Information and Lifestyle Habits
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21H03179
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| Research Institution | Kanazawa University |
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Principal Investigator |
高村 雅之 金沢大学, 医学系, 教授 (60362000)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
野村 章洋 金沢大学, 附属病院, 特任准教授 (30707542)
多田 隼人 金沢大学, 附属病院, 助教 (90623653)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | 多遺伝子リスクスコア / ゲノム / 心血管疾患 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究開発の目標は、生まれながらに有する心血管疾患発症リスクのスコア化を行い（心血管疾患多遺伝子リスクスコア：Polygenic Risk Score for Cardiovascular Diseases [PRSCVD]）、心血管疾患発症リスクを層別化する新たなマーカーとしての有用性を評価し、さらに、そのリスクを低減しうる後天性環境要因（特定の薬物治療や生活習慣）を同定することである。本研究の中では、2011年に開始された金沢大学・志賀町コホート「疾病罹患の実態と罹患に関連する因子についての調査」を用いて、全ゲノム領域における日本人特有の約67.5万箇所の一塩基多型（SNV）の情報をジェノタイピングし、HapMapリファレンスゲノム配列から、全ゲノム構造を疑似的に再構成（インピュテーション）し、遺伝的連鎖不平衡を加味したPRSCVD算出を行い、PRSCVDを用いた臨床試験の基盤計画を行うこととした。本研究開発は日本人におけるライフステージの早期において評価可能な心血管疾患予防学分野・個別化医療の画期的診断ツールならびに予防戦略開発の契機となりうる。今年度はゲノムコホート参加者に対して日本人ゲノム解析ツール「ジャポニカアレイ」約67.5万箇所のSNVをジェノタイピングしたうえで、HapMapプロジェクト日本人リファレンスゲノム配列を参照し、全ゲノム構造を疑似的に再構成（インピュテーション）作業を行った。また、その過程において、家族性高コレステロール血症の表現型と多遺伝子リスクスコアとの関連を調査し、LDLコレステロール値と関連する高頻度遺伝子多型と家族性高コレステロール血症の表現型との関連を報告した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
ゲノムコホートに対するジェノタイピングを予定通り行っている。また、研究の過程において、冠動脈疾患だけでなく脂質異常症にも着眼し、LDLコレステロール値と関連する高頻度遺伝子多型と家族性高コレステロール血症の表現型との関連を報告することができた。
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| Strategy for Future Research Activity |
日本人に特化したPRSCVD算出のため、全ゲノム構造を疑似的に再構成（インピュテーション）後のSNV解析データを、匿名化の上で共同研究機関である理化学研究所 循環器疾患研究チーム（伊藤 薫 チームリーダー：研究協力者）、AMED先端ゲノム研究開発（GRIFIN）東京大学循環器内科（野村征太郎特任助教：研究協力者）とも協力し遺伝的連鎖不平衡を加味したPRSCVD算出を行う。この過程において、白人での解析経験と比較し異なるSNVに強い関連があることが予想される。スコア化スキーム（どのSNVにどの程度の重みづけを割付けるか）を知的財産として特許申請する
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[Journal Article] Polygenic risk scores for low-density lipoprotein cholesterol and familial hypercholesterolemia2021
Author(s)
Nomura A, Sato T, Tada H, Kannon T, Hosomichi K, Tsujiguchi H, Nakamura H, Takamura M, Tajima A, Kawashiri MA
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Journal Title
J Hum Genet
Volume: 66
Pages: 1079, 1108
DOI
Peer Reviewed
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