2021 Fiscal Year Annual Research Report
次世代の耐性菌対策を考慮した、国際的ハイリスク病原性細菌の市中内定着様式の解明
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21H03622
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| Research Institution | Hokkaido University |
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Principal Investigator |
佐藤 豊孝 北海道大学, 獣医学研究院, 准教授 (30756474)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
小笠原 徳子 札幌医科大学, 医学部, 講師 (00438061) [Withdrawn]
山本 聡 札幌医科大学, 医学部, 助教 (10588479) [Withdrawn]
浦野 恵美子 国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所, 医薬基盤研究所 霊長類医科学研究センター, 研究員 (40794988)
青木 弘太郎 東邦大学, 医学部, 助教 (50821914)
中島 千絵 北海道大学, 人獣共通感染症国際共同研究所, 教授 (60435964)
臼井 優 酪農学園大学, 獣医学群, 准教授 (60639540)
鈴木 仁人 国立感染症研究所, 薬剤耐性研究センター, 主任研究官 (70444073)
大久保 寅彦 北海道大学, 保健科学研究院, 講師 (90762196)
福田 昭 酪農学園大学, 獣医学群, 講師 (90827320)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | 細菌 / 大腸菌 / 薬剤耐性菌 / フルオロキノロン耐性 / ST131 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、フルオロキノロン耐性大腸菌ST131をモデルに、『院内』で問題となるAMR感染症を『院外(市中)』からのプローチでその伝播・定着様式を明らかにすることで、現行のAMR対策が報われない国際的なAMR問題の根本的解決に繋がる次世代型(院内-市中一体型)AMR対策に資する科学的知見を提供することが本研究の目的である。本目的達成の為、本年度は、ST131の伝播状況と伝播様式および定着メカニズム(定着因子の同定)を行なった。具体的には、同一地域（札幌市内）から同一時期に院内及び市中の各サンプル群(患者、健常者、動物、環境)から大腸菌を一斉に分離した。その後、シプロフロキサシンに耐性だった株を対象にST131の検出PCRおよび次世代シーケンス解析により行なった。その結果、ヒトの臨床検体(大学病院)からは25%, ヒトの臨床検体(市中クリニック)からは19.2%, ヒトの健常者の便検体からは16.1%, 伴侶動物(犬や猫)の直腸スワブからは18.3%, 家畜の牛、豚、鶏の便検体からはそれぞれ9.5%, 0%, 6.7%のフルオロキノロン耐性率であった。分離大腸菌全体に占めるST131の割合は、ヒトの臨床検体(大学病院)からは12.5%, ヒトの臨床検体(市中クリニック)からは5.7%, ヒトの健常者の便検体からは8.2%, 伴侶動物(犬や猫)の直腸スワブからは15.9%, 家畜の牛、豚、鶏の便検体からは1株も分離されなかった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
当初の計画どおり、大腸菌株の分離・収集を行った。また、収集した大腸菌株において予定していたフルオロキノロン耐性率の評価、フルオロキノロン耐性大腸菌に占めるST131の割合の評価を遂行できている。加えて、次年度に向けた次世代シーケンス解析に関する基礎的検討も実施することができた。以上から、現在までの進捗状況はおおむね順調に進展していると判断した。
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| Strategy for Future Research Activity |
当初の計画通り、菌株収集を継続するとともにシプロフロキサシン耐性大腸菌株のゲノムDNAを抽出し、次世代シーケンス解析によりPangenomeおよびAccessory genome解析をおこない、ST131の遺伝的類似性の評価を行うことで、それぞれのサンプル群中でのST131の拡散様式の解明に努める。またヒトの腸管内を模擬した環境系の構築を試みST131のヒト腸管内での定着能や定着に関する細菌因子の同定を試みる。
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[Journal Article] Establishment of a reference panel of Helicobacter pylori strains for antimicrobial susceptibility testing2022
Author(s)
Yokota K, Osaki T, Hayashi S, Yokota SI, Takeuchi H, Rimbara E, Ojima H, Sato T, Yonezawa H, Shibayama K, Tokunaga K, Kamiya S, Murakami K, Kato M, Sugiyama T.
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Journal Title
Helicobacter
Volume: 27
Pages: e12874
DOI
Peer Reviewed
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