2023 Fiscal Year Annual Research Report
シン・パレオゲノミクスが創る博物館資料群活用の新展開
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21H04358
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| Research Institution | Kanazawa University |
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Principal Investigator |
覚張 隆史 金沢大学, 古代文明・文化資源学研究所, 助教 (70749530)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
松前 ひろみ 東海大学, 医学部, 助教 (00735681)
金原 正明 奈良教育大学, ESD・SDGsセンター, 研究部員 (10335466)
本橋 慶一 東京農業大学, 国際食料情報学部, 教授 (10527542)
岡崎 健治 鳥取大学, 医学部, 助教 (10632937)
中込 滋樹 金沢大学, 古代文明・文化資源学研究所, 客員准教授 (40625208)
石谷 孔司 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 研究員 (40826062)
細川 正人 早稲田大学, 理工学術院, 准教授(任期付) (60722981)
和久 大介 東京農業大学, 国際食料情報学部, 助教 (60793578)
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| Project Period (FY) |
2021-04-05 – 2024-03-31
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| Keywords | パレオゲノミクス / シングルセル / 古人骨 / 絶滅動物 / 植物標本 / 寄生虫卵 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度はこれまでと同様に、人骨、植物病理標本、菌類標本、絶滅動物、堆積物の寄生虫卵をターゲットにして。それぞれ人骨班、植物標本班、絶滅動物班、堆積物班に分かれて、局所サンプリングの条件検討を進めた。富山県富山市の小竹貝塚出土人骨から昨年度にNovaSeqを用いて取得したゲノムデータの解析を進め、血縁関係の評価を行った。また、古墳時代の遺跡出土人骨を実施するために、九州大学に保管されている北部九州の遺跡出土人骨のDNA抽出およびNovaSeqによるゲノムデータの取得を行った。また、局所サンプリングの新たな条件検討を実施するために、モンゴルの遺跡出土人骨の中出保存状態が極めて良好なサンプルを対象に、組織切片の作成、HE染色、新たに作成したヒトAlu RNAプローブによるin situ hybridizationを行い、骨切片におけるヒト核DNAの組織内局在を確認した。また、ISH染色されたスポットをマイクロサンプリングして、iSeqでゲノムデータを取得したところ、ヒト内在DNA%がこれまでのマクロサンプリングよりも有意に高い値を示した。これらの結果についてまとめた論文を海外学術誌に投稿する予定である。また、植物病理標本の研究におけるマイクロサンプリングによる病理細胞片、菌類標本、ニホンカワウソからゲノムデータ取得を行い、現在、各担当研究者が論文投稿に向けて準備を進めている。一方、寄生虫卵からのゲノムデータ取得の試みにおいて、分離同定された寄生虫含有溶液から得られたDNA抽出液からゲノムデータを取得した。寄生虫卵を堆積物から分離する際の固定液によるDNA分子へのダメージによる影響のためか、寄生虫由来ゲノムが検出されるか検討したが検出ができなかった。今後、固定液・分離法の検討を行い、DNAにダメージの少ない前処理法の開発が必要となることが示され、課題が残る結果となった。
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| Research Progress Status |
令和5年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和5年度が最終年度であるため、記入しない。
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