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2023 Fiscal Year Annual Research Report

Study of chiral recognition on polysaccharide derivatives using molecular simulation combined with data analysis method

Research Project

Project/Area Number 21K05187
Research InstitutionUniversity of Miyazaki

Principal Investigator

湯井 敏文  宮崎大学, 工学部, 教授 (50230610)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 宇都 卓也  宮崎大学, 工学部, 准教授 (60749084)
Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Keywordsキラル分離 / 多糖誘導体 / 分子シミュレーション / 操舵分子動力学報
Outline of Annual Research Achievements

多糖類誘導体を基盤とするキラル充填剤が(株)ダイセルによって開発され、種々のキラル充填剤が商品化された。本申請研究は、多糖類誘導体が示す光学異性体分離現象を分子論的に解明するために、コンピュータ上で分子挙動を再現し、それらの性質を明らかにする分子シミュレーション手段を適用し、キラル分離現象の分子論的解明、分離モードの予測、および開発したシミュレーション手段による新規キラル誘導体材料の設計を目標とした。
令和3年度に、市販キラルセレクターに使用されるセルロース誘導体に対して3種のモデルキラル分子のキラル分離シミュレーションを行い、キラルセレクターモデルやシミュレーション条件を検討することで、分離能の向上を試みた。一部に有意なキラル分離結果が得られるたが、分離ピークが完全に分かれるベースライン分離結果が得られなかった。令和4年度において、より安定かつ完全なピーク分離が得られるシミュレーション条件を検討した。さらに、同様の市販キラルセレクターであるアミロース誘導体を研究対象とした。キラル分子の移動距離の延長によってピーク間の距離は増大したが、同時にピーク幅も拡大し、ベースラインに至るまでのピーク分離が得られなかった。アミロース誘導体については、キラルセレクターモデルデザインを検討し、キラル分離に成功したが、セルロース誘導体の計算を上回る結果が得られなかった。令和4年度後半から5年度にかけて、キラル分離モードの予測から、新規多糖誘導体充填剤の分子・材料設計へと目標を修正し、シミュレーション手段の標準化を行った。さらに、高い分離能を示した4種のピラゾール化合物群の分子力場パラメータを開発し、確立した分離シミュレーションプロコールに適用した。

  • Research Products

    (20 results)

All 2024 2023

All Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 2 results) Presentation (17 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] The Detailed Crystal Structures of Chitin and Chitosan2024

    • Author(s)
      Yui Toshifumi
    • Journal Title

      Chitin and Chitosan Research

      Volume: 30 Pages: 2-8

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Extended ensemble simulation study of structural polysaccharide crystal structures2024

    • Author(s)
      Yui Toshifumi, Uto Takuya
    • Journal Title

      Cellulose Communications

      Volume: 31 Pages: 18-21

  • [Journal Article] Extended Ensemble Molecular Dynamics Study of Ammonia?Cellulose I Complex Crystal Models: Free-Energy Landscape and Atomistic Pictures of Ammonia Diffusion in the Crystalline Phase2023

    • Author(s)
      Yui Toshifumi、Uto Takuya、Noda Kotaro
    • Journal Title

      Journal of Chemical Information and Modeling

      Volume: 63 Pages: 4088~4099

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.3c00106

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] 天然セルロース結晶表面からの分子鎖剥離に関する分子シミュレーション研究2023

    • Author(s)
      米倉健太、宇都卓也、湯井敏文
    • Organizer
      令和 5 年度九州地区高分子若手研究会・ 冬 の講演会
  • [Presentation] 量子化学計算による糖質分子の立体化学研究2023

    • Author(s)
      藤川 大雅、湯井 敏文、宇都 卓也
    • Organizer
      令和 5 年度九州地区高分子若手研究会・ 冬 の講演会
  • [Presentation] セルロース結晶面上を移動するTrichoderma reesei由来 セロビオヒドロラーゼ糖結合性モジュールタンパク質の基質認識2023

    • Author(s)
      末永 ひな乃,宇都 卓也,湯井 敏文
    • Organizer
      セルロース学会第 30回年次大会
  • [Presentation] 各種溶媒に対する天然セルロース結晶の熱力学的評価2023

    • Author(s)
      米倉健太,宇都 卓也,湯井 敏文
    • Organizer
      セルロース学会第 30回年次大会
  • [Presentation] 拡張アンサンブル分子動力学計算法による多糖類分子鎖形成する高次構造の解析2023

    • Author(s)
      湯井敏文、宇都卓也
    • Organizer
      第72回高分子討論会
  • [Presentation] 分子シミュレーションが提案するキチン・キトサン結晶構造の新たな理解2023

    • Author(s)
      湯井敏文
    • Organizer
      第37回日本キチン・キトサン学会大会
    • Invited
  • [Presentation] βキチン結晶表面からの分子鎖剥離に関する分子シミュレーション研究2023

    • Author(s)
      米倉健太,宇都卓也,湯井敏文
    • Organizer
      第37回日本キチン・キトサン学会大会
  • [Presentation] Pyrococcus furiosus由来耐熱性キチナーゼのキチン結合性モジュール によるキチン分子鎖認識2023

    • Author(s)
      末永ひな乃,宇都卓也,湯井敏文
    • Organizer
      第37回日本キチン・キトサン学会大会
  • [Presentation] セルロース結晶面上を移動するTrichoderma reesei由来セロビオヒドロラーゼ糖結合性モジュールタンパク質の基質認識2023

    • Author(s)
      長嶺 一毅、宇都 卓也、湯井 敏文
    • Organizer
      第60回化学関連支部合同九州大会
  • [Presentation] 密度汎関数理論計算による糖質分子の立体化学研究2023

    • Author(s)
      藤川大雅、湯井 敏文、宇都 卓也
    • Organizer
      第60回化学関連支部合同九州大会
  • [Presentation] イオン液体の細胞毒性に関する分子シミュレーション研究2023

    • Author(s)
      長浦翔、湯井 敏文、宇都 卓也
    • Organizer
      第60回化学関連支部合同九州大会
  • [Presentation] アルコール誘起αヘリックス形成の分子シミュレーション研究2023

    • Author(s)
      末永 ひな乃、湯井 敏文、宇都 卓也
    • Organizer
      第60回化学関連支部合同九州大会
  • [Presentation] 分子鎖剥離より評価する天然セルロース結晶の安定性2023

    • Author(s)
      米倉健太、宇都 卓也、湯井 敏文
    • Organizer
      第60回化学関連支部合同九州大会
  • [Presentation] 種々の溶媒環境におけるカードラン三重らせん構造の膨潤に伴う自由エネルギー変化量2023

    • Author(s)
      長谷部智大、宇都 卓也、湯井 敏文
    • Organizer
      第60回化学関連支部合同九州大会
  • [Presentation] 温度レプリカ交換法による多糖分子鎖の多重らせん構造形成シミュレーション2023

    • Author(s)
      田大翔、宇都 卓也、湯井 敏文
    • Organizer
      第60回化学関連支部合同九州大会
  • [Presentation] セルロース結晶モデル表面からの単分子鎖剥離に関する 分子シミュレーション研究2023

    • Author(s)
      米倉健太、宇都卓也、湯井敏文
    • Organizer
      2023年繊維学会年次大会
  • [Presentation] 溶液中におけるαヘリックスポリペプチド鎖の立体構造安定性2023

    • Author(s)
      末永ひな乃、宇都卓也、湯井敏文
    • Organizer
      2023年繊維学会年次大会

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Published: 2024-12-25  

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