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2023 Fiscal Year Research-status Report

Identification of epigenetic regulatory system for phenotypic plasticity of "hot-spring frog"

Research Project

Project/Area Number 21K06125
Research InstitutionHiroshima University

Principal Investigator

井川 武  広島大学, 両生類研究センター, 准教授 (00507197)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 荻野 肇  広島大学, 両生類研究センター, 教授 (10273856)
鈴木 誠  広島大学, 両生類研究センター, 助教 (10533193)
Project Period (FY) 2021-04-01 – 2025-03-31
Keywordsエピジェネティック制御 / 両生類 / ゲノム / 表現型可塑性 / 細胞培養 / 環境適応
Outline of Annual Research Achievements

本研究は温度に対して適応的な表現型が誕生するプロセスを解明するため、西南諸島に産するリュウキュウカジカガエルの表現型可塑性について、遺伝子発現のエピジェネティック制御機構とその進化的意義の解明を目指している。本年度はChiP-seq解析に必要な高精度なゲノムデータを整備するため、リュウキュウカジカガエル、カジカガエルの細胞培養系の構築に取り組んだ。初代培養に用いる組織と培地組成などの条件を検討した結果、いくつかの組織の初代培養に成功し、特に筋肉細胞については継代培養にも成功した。今後は引き続き培養細胞系の確立に取り組むとともに、培養細胞を利用してHi-C解析を行い、ゲノムデータの高度化に取り組む。また、温度耐性の究極的要因を探索するために細胞の温度耐性能の比較やミトコンドリア関連タンパク質の機能比較を行う。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

コロナ渦においてフィールドワークができなかったために、研究を進めることができなかったために計画に遅れが生じている。

Strategy for Future Research Activity

培養細胞を用いてHi-C解析を行い、リファレンスゲノムの完成に取り組む。ゲノムデータの整備が完了し次第、当初予定していた実験課題に取り組む。

Causes of Carryover

コロナ渦により元々研究に遅れが生じていたことに加えて、ゲノム解析に予想以上に時間を要したため。次年度使用額はゲノム解読に係る試薬消耗品に用いる。

  • Research Products

    (19 results)

All 2024 2023

All Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 4 results) Presentation (13 results) (of which Invited: 3 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Rapid and collective determination of the complete “hot-spring frog” mitochondrial genome containing long repeat regions using Nanopore sequencing2023

    • Author(s)
      Asaeda Yuka、Shiraga Kento、Suzuki Makoto、Sambongi Yoshihiro、Ogino Hajime、Igawa Takeshi
    • Journal Title

      PLOS ONE

      Volume: 18 Pages: e0280090

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0280090

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Conserved Evolution of MHC Supertypes among Japanese Frogs Suggests Selection for Bd Resistance2023

    • Author(s)
      Lau Quintin、Igawa Takeshi、Kosch Tiffany A.、Dharmayanthi Anik B.、Berger Lee、Skerratt Lee F.、Satta Yoko
    • Journal Title

      Animals

      Volume: 13 Pages: 2121~2121

    • DOI

      10.3390/ani13132121

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Phenotype-genotype relationships in Xenopus sox9 crispants provide insights into campomelic dysplasia and vertebrate jaw evolution2023

    • Author(s)
      Hossain Nusrat、Igawa Takeshi、Suzuki Makoto、Tazawa Ichiro、Nakao Yuta、Hayashi Toshinori、Suzuki Nanoka、Ogino Hajime
    • Journal Title

      Development, Growth & Differentiation

      Volume: 65 Pages: 481~497

    • DOI

      10.1111/dgd.12884

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Identification of tumor-related genes via RNA sequencing of tumor tissues in Xenopus tropicalis2023

    • Author(s)
      Kitamura Kazuki、Yamamoto Takayoshi、Ochi Haruki、Suzuki Makoto、Suzuki Nanoka、Igawa Takeshi、Yoshida Tadashi、Futakuchi Mitsuru、Ogino Hajime、Michiue Tatsuo
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 13 Pages: 13214

    • DOI

      10.1038/s41598-023-40193-7

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Invention sharing is the mother of developmental biology (part 4)2023

    • Author(s)
      Ogino Hajime、Kamei Yasuhiro、Hayashi Toshinori、Sakamoto Joe、Suzuki Makoto、Igawa Takeshi、Kondo Mariko、Taira Masanori
    • Journal Title

      Development, Growth & Differentiation

      Volume: 65 Pages: 286~287

    • DOI

      10.1111/dgd.12883

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 川原の湯っこに産するカジカガエル幼生の高温耐性とシアノバクテリア・腸内細菌叢について2024

    • Author(s)
      井川 武
    • Organizer
      第7回ゆざわジオパーク研究成果発表会
    • Invited
  • [Presentation] 任務と興味に身を任す:私のキャリアパスにみる表現型可塑性2024

    • Author(s)
      井川 武
    • Organizer
      科学研究費補助金学術変革(B)「性決定サイクル:性染色体の入れ替わりを基軸として解明する性の消滅回避機構」第2回領域会議
  • [Presentation] 温泉ガエルの高温耐性に関わる比較ゲノム及び集団ゲノミクス2023

    • Author(s)
      井川 武、Bagus Priambodo、白神 賢人、浅枝 優花、坊農 秀雅、荻野 肇
    • Organizer
      2023年度生理学研究所研究会「極限環境適応」
    • Invited
  • [Presentation] カジカガエル類2種の新規ゲノム決定と温度適応関連遺伝子の同定2023

    • Author(s)
      井川武、白神賢人、Priambodo Bagus,、浅枝優花,、坊農秀雅,、荻野肇
    • Organizer
      第62回日本爬虫両生類学会
  • [Presentation] 日本産無尾両生類における幼生の温度嗜好性と行動様式の比較2023

    • Author(s)
      原田一平、バグス プリアンボド、荻野肇、井川武
    • Organizer
      第62回日本爬虫両生類学会
  • [Presentation] 近交系ネッタイツメガエルのゲノミクスから見えてきた性染色体の入れ替わりメカニズム2023

    • Author(s)
      井川武
    • Organizer
      第62回日本爬虫両生類学会
    • Invited
  • [Presentation] ツメガエルsox9ゲノム編集個体の表現型と遺伝子型の関係性がカンポメリック異形成症と脊椎動物の顎の進化を紐解く2023

    • Author(s)
      Nusrat Hossain、井川 武、鈴木 誠、田澤 一朗、中尾 勇太、林 利憲、 鈴木 菜花、荻野 肇
    • Organizer
      第94回 日本動物学会大会
  • [Presentation] ネッタイツメガエル4 近交系間の遺伝子発現プロファイル2023

    • Author(s)
      井川 武、越智 陽城、小俣 和輝、林 舜、鈴木 誠、鈴木 菜花、伊東 正剛 、小川 斐女、加藤 尚志、荻野 肇
    • Organizer
      第94回 日本動物学会大会
  • [Presentation] 両生類リソースが切り開くクロスプラットフォーム研究2023

    • Author(s)
      林利憲、鈴木誠、井川武、田澤一朗、中島圭介、古野伸明、岡本和子、鈴木菜花、越智陽城、小俣和輝、小川斐女、加藤尚志、鈴木賢一、荻野肇
    • Organizer
      第94回 日本動物学会大会
  • [Presentation] 無尾両生類のニッチ分化に連動した高温センサーTRPA1 チャネルの機能変化と忌避行動の進化2023

    • Author(s)
      齋藤茂、齋藤くれあ、井川武、小巻翔平、太田利男、富永真琴
    • Organizer
      第94回 日本動物学会大会
  • [Presentation] ネッタイツメガエルにおける母体年齢が胚発生に与える影響の解析2023

    • Author(s)
      加藤陽菜子、井川武、鈴木菜花、荻野肇、鈴木誠
    • Organizer
      第46回 日本分子生物学会年会
  • [Presentation] アカガエルとアフリカツメガエルは変態期において顕著に異なる脊椎骨形成の様式を示す2023

    • Author(s)
      高橋 雄、内山英穂、井川 武、難波ちよ、荻野 肇
    • Organizer
      第46回 日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 温泉ガエルの新規ゲノム決定と遺伝子発現解析による高温適応因子の同定2023

    • Author(s)
      井川 武、白神賢人、Priambodo Bagus、浅枝優花、坊農秀雅、荻野 肇
    • Organizer
      第46回 日本分子生物学会年会
  • [Book] 細胞 2023年12月号2023

    • Author(s)
      浅枝 優花・井川 武・藤井創太郎・三本木至宏
    • Total Pages
      80
    • Publisher
      ニュー・サイエンス社

URL: 

Published: 2024-12-25  

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