2021 Fiscal Year Research-status Report
Reconstruction of parasitic infections among ancient peoples of the Japanese archipelago using DNA from paleofeces
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21K13141
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
小金渕 佳江 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教 (10753593)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | 古代DNA / 寄生虫 / 衛生環境 / 古代ゲノム / 感染症 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
糞石は過去のヒトの健康状態や衛生環境を推察することができる重要な考古遺物である。なかでも寄生虫感染症は糞石から推定できる代表的な疾患と言える。寄生虫は、現代人と比べて古代人では彼らの健康に遥かに大きな影響を与えていた可能性がある。伝統的な手法では、糞石内容物を顕微鏡で直接観察することにより卵などの分類群を同定してきた。しかし、その残存状態や卵の分類の難易度によって同定の確度が左右されてしまうという課題があった。また糞石の出土事例は古人骨に比べるととても少ないため、世界的に見てもその報告例は少ない。東アジアにおける古代感染症に関する研究は限られており、糞石DNA感染症研究に至ってはその例がない。近年ではDNA配列解析技術の発展により、遺物から古いDNA（古代DNA）を抽出する方法や、その配列解析方法が新展開を迎えている。そこで本研究課題では、日本列島の遺跡で収集された糞石からの寄生虫DNAの解析により古代寄生虫の種同定及び全ゲノム配列の復元を目指す。
本年度は新規サンプルとして、沖縄県首里城シーリ遺構から出土した糞石及びコントロールとしてその周辺土壌を、沖縄県立埋蔵文化財センターから分与していただいた。また研究室で収集済みの福井県鳥浜貝塚遺跡及び茨城県吹上遺跡出土の糞石から抽出できたDNAについて、短鎖シーケンサーMiSeqを用いたショットガン配列解析を実施しており、それらの配列データに含まれるDNA配列の分類群を、配列分類ツールkraken2もしくはcentrifugeを利用して同定した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
新型コロナ感染症の影響で新規サンプルの収集が困難かと思われたが、無事協力機関に出向きサンプルを分与していただくことができた。また糞石由来DNAの配列解析もスタートし、条件検討を進めている。
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| Strategy for Future Research Activity |
当初の計画の通り、糞石からのDNA抽出及び配列解析を続ける。配列判定には適切な配列データベースの構築が必要であるため、こちらの改善を継続する。目的の配列のデータが蓄積してきたら、近縁種の配列情報を用いて系統解析および遺伝子進化と寄生虫感染症の症状への影響を検討する。
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| Causes of Carryover |
新型コロナ感染症の関係で、出張や分子生物学実験が予定していた回数より減少した。また配列解析に使用するPCを別の研究費で準備することになったため、予算に繰り越しが生じた。
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