2023 Fiscal Year Research-status Report
Reconstruction of parasitic infections among ancient peoples of the Japanese archipelago using DNA from paleofeces
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21K13141
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
小金渕 佳江 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教 (10753593)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2025-03-31
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| Keywords | 古代ゲノム / 感染症 / 寄生虫 / 糞石 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
近年、古い遺物からDNAを抽出して配列解析を行う古代DNA研究分野において、過去の感染症の実態を明らかにする研究が進みつつある。過去の病原体DNAを直接分析することで、その拡散過程や病原性の変化を議論できるようになってきた。研究対象となる疾患はペストや結核など広く知られた感染症が対象になることが多いが、寄生虫もヒトに身近な感染症である。そこで、糞石由来DNAを用いた寄生虫の進化解析に向けて分析対象とする寄生虫DNAの実験的濃縮を実施することにした。まずは、寄生虫の存在の有無を確認するため、ショットガンシーケンシングでの予備解析で得られたDNA配列について、種分類の精度の向上を試みた。これまでは解析プログラムCentrifugeを使用して配列の種分類をしていたが、偽陽性判定が多い可能性が見られたため、類似のツールであるKraken2を用いた分類を行い、より確からしい分類を行うためのパラメータを検討した。その結果、Centrifugeより検出できた種は減少したが、その一覧を見ると以前の分析よりも尤もらしい結果が得られた。また、古代ゲノムでの種分類に利用されることが多いMALTでの解析も進めている。こちらのプログラムはKraken2よりも解析に時間を要するが、より偽陽性や偽陰性を減らすことができると考えており、引き続きパラメータの検討を続ける。
また、海外でのサンプル収集を目的としてインドネシアへの渡航を検討していたが、インドネシアでの調査申請の調整に想定以上時間を要しており、渡航費やそれに必要な備品に必要な経費を次年度に持ち越した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
寄生虫DNA濃縮の実験設計に向けて、予備解析データの解析が進んでいる。インドネシアとの調整も少しずつ進んでおり、次年度中に渡航できる見込みである。
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| Strategy for Future Research Activity |
引き続き、寄生虫DNA濃縮の実験とそのデータ解析、及びサンプル収集を進める。
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| Causes of Carryover |
海外でのサンプル収集を目的としてインドネシアへの渡航を検討していたが、インドネシアでの調査申請の調整に想定以上時間を要しており、渡航費やそれに必要な備品に必要な経費を次年度に持ち越した。
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Research Products
(7 results)
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[Journal Article] Metagenomic analyses of 7000 to 5500 years old coprolites excavated from the Torihama shell-mound site in the Japanese archipelago2024
Author(s)
Nishimura, L., Tanino, A., Ajimoto, M., Katsumura, T., Ogawa, M., Koganebuchi, K., Waku, D., Kumagai, M., Sugimoto, R., Nakaoka, H., Oota, H., & Inoue, I.
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Journal Title
PloS one
Volume: 19(1)
Pages: e0295924
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Demographic history of Ryukyu islanders at the southern part of the Japanese Archipelago inferred from whole-genome resequencing data.2023
Author(s)
Koganebuchi, K., Matsunami, M., Imamura, M., Kawai, Y., Hitomi, Y., Tokunaga, K., Maeda, S., Ishida, H., Kimura, R.
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Journal Title
Journal of human genetics
Volume: 68
Pages: 759_767
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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