2021 Fiscal Year Research-status Report
ヒストン修飾による季節的な遺伝子制御の進化プロセス
| Project/Area Number |
21K15164
|
|---|
| Research Institution | Shiga University |
|---|
Principal Investigator |
西尾 治幾 滋賀大学, データサイエンス教育研究センター, 助教 (60802593)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
|
| Keywords | トランスクリプトーム / エピゲノム / 進化 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
近年、植物を用いた自然環境下での季節的な遺伝子制御の研究から、抑制型ヒストン修飾が遺伝子発現の変化を記録し、結果として植物が経験した環境の記憶として働くことがわかってきた。このヒストン修飾による遺伝子発現記憶の仕組みは、生物進化の過程で、いつ、どのようにして生じたのであろうか。本研究は、ヒストン修飾による季節的な遺伝子制御の進化プロセスを明らかにすることを目的としている。現在、被子植物門のハクサンハタザオ、ヤブツバキ、裸子植物門のアカマツ、シダ植物門のコシダ、ヒカゲノカズラ植物門のクラマゴケ、ゼニコケ植物門のジャゴケの6植物種を対象として、兵庫県にある自然集団において、2021年9月から月に1度の頻度でRNAとクロマチン分析用のサンプリングを継続している。クロマチンサンプルは、代表者が報告したField ChIP法を用いて取得している（Nishio et al., 2016 Genes Genet. Syst.）。昨年度は、BrAD-seq法を用いて6植物種のトランスクリプトームデータを取得した。今年度は、定期サンプリングを継続し、ChIP-seq法を用いてエピゲノムデータを取得する。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
植物自然集団でのサンプリング、その後のBrAD-seq実験はおおむね順調に進んでいるが、アカマツとコシダについてはRNAの収量が悪かったため、ライブラリ調整の手法を変更する必要があるため。
|
| Strategy for Future Research Activity |
野外サンプリングを継続し、BrAD-seq、ChIP-seq実験を行い、次世代シーケンスを外注し、1年分のシーケンスデータの取得を完了する。アカマツとコシダについては、まずTRIzolを用いたRNA抽出、ライブラリ調整を試す。
|
| Causes of Carryover |
必要物品が、メーカーのキャンペーン価格などにより比較的安価で購入できたため。次年度使用額4,722円は、来年度の物品購入に当てる予定である。
|
