2021 Fiscal Year Research-status Report
Oral microbiome analysis of COVID-19 patients
| Project/Area Number |
21K16323
|
|---|
| Research Institution | Nagasaki University |
|---|
Principal Investigator |
太田 賢治 長崎大学, 病院(医学系), 助教 (70894624)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2023-03-31
|
| Keywords | COVID-19 / 細菌叢解析 / SARS-CoV-2 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
口腔内細菌叢と呼吸器感染症との関連性が報告されているが、COVID-19における役割はわかっていない。本研究は、COVID-19における口腔内細菌叢の変化を明らかにすることを目的とした。
2020年4月に長崎市に停泊中のクルーズ船内において発生したCOVID-19集団感染において、感染者および非感染者を対象として、SARS-CoV-2 PCR検査目的に採取された唾液検体を用い、細菌叢解析を行った。唾液から核酸抽出を行い、16s rRNAのV1-V2領域を増幅し、次世代シークエンサー（MiSeq, Illumina）を用いてメタゲノム解析を行った。両群における細菌叢の多様性を評価するためα-diversityおよびβ-diversityを比較し、また、両群間の細菌叢の組成を比較するため、differential abundance analysisを行った。
COVID-19群38例と健常者群20例を対象とした。α-diversity（total number）はCOVID-19群 49.9、健常者群 46.9（P=0.05）であり、COVID-19群において多様性が上昇している傾向が示唆された。一方、α-diversity（Shannon's index）およびβ-diversity（Jaccard）は両群間で差が見られなかった。両群間の組成を比較したところ、科レベルでCOVID-19群におけるCarnobacteriaceaeの占有率の低下や、属レベルでStreptococcus pneumoniaeやPrevotella pleuritidisの上昇、Staphylococcus epidermidisの低下など、複数の菌種レベルでの変化が観察された。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
COVID-19の感染拡大や、試薬の入手困難および購入が滞ったことで、解析にやや遅れが生じた。
|
| Strategy for Future Research Activity |
COVID-19感染後の経時的な細菌叢変化を観察するため、時系列にそった検体採取および解析を行う。
|
| Causes of Carryover |
研究に用いる試薬の入手困難により、購入が滞ったため、物品に要する支出が減額となった。
次年度は試薬を購入し、収集した検体の細菌叢解析を行う予定である。
また、国内および国際学会の延期やオンライン開催により、当初予定よりも旅費に要する支出が減額となった。
|
Research Products
(5 results)
