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2015 Fiscal Year Annual Research Report

スーバー制限酵素を用いたゲノム・マニュピュレーション工学の創成

Research Project

Project/Area Number 22000007
Research InstitutionUniversity of Tsukuba

Principal Investigator

小宮山 眞  筑波大学, 生命領域学際研究センター, 教授 (50133096)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 徐 岩  宮崎大学, 医学部, 准教授 (40506763)
須磨岡 淳  東京工科大学, 工学部, 教授 (10280934)
Project Period (FY) 2013 – 2015
Keywordsゲノム / 遺伝子 / バイオテクノロジー / 制限酵素 / 核酸 / ペプチド核酸 / セリウム / 遺伝子操作
Outline of Annual Research Achievements

これまでに、合成核酸であるPNAがDNAの中の定められた場所に侵入(インベージョン)することを用いてヒトゲノム中の所定場所を活性化し、ここを選択的にCe(IV)/EDTAで切断する手法を開発してきた。さらにこの手法を活用して、ヒトゲノムから所定の断片を入手し、また、ヒト細胞内の相同組み換えでゲノムの所定位置を目的どおりに変換することに成功した。本年度は、(1)高純度のゲノム断片を分離する手法の開発、ならびに(2)天然酵素を用いた新規ゲノム切断法の開発を追究した。
(1)高純度のゲノム断片を分離する手法の開発
これまでは、所望のゲノム断片をPNAで認識してこれを分離した。しかし、この手法では、ヒトゲノムのように巨大で、類似の塩基配列が多数存在する系から所定断片だけを高選択的に分離するのは困難である。そこで、PNAのインベージョンを用いて分離した一次生成物を、さらに別のサイトに結合するPNAで二次処理することにより、分離断片の純度を飛躍的に向上することに成功した。今後は、高純度なゲノム断片から正確なエピゲノム情報を得て、これに基づいて新たなゲノム工学の構築を目指す。
(2)天然酵素を用いた新規ゲノム切断法の開発
Ce (IV)/EDTAの代わりに1本鎖DNAを特異的に切断する酵素(例えば S1 ヌクレアーゼ)を使用し、PNAのインベージョンによる所定場所の活性化(1本鎖形成)と組み合わせることにより、新たなゲノム切断法を開発した。この酵素の必須補因子である亜鉛イオンは、ゲノムの2本鎖構造を安定化してPNAインベージョンを抑制してしまうが、反応条件を詳細に検討し、ヒトゲノムを所定位置で選択的に切断することに成功した。この酵素を用いる方法とCe(IV)/EDTA法は、いずれも高い位置選択性を持つゲノム切断法であり、使用目的により適宜選択することが可能である。

  • Research Products

    (12 results)

All 2016 2015

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 1 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 3 results)

  • [Journal Article] Fabrication of DNA/RNA hybrids through sequence-specific scission of both strands by pcPNA-SI nuclease combination2016

    • Author(s)
      K. Futai, J. Sumaoka, M. Komiyama
    • Journal Title

      Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids

      Volume: 35 Pages: 233-244

    • DOI

      10.1080/15257770.2015.1131294

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Affinity-isolation of desired restriction fragment from human genome using double-duplex invasion of biotin-bound pseudo-complementary PNA.2015

    • Author(s)
      N. Shigi, A. Rajendran, X. Wang, H. Kunifuda, J. Sumaoka, M. Komiyama
    • Journal Title

      Chem. Lett.

      Volume: 44 Pages: 1569-1571

    • DOI

      10.1246/cl.150682

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Transfection of PNA-NLS Conjugates into Human Cells Using Partially Complementary Oligonucleotides2015

    • Author(s)
      Y. Aiba, J. Ohyama, M. Komiyama
    • Journal Title

      Chem. Lett.

      Volume: 44 Pages: 1547-1549

    • DOI

      10.1246/cl.150682

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Clipping of Telomere from Human Chromosomes using Chemistry-based Artificial Restriction DNA Cutter2015

    • Author(s)
      T. Ishizuka, Y. Xu, M. Komiyama
    • Journal Title

      Curr. Protoc. Nucleic Acid Chem

      Volume: 61 Pages: 6.13.1-6.13.13

    • DOI

      10.1002/0471142700.nc0613s61

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Promotion of double-duplex invasion of peptide nucleic acid through conjugation with nuclear localization signal peptide2015

    • Author(s)
      Y. Aiba, Y. Honda, M. Komiyama
    • Journal Title

      Chem. Eur. J.

      Volume: 21 Pages: 4021-4026

    • DOI

      10.1002/chem.201406085

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Chemical modifications of artificial restriction DNA cutter (ARCUT) to promote its in vivo and in vitro applications2015

    • Author(s)
      M. Komiyama
    • Journal Title

      Artificial DNA : PNA & XNA

      Volume: 5 Pages: 1-13

    • DOI

      10.1080/1949095X.2015.1112457

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] リボヌクレアーゼAによる単一鎖ペプチド核酸の二本鎖DNAへのインベージョン促進2016

    • Author(s)
      田仲真紀子・鴫 成実・小宮山 眞
    • Organizer
      日本化学会96春季年会
    • Place of Presentation
      同志社大学京田辺キャンパス(京都府・京田辺市)
    • Year and Date
      2016-03-25
  • [Presentation] Chemical Tools to Isolate a Desired Fragment from Human Genome2015

    • Author(s)
      Makoto Komiyama
    • Organizer
      The 2015 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies
    • Place of Presentation
      Hawaii (USA)
    • Year and Date
      2015-12-20
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Covalent and Noncovalent Approaches to Promote PNA Invasion for In Vivo Applications2015

    • Author(s)
      Makoto Komiyama
    • Organizer
      The 2015 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies
    • Place of Presentation
      Hawaii (USA)
    • Year and Date
      2015-12-17
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] RNase A添加によるDNAへのペプチド核酸のインベージョン促進2015

    • Author(s)
      田仲真紀子・鴫 成実・小宮山 眞
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド(兵庫県・神戸市)
    • Year and Date
      2015-12-04
  • [Presentation] ビオチン化pcPNAプローブによるヒトゲノムの特定領域断片の濃縮法の開発2015

    • Author(s)
      鴫(日野) 成実, アリワラガン ラジェンドラン, 王 曉輝, 国府田 寛子, 須磨岡 淳, 小宮山 眞
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド(兵庫県・神戸市)
    • Year and Date
      2015-12-04
  • [Presentation] シクロデキストリン科学の変遷2015

    • Author(s)
      小宮山眞
    • Organizer
      第8回アジアンシクロデキストリンカンファレンス/第32回シクロデキストリンシンポジウム合同会議
    • Place of Presentation
      くまもと県民交流館パレア(熊本県熊本市)
    • Year and Date
      2015-05-15
    • Invited

URL: 

Published: 2017-03-16  

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