2011 Fiscal Year Annual Research Report
ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援
| Project Area | ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援 |
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221S0002
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| Research Institution | National Institute of Genetics |
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Principal Investigator |
小原 雄治 国立遺伝学研究所, 国立遺伝学研究所, 所長 (70135292)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
加藤 和人 京都大学, 人文科学研究所, 准教授 (10202011)
菅野 純夫 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (60162848)
辻 省次 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (70150612)
森下 真一 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (90292854)
黒川 顕 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 教授 (20343246)
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| Keywords | 次世代DNAシーケンサ / RNA-seq / ChIP-seq / de novo配列決定 / 個人ゲノム / リシーケンシング / GWAS / インフォームドコンセント |
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| Research Abstract |
(1)総括支援活動:支援戦略会議、総括会議、審査委員会を置いて支援活動の効果的な運営と緊密な連携を進めた。京都大学に置いたELSIセンターでは個人ゲノム解読の倫理問題への対応やシンポジウム開催を含む社会との接点活動を進めた。
(2)(3)大規模ゲノム及びゲノム医科学支援活動:2年目に入ったこともあり、前年度末から公募の周知宣伝につとめ、4月1日から公募を開始した。ただし、政府予算関連法案の遅れのために内定通知が遅れた科研費種目があったことや東日本大震災の被災地からの応募を考慮して、追加公募をおこなった。この結果、総応募数237件となり、62件を審査委員会で選定した。内訳はヒトGWAS課題が1件、ヒトゲノムリシーケンシング課題が11件、多細胞生物の課題が33件、微生物ゲノム課題が14件、情報解析のみの課題が3件であった。多細胞生物ゲノムは新規解読となるが、特に野生由来の多様な生物ゲノムは両親由来ゲノム間での多型の多さのためにショートリードのアッセンブルは世界的なチャレンジングな課題となった。このために情報解析支援グループにより新規ゲノムアッセンブラを開発し、実際のゲノム解読に役立てた。
公募課題に加え、領域としてゲノム科学推進のために重要な課題を企画課題として推進した。ヒトゲノム関連は倫理審査のために遅れているが、多細胞生物ゲノムでは、シーラカンスゲノム解読が進行した。アフリカツメガエルゲノム解読を国際協力でおこない、また昨年からの継続としてポリプテルスゲノム解読を進めた。
(4)情報解析支援活動:情報解析支援グループは、特に個人ゲノムの大量データ処理への対応を進めた。基盤技術開発支援グループは、次世代の情報解析支援技術や大規模情報転送技術などの開発を進めた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
ヒト以外の多細胞生物ゲノム解読については新規アルゴリズムの開発もあり進んだが、ヒトゲノム解析については倫理委員会の審査の遅れや、最終的なデータ共有のための提供者への再同意取得に時間がかかり、遅れているため。
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| Strategy for Future Research Activity |
ゲノム解析技術開発も含めた重要課題を領域企画課題としてより積極的に推進する。
公募課題についてはデータ解析の段階で研究者コミュニティの力を結集して、より質の高い成果にする。
ヒトゲノム課題については倫理問題への周知をより徹底し、スムースな支援開始ができるようにする。
データ共有の体制を整備する。
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[Journal Article] Contribution of intragenic DNA methylation in mouse gametic DNA methylomes to establish oocyte-specific heritable marks2012
Author(s)
Kobayashi H, Sakurai T, Imai M, Takahashi N, Fukuda A, Yayoi O, Sato S, Nakabayashi K, Hata K, Sotomaru Y, Suzuki Y, Kono T
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Journal Title
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] COPICAT : A software system for predicting interactions between proteins and chemical compounds2012
Author(s)
Sakakibara, Y., Hachiya, T., Uchida, M., Nagamine, N., Sugawara, Y., Yokota, M., Nakamura, M., Popendorf, K., Komori, T., Sato, K.
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Journal Title
Bioinformatics
Volume: 28
Pages: 745-746
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Identification of tammar wallaby SIRH12, derived from a marsupial-specific retrotransposition event2011
Author(s)
Ono R, Kuroki Y, Naruse M, Ishii M, Iwasaki S, Toyoda A, Fujiyama A, Shaw G, Renfree MB, Kaneko-Ishino T, Ishino F
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Journal Title
DNA Res.
Volume: 18(4)
Pages: 211-219
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Genome-wide analysis reveals unique regulation of transcription of Th2-specific genes by GATA32011
Author(s)
Horiuchi, S., Onodera, A., Hosokawa, H., Watanabe, Y., Tanaka, T., Sugano, S., Suzuki, Y., Nakayama, T.
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Journal Title
J.Immunol
Volume: 186
Pages: 6378-6389
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] Phylogenetic and intimin-subtyping analysis of enteropathogenic and enterohemorrhagic Escherichia coli strains2011
Author(s)
T.Ooka, K.Seto, K.Kawano, H.Kobayashi, Y.Etoh, S.Ichihara, M.Bardiau, N.Kaneko, J.Isobe, K.Yamaguchi, K.Horikawa, Y.Ogura, K.Nakayama, J.Mainil, T.Hayashi
Organizer
International union of microbiological societies 2011 congress
Place of Presentation
Sapporo, Hokkaido, Japan
Year and Date
20110906-20110910
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[Presentation] Genome sequence analysis of Treponema phagedenis isolated from bovine papillomatous digital dermatitis (PDD)2011
Author(s)
Y.Gotoh, K.Yamazaki, Y.Ogura, T.Ooka, T.Yano, K.Oshima, M.Hattori, N.Misawa, T.Hayashi
Organizer
International union of microbiological societies 2011 congress
Place of Presentation
Sapporo, Hokkaido, Japan
Year and Date
20110906-20110910
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[Presentation] Comprehensive analysis of small non-coding RNAs in medaka transcriptome by deep RNA-seq approach2011
Author(s)
Abe, M., Hase, S., Ogawa, M., Okada, Y., Sato, K., Saito, Y., Sakakibara, Y.
Organizer
RNA 2011 Sixteenth Annual Meeting of the RNA Society
Place of Presentation
Kyoto, Japan
Year and Date
20110614-20110618
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[Presentation] DDBJ Sequence Read Archive and a cloud-computing based analytical pipeline for next-generation sequencing reads2011
Author(s)
Satoshi Saruhashi, Takako Mochizuki, Hideki Nagasaki, Yuichi Kodama, Asami Nozaki, Kyung-Bum Lee, Toshihisa Okido, Emi Yokoyama, Eli Kaminuma, Hideaki Sugawara, Kousaku Okubo, Toshihisa Takagi, Yasukazu Nakamura
Organizer
8th Solanaceae and 2nd Cucurbitaceae Joint Conference
Place of Presentation
神戸国際会議場(兵庫県神戸市)
Year and Date
2011-11-28
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[Presentation] DDBJ Sequence Read Archive and a cloud-computing based annotation tool for next-generation sequencing data2011
Author(s)
Nagasaki, H., Mochizuki, T., Kodama, Y., Saruhashi, S., Takagi, T., Okubo, K., Kaminuma, E., Nakamura, Y.
Organizer
The 2nd International Conference on the Progress of "1000 Plant & Animal Reference Genomes Project"
Place of Presentation
Shenzhen, China
Year and Date
2011-07-11
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[Presentation] DDBJ Read Annotation Pipeline : 新型シーケンサ由来配列のクラウト型解析パイプライン2011
Author(s)
猿橋智, 児玉悠一, 李慶範, 大城戸利久, 横山会美, 長崎英樹, 望月孝子, 神沼英里, 菅原秀明, 高木利久, 大久保公策, 中村保一
Organizer
NGS現場の会第1回研究会
Place of Presentation
熱海ニューフジヤホテル(静岡県熱海市)
Year and Date
2011-05-28
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