ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援

2013 Fiscal Year Annual Research Report

• Project Area: ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援
• Project/Area Number: 221S0002
• Research Institution: National Institute of Genetics
• Principal Investigator: 小原 雄治 国立遺伝学研究所, 系統生物研究センター, 特任教授 (70135292)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 加藤 和人 大阪大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (10202011) ; 黒木 陽子 東北大学, 東北メディカル・メガバンク機構, 准教授 (10344037) ; 菅野 純夫 東京大学, 新領域創成科学研究科, 教授 (60162848) ; 林 哲也 宮崎大学, フロンティア科学実験総合センター, 教授 (10173014) ; 辻 省次 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (70150612) ; 井ノ上 逸朗 国立遺伝学研究所, 人類遺伝研究部門, 教授 (00192500) ; 徳永 勝士 東京大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (40163977) ; 山本 健 九州大学, 生体防御医学研究所, 准教授 (60274528) ; 桑野 良三 新潟大学, 脳研究所, フェロー (20111734) ; 黒川 顕 東京工業大学, 地球生命研究所, 教授 (20343246) ; 豊田 敦 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 特任准教授 (10267495) ; 鈴木 穣 東京大学, 新領域創成科学研究科, 教授 (40323646) ; 森下 真一 東京大学, 新領域創成科学研究科, 教授 (90292854) ; 久原 哲 九州大学, (連合)農学研究科(研究院), 教授 (00153320) ; 中村 保一 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 教授 (60370920) ; 田畑 哲之 公益財団法人かずさＤＮＡ研究所, その他部局等, 所長 (70197549) ; 浅井 潔 東京大学, 新領域創成科学研究科, 教授 (30356357) ; 矢田 哲士 九州工業大学, 大学院情報工学研究院, 教授 (10322728) ; 榊原 康文 慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (10287427) ; 笠原 雅弘 東京大学, 新領域創成科学研究科, 講師 (60376605)
• Keywords: 次世代DNAシーケンサ / RNA-seq / ChIP-seq / de novo配列決定 / 個人ゲノム / リシーケンシング / GWAS / インフォームドコンセント

Research Abstract

支援課題公募では171件の応募があり、88件を選定し支援した。ゲノム関係は論文発表まで時間がかかるが、これまでの支援成果も加えて、本年度は支援の成果論文55報が発表され、今後のさらなる増加が見込まれる。
ゲノム医科学支援では、IgA腎症などについて、多発家系の解析に基づき遺伝子を特定し、その変異が孤発性疾患の発症にも関連することの発見などの成果が得られた。多細胞生物支援では、大型ゲノムの配列決定は本年度12課題に上った。シーラカンスが論文化に至り、アフリカツメガエル、シロオビアゲハは投稿予定であり、スンクス、ポリプテルス及び肺魚は進行中である。また、様々な角度からトランスクリプトーム、エピゲノム解析を行い、ヒト疾患細胞における転写制御異常、マウス初期発生段階での遺伝子発現制御プログラムの変遷、遺伝子発現制御の進化様式等の成果を得た。また開発したRNA半減期の網羅的解析法が論文化された。微生物支援では、海洋細菌からの塩化物イオンを光エネルギーを用いて排出する新しいロドプシンの発見が論文化された。黄色ブドウ球菌マウス感染モデルでのin vivo transcriptome 解析の成功（生体内の菌の解析としては世界初）、メタゲノム配列からの環境系難培養細菌（Thioploca sp.）の全ゲノム配列の再構成、ヘリコバクターピロリ400株のゲノム解析（沖縄株の系統進化学的な特異性などの解明等）などの成果が得られ、論文投稿中か作成中の段階にある。情報解析支援では、本活動で開発したソフトウェアPlatanusが論文化に至った。これまで困難であった大型真核生物のゲノム解析を大幅に改善し、本支援活動のみならず国内外で広く利用されている。ゲノムELSIユニットでは個人ゲノム解読の倫理問題への実務的支援について効率的なシステムを構築し、昨年度に引き続き医科学支援を推進した。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

医科学分野は、研究倫理審査委員会の承諾を得ることに時間を要することも含め、研究開始から論文発表まで長期間を要するが，最近になり論文発表が実現した研究が増えてきており、支援の達成度は高まっている。
多細胞生物支援については、当初懸念された多くの困難にも関わらず、ほとんどの課題について一定の成果が得られている。各課題の新規アセンブリの結果は概ね論文発表可能なレベルに到達しているが、ゲノム解読の最終段階であるアノテーション作業や生物学的解析については、人材が不足していることもあり、相応の時間を要している。
微生物支援については、一部を除くと全て希望した支援ができている。成果概要に挙げた中で、新しいロドプシンの発見は想定外の結果であり、黄色ブドウ球菌マウス感染モデルでのin vivo transcriptome 解析の成功は技術開発という点でも重要である。
情報解析支援については、アセンブラPlatanusに加えて、PacBioに特化したアセンブラの開発や、メタゲノムデータに対するアセンブラの開発なども併せて進んだ。また、GPUを利用した超高速相同性検索ソフトウェアの開発、解析パイプラインの整備も順調に進んでおり、多様な支援課題に柔軟に対応する体制の構築ができている。一方で、解析を担当する研究員の不足しており、OJT形式による教育を含めたさらなる人材育成の推進が課題である。
ELSIについては、ミッションである「課題の抽出」「対応策の検討」「ネットワークの形成」「人材育成」について、おおむね当初の予定通り進行している。実務的支援については、相当な経験が蓄積し、活動の流れが確立してきた。

Strategy for Future Research Activity

医科学分野については、研究を支援することで大きく発展が期待される研究がさらに数多くあると考えられ、医科学分野のゲノム支援活動のより一層の周知を進めていくことが大切である。
多細胞生物支援においては、特に最終年度になるために論文化を進める必要があるが、依頼者側だけでは困難なことがあり、そのためにも依頼者側とのコンタクトを一層密にし、問題点を洗い出すとともに、場合によっては情報支援チームを紹介するなど課題ごとにきめ細かな対応を進める必要がある。また、論文化に関する責任体制について、事前の取り決めも必要となろう。技術面では、一細胞計測技術の向上、シークエンス技術のさらなるハイスループット化とナノポアを始めとする新たなプラットフォームへの対応について、本研究班においても技術水準の向上を図り、来るべき解析手法の多様化についてもいち早く対応する必要がある。
微生物支援においては、基本的にはこれまでの進め方を継続する。ただし、ロッシュ454を用いた菌相解析については、イルミナでの解析に移行する必要がある。
情報解析支援においては、基本的にはこれまでの進め方を継続し、PacBioシーケンスなど新規技術に併せて、シーケンス拠点との連携をより深め、解析上の問題点や克服すべき課題を検討し、新規技術開発を進めていく。
ELSI活動においては、引き続き課題採択者への倫理支援とそのフォローアップおよび、倫理審査委員会向けの研修会の開催を行う。論文による発表に力を入れるともに、現場や一般市民を意識したELSIやデータ共有のポリシー案も作成し、配布・発信する。さらには、国内外のゲノムELSI研究者との情報共有ネットワーク化を進め、日本やアジアの状況を含めた議論を活発にし、国際的な協調を高める。

Research Products

• [Journal Article] An evolutionarily conserved protein CHORD regulates scaling of dendritic arbors with body size. (2014)
  • Author(s): Kohei Shimono, Kazuto Fujishima, Takafumi Nomura, Masayoshi Ohashi, Tadao Usui, Mineko Kengaku, Atsushi Toyoda & Tadashi Uemura
  • Journal Title: Scientific Reports Volume: 4 Pages: 4415
  • DOI: DOI: 10.1038/srep04415
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Genome-wide analysis of CNV (copy number variation) and their associations with narcolepsy in a Japanese population. (2014)
  • Author(s): Yamasaki M, Miyagawa T, Toyoda H, Khor SS, Koike A, Nitta A, Akiyama K, Sasaki T, Honda M, Tokunaga K.
  • Journal Title: J. Hum. Genet. Volume: 59 Pages: 235-240
  • DOI: 10.1038/jhg.2014.13.
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] パーソナルゲノム時代の研究ガバナンス (2014)
  • Author(s): 三成寿作,加藤和人
  • Journal Title: 医薬ジャーナル Volume: 50 Pages: 55-58
• [Journal Article] Sex-specific Post-translational Regulation of the Gamete Fusogen GCS1 in the Isogamous Volvocine Alga Gonium pectorale. (2014)
  • Author(s): Kawai-Toyooka H, Mori T, Hamaji T, Suzuki M, Olson BJ, Uemura T, Ueda T, Nakano A, Toyoda A, Fujiyama A, Nozaki H.
  • Journal Title: Eukaryot Cell. Volume: In Press, Mar 14. Pages: 印刷中
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A biochemical landscape of A-to-I RNA editing in the human brain transcriptome. (2014)
  • Author(s): Sakurai M, Ueda H, Yano T, Okada S, Terajima H, Mitsuyama T, Toyoda A, Fujiyama A, Kawabata H, Suzuki T.
  • Journal Title: Genome Res. Volume: 24(3) Pages: 522-534
  • DOI: 10.1101/gr.162537.113
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Design and Experimental Application of a Novel Non-Degenerate Universal Primer Set that Amplifies Prokaryotic 16S rRNA Genes with a Low Possibility to Amplify Eukaryotic rRNA Genes. (2014)
  • Author(s): Mori H, Maruyama F, Kato H, Toyoda A, Dozono A, Ohtsubo Y, Nagata Y, Fujiyama A, Tsuda M, Kurokawa K.
  • Journal Title: DNA Res. Volume: 21(2)2014 Pages: 217-227
  • DOI: 10.1093/dnares/dst052
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Complete genome sequence of Pseudomonas sp. strain TKP isolated from a γ- hexachlorocyclohexane- degrading mixed culture. (2014)
  • Author(s): S. Yoshizawa, Y. Kumagai, H. Kim, Y. Ogura, T. Hayashi, W. Iwasaki, E. F. DeLong, K. Y. Ohtsubo, K. Kishida, T. Sato, M. Tabata, T. Kawasumi, Y. Ogura, T. Hayashi, M. Tsuda and Y. Nagata:
  • Journal Title: Genome Announc. Volume: 2(1). Pages: e01241-13
  • DOI: 10.1128/genomeA.01241-13
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Complete genome sequence of Pseudomonas aeruginosa MTB-1, isolated from a microbial community enriched by the technical formulation of hexachlorocyclohexane. (2014)
  • Author(s): Y. Ohtsubo, T. Sato, K. Kishida, M. Tabata, Y. Ogura, T. Hayashi, M. Tsuda, Y. Nagata
  • Journal Title: Genome Announc. Volume: 2(1) Pages: e01130-13
  • DOI: 10.1128/genomeA.01130-13
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Molecular epidemiology and clinical spectrum of hereditary spastic paraplegia in the Japanese population based on comprehensive mutational analyses. (2014)
  • Author(s): Ishiura H, Takahashi Y, Hayashi T, Saito K, Furuya H, Watanabe M, Murata M, Suzuki M, Sugiura A, Sawai S, Shibuya K, Ueda N, Ichikawa Y, Kanazawa I, Goto J, Tsuji S.
  • Journal Title: J. Hum. Genet. Volume: 59 Pages: 163-172
  • DOI: 10.1038/jhg.2013.139
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Lessons from genome-wide search for disease-related genes with special reference to HLA-disease associations. (2014)
  • Author(s): Tokunaga K
  • Journal Title: Genes (Basel) Volume: 5 Pages: e84-96
  • DOI: 10.3390/genes5010084
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Genome-wide association study of HPV-associated cervical cancer in Japanese women. (2014)
  • Author(s): Miura K, Mishima H, Kinoshita A, Hayashida C, Abe S, Tokunaga K, Masuzaki H, and Yoshiura KI
  • Journal Title: J. Med. Virol. Volume: 86 Pages: 1153-1158
  • DOI: 10.1002/jmv.23943
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Lack of genetic association between TREM2 and late-onset Alzheimer’s disease in a Japanese population. (2014)
  • Author(s): Miyashita A, et al.
  • Journal Title: J Alzheimers Dis Volume: 印刷中 Pages: 印刷中
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Origin of methane is serpentinite-hosted hydrothermal systems: the CH4-H2-H2O hydrogen isotope systematics of the Hakuba Happo hot spring. (2014)
  • Author(s): Suda K, Ueno Y, Yshizaki M, Nakamura H, Kurokawa K, Nishiyama E, Yoshino K, Hongoh Y, Kawachi K, Omori S, Yamada K, Yoshida N, Maruyama S
  • Journal Title: Earth Planetary Sci. Lett. Volume: 386 Pages: 112-125
  • DOI: 10.1016/j.epsl.2013.11.001
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A novel small regulatory RNA accelerates cell motility in enterohemorrhagic Escherichia coli. (2014)
  • Author(s): Sudo N, Soma A, Muto A, Iyoda S, Suh M, Kurihara N, Abe H, Tobe T, Ogura Y, Hayashi T, Kurokawa K, Ohinishi M, Sekine Y
  • Journal Title: J. Gen. Appl. Microbiol. Volume: 60(1) Pages: 44-50
  • DOI: 10.2323/jgam.60.44
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Analysis of the complete plastid genome of the unicellular red alga Porphyridium purpureum. (2014)
  • Author(s): Tajima N, Sato S, Maruyama F, Kurokawa K, Ohta H, Tabata S, Sekine K, Moriyama T, Sato N.
  • Journal Title: J Plant Res. Volume: 印刷中 Pages: 印刷中
  • DOI: 10.1007/s10265-014-0627-1
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Rapid detection of expanded short tandem repeats in personal genomics using hybrid sequencing. (2014)
  • Author(s): Doi K, Monjo T, Hoang PH, Yoshimura J, Yurino H, Mitsui J, Ishiura H, Takahashi, Y, Ichikawa Y, Goto J, Tsuji S, Morishita S.
  • Journal Title: Bioinformatics. Volume: 30(6) Pages: 815-822
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btt647
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A recurrent de novo FAM111A mutation causes kenny-caffey syndrome type 2. (2014)
  • Author(s): Isojima T, Doi K, Mitsui J, Oda Y, Tokuhiro E, Yasoda A, Yorifuji T, Horikawa R, Yoshimura J, Ishiura H, Morishita S, Tsuji S, Kitanaka S.
  • Journal Title: J Bone Miner Res. Volume: 29(4) Pages: 992-998
  • DOI: 10.1002/jbmr.2091
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Dissection of the Octoploid Strawberry Genome by Deep Sequencing of the Genomes of Fragaria Species (2014)
  • Author(s): Hideki Hirakawa, et al.
  • Journal Title: DNA Research Volume: 21 Pages: 169-181
  • DOI: 10.1093/dnares/dst049
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Long Noncoding RNA NEAT1-Dependent SFPQ Relocation from Promoter Region to Paraspeckle Mediates IL8 Expression upon Immune Stimuli (2014)
  • Author(s): Imamura K, Imamachi N, Akizuki G, Kumakura M, Kawaguchi A, Nagata K, Kato A, Kawaguchi Y, Sato H, Yoneda M, Kai C, Yada T, Suzuki Y, Yamada T, Ozawa T, Kaneki K, Inoue T, Kobayashi M, Kodama T, Wada Y, Sekimizu K, Akimitsu N
  • Journal Title: Mol Cell Volume: 53(3) Pages: 393-406
  • DOI: 10.1016/j.molcel.2014.01.009
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Tetrahedral gray code for visualization of genome information (2014)
  • Author(s): Ichinose N, Yada T, Gotoh O
  • Journal Title: PLoS One Volume: 9(1) Pages: e86133
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0086133
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Functional characterization of flavobacteria rhodopsins reveals a unique class of light-driven chloride pump in bacteria (2014)
  • Author(s): Susumu Yoshizawa, Yohei Kumagai, Hana Kim, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Wataru Iwasaki, Edward F. DeLong, and Kazuhiro Kogure.
  • Journal Title: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America Volume: 印刷中 Pages: 印刷中
  • DOI: 10.1073/pnas.1403051111
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] CLOCK-controlled polyphonic regulations of circadian rhythms through canonical and non-canonical E-boxes (2014)
  • Author(s): Hikari Yoshitane, Haruka Ozaki, Hideki Terajima, Ngoc-Hien Du, Yutaka Suzuki, Taihei Fujimori, Naoki Kosaka, Shigeki Shimba, Sumio Sugano, Toshihisa Takagi, Wataru Iwasaki, and Yoshitaka Fukada.
  • Journal Title: Molecular and Cellular Biology Volume: 印刷中 Pages: 印刷中
  • DOI: 10.1128/MCB.01465-13
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] ヒトメタゲノムの大規模コホート研究 (2014)
  • Author(s): 森宙史，山田拓司，黒川顕
  • Journal Title: 生物の科学「遺伝」 Volume: 67(3) Pages: 279-282
• [Journal Article] Reflections on the Cost of "Low-Cost" Whole Genome Sequencing: Framing the Health Policy Debate. (2013)
  • Author(s): Timothy Caulfield, et al.
  • Journal Title: PLoS Biology Volume: 11(11) Pages: e1001699.
  • DOI: 10.1371/journal.pbio.1001699
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] ERBB4 mutations that disrupt the neuregulin-ErbB4 pathway cause amyotrophic lateral sclerosis type 19. (2013)
  • Author(s): Takahashi Y, et al.
  • Journal Title: Am J Hum Genet. Volume: 93(5) Pages: 900-905
  • DOI: 10.1016/j.ajhg.2013.09.008
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Coelacanth genomes reveal signatures for evolutionary transition from water to land. (2013)
  • Author(s): Nikaido M, et al.
  • Journal Title: Genome Res. Volume: 23(10) Pages: 1740-1748
  • DOI: 10.1101/gr.158105.113
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Draft assembly of the Symbiodinium minutum nuclear genome reveals dinoflagellate gene structure. (2013)
  • Author(s): Shoguchi E, Shinzato C, Kawashima T, Gyoja F, Mungpakdee S, Koyanagi R, Takeuchi T, Hisata K, Tanaka M, Fujiwara M, Hamada M, Seidi A, Fujie M, Usami T, Goto H, Yamasaki S, Arakaki N, Suzuki Y, Sugano S, Toyoda A, Kuroki Y, Fujiyama A, Medina M, Coffroth MA, Bhattacharya D, Satoh N.
  • Journal Title: Curr Biol. Volume: 23(15) Pages: 1399-1408
  • DOI: 10.1016/j.cub.2013.05.062
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Comparison of Genomic and Epigenomic Expression in Monozygotic Twins Discordant for Rett Syndrome. (2013)
  • Author(s): Miyake K, Yang C, Minakuchi Y, Ohori K, Soutome M, Hirasawa T, Kazuki Y, Adachi N, Suzuki S, Itoh M, Goto YI, Andoh T, Kurosawa H, Oshimura M, Sasaki M, Toyoda A, Kubota T.
  • Journal Title: PLoS One. Volume: 8(6) Pages: e66729
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Lineage-specific expansion of vomeronasal type 2 receptor-like (OlfC) genes in cichlids may contribute to diversification of amino acid detection systems. (2013)
  • Author(s): Nikaido M, Suzuki H, Toyoda A, Fujiyama A, Hagino-Yamagishi K, Kocher TD, Carleton K, Okada N.
  • Journal Title: Genome Biol Evol. Volume: 5(4) Pages: 711-722
  • DOI: 10.1093/gbe/evt041
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Functionally distinct Gata3/Chd4 complexes coordinately establish T helper 2 (Th2) cell identity (2013)
  • Author(s): Hosokawa H, Tanaka T, Suzuki Y, Iwamura C, Ohkubo S, Endoh K, Kato M, Endo Y, Onodera A, Tumes DJ, Kanai A, Sugano S, Nakayama T.
  • Journal Title: Proc Natl Acad Sci U S A. Volume: 110 Pages: 4691-4696
  • DOI: 10.1073/pnas.1220865110
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The comprehensive epigenome map of piRNA clusters (2013)
  • Author(s): Kawaoka S, Hara K, Shoji K, Kobayashi M, Shimada T, Sugano S, Tomari Y, Suzuki Y, Katsuma S.
  • Journal Title: Nucleic Acids Res Volume: 41 Pages: 1581-1590
  • DOI: 10.1093/nar/gks1275
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Treg induction by a rationally selected mixture of Clostridia strains from the human microbiota.? ?? (2013)
  • Author(s): Atarashi K, Tanoue T, Ohshima K, Suda W, Nagano Y, Kim S, Narushima S, Fukuda S, Hase K, Ohno H, Olle B, Taniguchi T, Morita H, Hattori M, Honda K.
  • Journal Title: Nature Volume: 200 Pages: 232-236
  • DOI: 10.1038/nature12331
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Identification of ATP1A3 mutations by exome sequencing as the cause of alternating hemiplegia of childhood in Japanese patients. (2013)
  • Author(s): Ishii A, Saito Y, Mitsui J, Ishiura H, Yoshimura J, Arai H, Yamashita S, Kimura S, Oguni H, Morishita S, Tsuji S, Sasaki M, Hirose S.
  • Journal Title: PLoS One Volume: 8 Pages: e56120
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0056120
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Mutations of COQ2 in familial and sporadic multiple system atrophy. (2013)
  • Author(s): Mitsui J, et al.
  • Journal Title: New Engl. J. Med. Volume: 369 Pages: 233-244
  • DOI: 10.1056/NEJMoa1212115
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Hereditary spastic paraplegia type 43 (SPG43) is caused by mutation in C19ORF12. (2013)
  • Author(s): Landouré G, et al
  • Journal Title: Human Mutation Volume: 34 Pages: 1357-1360
  • DOI: 10.1002/humu.22378
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 東大病院ゲノム医学センターにおける取り組み． (2013)
  • Author(s): 三井 純，石浦 浩之，辻 省次．
  • Journal Title: Brain and Nerve Volume: 65 Pages: 247-255
• [Journal Article] SORL1 Is Genetically Associated with Late-Onset Alzheimer's Disease in Japanese, Koreans and Caucasians. (2013)
  • Author(s): Miyashita A, et al.
  • Journal Title: PLoS One Volume: 8 Pages: e538618
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0058618
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Genome-wide association study of atypical psychosis. (2013)
  • Author(s): Kanazawa T, Ikeda M, Glatt SJ, Tsutsumi A, Kikuyama H, Kawamura Y, Nishida N, Miyagawa T, Hashimoto R, Takeda M, Sasaki T, Tokunaga K, Koh J, Iwata N, and Yoneda H
  • Journal Title: Am. J. Med. Genet. Volume: 162B Pages: 679-686
  • DOI: 10.1002/ajmg.b.32164
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Evidence for shared genetic risk between methamphetamine-induced psychosis and schizophrenia. (2013)
  • Author(s): Ikeda M, Okahisa Y, Aleksic B, Won M, Kondo N, Naruse N, Aoyama-Uehara K, Sora I, Iyo M, Hashimoto R, Kawamura Y, Nishida N, Miyagawa T, Takeda M, Sasaki T, Tokunaga K, Ozaki N, Ujike H, and Iwata N
  • Journal Title: Neuropsychopharmacology Volume: 38 Pages: 1864-1870
  • DOI: 10.1038/npp.2013.94
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] SORL1 is genetically associated with neuropathologically characterized late-onset Alzheimer's disease. (2013)
  • Author(s): Wen Y, Miyashita A, Kitamura N, Tsukie T, Saito Y, Hatsuta H, Murayama S, Kakita A, Takahashi H, Akatsu H, Yamamoto T, Kosaka K, Yamaguchi H, Akazawa K, Ihara Y, and Kuwano R.
  • Journal Title: J Alzheimers Dis Volume: 35 Pages: 387-394
  • DOI: 10.3233/JAD-122395
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Whole-genome sequence of the purple photosynthetic bacterium Rhodovulum sulfidophilum strain W4. (2013)
  • Author(s): Masuda M, Hori K, Maruyama F, Ren S, Sugimoto S, Yamamoto N, Mori H, Yamada T, Sato S, Tabata S, Ohta H, Kurokawa K
  • Journal Title: Genome Announc. Volume: 1(4) Pages: e00577-13
  • DOI: 10.1128/genomeA.00577-13
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Updating the Vibrio clades defined by multilocus sequence phylogeny: Proposal of eight new clades, and the description of Vibrio tritonius sp. nov. (2013)
  • Author(s): Sawabe T, Ogura Y, Matsumura Y, Gao F, Amin A, Mino S, Nakagawa S, Sawabe T, Kumar R, Fukui Y, Satomi M, Matsushima R, Thompson F, Gomez-Gil B, Christen R, Maruyama F, Kurokawa K, Hayashi T
  • Journal Title: Frontiers in Aquatic Microbiol. Volume: 4 Pages: 1-14
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Segmental duplications in the silkworm genome. (2013)
  • Author(s): Zhao Q, Zhu Z, Kasahara M, Morishita S, Zhang Z.
  • Journal Title: BMC Genomics Volume: 14(1) Pages: 521
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Exome analysis reveals a Japanese family with spinocerebellar ataxia, autosomal recessive 1. (2013)
  • Author(s): Ichikawa Y, Ishiura H, Mitsui J, Takahashi Y, Kobayashi S, Takuma H, Kanazawa I, Doi K, Yoshimura J, Morishita S, Goto J, Tsuji S
  • Journal Title: J Neurol Sci. Volume: 331(1-2) Pages: 158-160
  • DOI: 10.1016/j.jns.2013.05.018
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Coordinated changes in DNA methylation in antigen-specific memory CD4 T cells. (2013)
  • Author(s): Hashimoto S, Ogoshi K, Sasaki A, Abe J, Qu W, Nakatani Y, Ahsan B, Oshima K, Shand FH, Ametani A, Suzuki Y, Kaneko S, Wada T, Hattori M, Sugano S, Morishita S, Matsushima K.
  • Journal Title: J Immunol. Volume: 190(8) Pages: 4076-4091
  • DOI: 10.4049/jimmunol.
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Analysis of base-pairing probabilities of RNA molecules involved in protein RNA interactions (2013)
  • Author(s): Junichi Iwakiri, Tomoshi Kameda, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada
  • Journal Title: Bioinformatics Volume: 29 no. 20 Pages: 2524-2528
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btt453
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] CentroidAlign-Web: a fast and accurate multiple aligner for long non-coding RNAs (2013)
  • Author(s): Haruka Yonemoto, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada
  • Journal Title: Int. J. Mol. Sci. Volume: 14 Pages: 6144-6156
  • DOI: 10.3390/ijms14036144
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] PBSIM: PacBio reads simulator--toward accurate genome assembly (2013)
  • Author(s): Yukiteru Ono, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada
  • Journal Title: Bioinformatics Volume: 29 Pages: 119-121
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/bts649
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Sequence Analysis of the Genome of Carnation (Dianthus caryophyllus L.) (2013)
  • Author(s): Masafumi Yagi, et al.
  • Journal Title: DNA Research Volume: Epub ahead of print Pages: 印刷中
  • DOI: 10.1093/dnares/dst053
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] DDBJ read annotation pipeline: a cloud computing-based pipeline for high-throughput analysis of next-generation sequencing data. (2013)
  • Author(s): Nagasaki H, Mochizuki T, Kodama Y, Saruhashi S, Morizaki S, Sugawara H, Ohyanagi H, Kurata N, Okubo K, Takagi T, Kaminuma E, Nakamura Y.
  • Journal Title: DNA Res. Volume: 20 Pages: 383-390
  • DOI: 10.1093/dnares/dst017
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] An extended genovo metagenomic assembler by incorporating paired-end information (2013)
  • Author(s): Afiahayati, Sato K, Sakakibara Y
  • Journal Title: PeerJ Volume: 1 Pages: e196
  • DOI: 10.7717/peerj.196
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Development of a rifampicin-resistant Bacillus subtilis strain for natto-fermentation showing enhanced exoenzyme production (2013)
  • Author(s): Kubo Y, Inaoka T, Hachiya T, Miyake M, Hase S, Nakagawa R, Hasegawa H, Funane K, Sakakibara Y, Kimura K.
  • Journal Title: J Biosci Bioeng Volume: 115 Pages: 654-657
  • DOI: 10.1016/j.jbiosc.2012.12.012
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Screening for candidate genes involved in the production of mouse subventricular zone proliferative cells and an estimation of their changes in evolutionary pressure during primate evolution (2013)
  • Author(s): Tabata H, Hachiya T, Nagata K, Sakakibara Y, Nakajima K.
  • Journal Title: Front Neuroanat Volume: 7 Pages: 24
  • DOI: 10.3389/fnana.2013.00024
  • Peer Reviewed
• [Presentation] Extensive phylogenomics revealed a clonal expansion of EHEC O26 in Japan. (2014)
  • Author(s): Y. Ogura, T. Hayashi
  • Organizer: 第８７回日本細菌学会総会
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 20140326-20140328
  • Invited
• [Presentation] “New Developments of Bioethics Governance System in Japan – An Overview” (2014)
  • Author(s): 位田隆一
  • Organizer: Kyoto International Workshop on Bioethics Governance 2014
  • Place of Presentation: 京都市（同志社大学)
  • Year and Date: 20140324-20140324
• [Presentation] DNA replication errors that fuel genetic and phenotypic diversities in mammals (2014)
  • Author(s): Arikuni Uchimura, Mayumi Higuchi, Yohei Minakuchi, Atsushi Toyoda, Asao Fujiyama, Ikuo Miura, Shigeharu Wakana, Takeshi Yagi
  • Organizer: 国際シンポジウム "Germline Mutagenesis and Biodiversification”
  • Place of Presentation: 九州大学(病院キャンパス) 総合研究棟1階 セミナー室105
  • Year and Date: 20140321-20140322
• [Presentation] シャジクモのゲノム解読 (2014)
  • Author(s): 西山智明, 豊田敦, 鈴木穣, 藤山秋佐夫, 坂山英俊
  • Organizer: 植物分類学会
  • Place of Presentation: 熊本
  • Year and Date: 20140320-20140323
• [Presentation] On the OBDD Representation of deBruijn Graphs (2014)
  • Author(s): Guochen Zhao, Yosuke Aizawa,Anish M. S. Shrestha, Satoshi Tayu, Shuichi Ueno
  • Organizer: 2014年電子情報通信学会総合大会
  • Place of Presentation: 新潟大学
  • Year and Date: 20140319-20140319
• [Presentation] 陸上植物に近縁な緑色藻類シャジクモのゲノム解読 (2014)
  • Author(s): 西山智明, 豊田敦, 鈴木穣, 藤山秋佐夫, 坂山英俊
  • Organizer: 第55回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 富山大学 五福キャンパス
  • Year and Date: 20140318-20140320
• [Presentation] ヒメミカヅキモの－型細胞特異的遺伝子CpMinus1の解析 (2014)
  • Author(s): 小宮あゆみ、阿部淳、川井絢子、鈴木穣、豊田敦、藤山秋佐夫、大槻涼、土金勇樹、西山智明、関本弘之
  • Organizer: 第55回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 富山大学 五福キャンパス
  • Year and Date: 20140318-20140320
• [Presentation] Liverwort Genome Analysis and Construction of the Genome Annotation Database: ゼニゴケゲノム解析とゲノムアノテーションデータベースの構築 (ポスター) (2014)
  • Author(s): Nagasaki H, Ishizaki K, Yamato K T, Kohchi T, Nakamura Y.
  • Organizer: 第55回 日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 富山大学
  • Year and Date: 20140318-20140320
• [Presentation] ヒラアオノリ配偶子の一過的形質転換系による葉緑体とミトコンドリアの可視化とその動態 (2014)
  • Author(s): 鈴木亮吾，伊藤寛，尾関海，余哲，山崎誠和，豊田敦，桑野和可，河野重行
  • Organizer: 日本藻類学会第38回大会
  • Place of Presentation: 東邦大学理学部
  • Year and Date: 20140314-20140318
• [Presentation] 転写因子の結合と転写の関係を明らかにする試み (2014)
  • Author(s): 矢田哲士
  • Organizer: 新学術領域研究「転写サイクル」第2回トレーニングワークショップ
  • Place of Presentation: 九州工業大学, 福岡
  • Year and Date: 20140308-20140308
  • Invited
• [Presentation] 土壌微生物の移植メタゲノム (2014)
  • Author(s): 加藤広海, 森宙史, 丸山史人, 豊田敦, 大坪嘉行, 永田裕二, 藤山秋佐夫, 黒川顕, 津田雅孝
  • Organizer: 第8回 日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京農業大学 世田谷キャンパス
  • Year and Date: 20140307-20140309
• [Presentation] 大規模比較ゲノム解析が明らかにするプロテオロドプシンを持つ海洋細菌のゲノム進化 (2014)
  • Author(s): 熊谷洋平，吉澤晋，木暮一啓，岩崎渉
  • Organizer: 第8回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京農業大学世田谷キャンパス（東京）
  • Year and Date: 20140307-20140307
• [Presentation] プロモーター配列の合理的な設計に挑む (2014)
  • Author(s): 矢田哲士
  • Organizer: 情報処理学会第37回バイオ情報学研究会
  • Place of Presentation: 九州工業大学, 福岡
  • Year and Date: 20140305-20140305
  • Invited
• [Presentation] Deciphering Regulatory Code Underlying Promoter Sequences (2014)
  • Author(s): Yada T
  • Organizer: The 2nd BMIRC International Symposium on Advances in Bioinformatics and Medical Engineering
  • Place of Presentation: Center of Iizuka Research and Development, Fukuoka
  • Year and Date: 20140129-20140130
• [Presentation] Genome Sequencing of the Charophycean Green Alga, Chara braunii (2014)
  • Author(s): Tomoaki Nishiyama, Atsushi Toyoda, Yutaka Suzuki, Asao Fujiyama, Hidetoshi Sakayama
  • Organizer: Plant and Animal Genome XXII Conference, 2014
  • Place of Presentation: San Diego, USA
  • Year and Date: 20140110-20140115
• [Presentation] Liverwort Genome Analysis Using DDBJ Pipeline and Construction of the Database Annotated by the Research Communities (ポスター) (2014)
  • Author(s): Nagasaki H, Ishizaki K, Yamato K T, Kohchi T, Nakamura Y.
  • Organizer: International Plant & Animal Genome XXII
  • Place of Presentation: サンディエゴ、米国
  • Year and Date: 20140110-20140115
• [Presentation] 転写制御コードの多様性に挑む (2013)
  • Author(s): 矢田哲士
  • Organizer: ゲノム多様性のデータ利用
  • Place of Presentation: 統計数理研究所, 東京
  • Year and Date: 20131220-20131220
  • Invited
• [Presentation] Linking Body Size to Morphology of Neuronal Dendritic Arbors in Adults (2013)
  • Author(s): T. Uemura, K. Shimono, T. Nomura, T. Usui, H. Komai, A. Toyoda
  • Organizer: 2013 American Society for Cell Biology (ASCB) Annual Meeting
  • Place of Presentation: New Orleans, USA
  • Year and Date: 20131214-20131218
• [Presentation] Our Informatics Approaches for Marchantia Genome (2013)
  • Author(s): Nagasaki H, Iida N, Nakamura Y.
  • Organizer: Marchantia IV
  • Place of Presentation: メルボルン、オーストラリア
  • Year and Date: 20131208-20131211
  • Invited
• [Presentation] 乾眠能力をもつヨコヅナクマムシにおける新規ミトコンドリアタンパク質の同定 (2013)
  • Author(s): S. Tanaka, H. Kozuka-Hata, A. Toyoda, T. Katayama, K. Arakawa, A. Fujiyama, M.Oyama, T. Kubo and T. Kunieda
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド
  • Year and Date: 20131203-20131206
• [Presentation] 高い放射線耐性を示すヨコヅナクマムシの新規クロマチンタンパク質S261の同定と解析 (2013)
  • Author(s): 橋本拓磨、斎藤裕樹、尾山大明、秦裕子、桑原宏和、堀川大樹、豊田敦、片山俊明、荒川和晴、藤山秋佐夫、久保健雄、國枝武和
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド
  • Year and Date: 20131203-20131206
• [Presentation] ポリプテルスにおける補体C4,B因子遺伝子ゲノム領域の構造解析 (2013)
  • Author(s): 呉谷文、藤戸尚子、豊田敦、藤山秋佐夫、野中勝
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド
  • Year and Date: 20131203-20131206
• [Presentation] Molecular mechanisms controlling size of neuronal dendritic arbors (2013)
  • Author(s): K. Shimono, T. Nomura, T. Usui, H. Komai, A. Toyoda, T. Uemura
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド
  • Year and Date: 20131203-20131206
• [Presentation] Liverwort Genome Analysis and Construction of the Genome Annotation Database: ゼニゴケゲノム解析とゲノムアノテーションデータベースの構築 (ポスター) (2013)
  • Author(s): Nagasaki H, Ishizaki K, Yamato K T, Kohchi T, Nakamura Y.
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド
  • Year and Date: 20131203-20131206
• [Presentation] Ethical issues of sharing personal genome data through public databases (2013)
  • Author(s): 三成寿作, 加藤和人
  • Organizer: 日本人類遺伝学会第58回大会
  • Place of Presentation: 宮城県仙台市
  • Year and Date: 20131123-20131123
  • Invited
• [Presentation] JASPAC. 常染色体劣性遺伝が疑われた遺伝性痙性対麻痺症例のexome解析 (2013)
  • Author(s): 石浦 浩之，高 紀信，嶋崎 晴雄，三井 純，高橋 祐二，後藤 順，吉村 淳，土井 晃一郎，森下 真一，佐々木 秀直，瀧山 嘉久，辻省次
  • Organizer: 第58回日本人類遺伝学会
  • Place of Presentation: 仙台
  • Year and Date: 20131123-20131123
• [Presentation] COQ2変異は家族性・孤発性多系統萎縮症と関連する (2013)
  • Author(s): 三井 純，松川 敬志，石浦 浩之，福田 陽子，市川 弥生子，伊達 英俊，Budrul Ahsan，中原 康雄，百瀬 義雄，高橋 祐二，岩田 淳，後藤 順，The MSA Research Collaboration，辻 省次
  • Organizer: 第58回日本人類遺伝学会
  • Place of Presentation: 仙台
  • Year and Date: 20131122-20131122
• [Presentation] 重症度の差異を認めたレット症候群の一卵性双生児のゲノム・エピゲノム比較解析 (2013)
  • Author(s): 久保田健夫、三宅邦夫、水口洋平、伊藤雅之、後藤雄一、豊田敦
  • Organizer: 日本人類遺伝学会第58回大会
  • Place of Presentation: 宮城県仙台市 江陽グランドホテル
  • Year and Date: 20131120-20131123
• [Presentation] Return of genetic research results in Japan: Policy and practice (2013)
  • Author(s): Kazuto Kato and Jusaku Minari
  • Organizer: Returning Genetic Results in Biobanks: Opening an International Dialogue
  • Place of Presentation: Brocher Foundation（スイス）
  • Year and Date: 20131119-20131119
  • Invited
• [Presentation] ヨコヅナクマムシにおける新規ミトコンドリアタンパク質の同定 (2013)
  • Author(s): 田中冴、秦裕子、尾山大明、豊田敦、片山俊明、荒川和晴、藤山秋佐夫、久保健雄、國枝武和
  • Organizer: 細胞を創る研究会
  • Place of Presentation: 鶴岡メタボロームキャンパス レクチャーホール 鶴岡市先端研究産業支援センター
  • Year and Date: 20131114-20131115
• [Presentation] Liverwort Genome Analysis and Construction of the Genome Annotation Database (ポスター) (2013)
  • Author(s): Nagasaki H, Ishizaki K, Yamato K T, Kohchi T, Nakamura Y.
  • Organizer: JSBi2013
  • Place of Presentation: タワーホール船堀(東京)
  • Year and Date: 20131029-20131031
• [Presentation] Identifying Mutations Bringing de novo Gene Birth to Saccharomyces sensu stricto Genomes (2013)
  • Author(s): Zhang W, Ichinose N, Kumada T, Yada T
  • Organizer: 日本バイオインフォマティクス学会年会
  • Place of Presentation: タワーホール船堀
  • Year and Date: 20131029-20131031
• [Presentation] Co-regulatory relation between cancer genes and miRNAs (2013)
  • Author(s): Kobayashi H, Ichinose N, Kumada T, Yada T
  • Organizer: 日本バイオインフォマティクス学会年会
  • Place of Presentation: タワーホール船堀
  • Year and Date: 20131029-20131031
• [Presentation] Motif identification based on the idea of Gibbs Sampling and Genetic Algorithm (2013)
  • Author(s): Zheng P, Ichinose N, Kumada T, Yada T
  • Organizer: 日本バイオインフォマティクス学会年会
  • Place of Presentation: タワーホール船堀
  • Year and Date: 20131029-20131031
• [Presentation] Methylation Structure of Honey Bee Genome (2013)
  • Author(s): Ichinose N, Yada T, Gotoh O
  • Organizer: 日本バイオインフォマティクス学会年会
  • Place of Presentation: タワーホール船堀
  • Year and Date: 20131029-20131031
• [Presentation] Deciphering Regulatory Code from Transcription Activity Data of Mutagenesis Promoters (2013)
  • Author(s): Liu Y, Irie T, Suzuki Y, Ichinose N, Kumada T, Yada T
  • Organizer: 日本バイオインフォマティクス学会年会
  • Place of Presentation: タワーホール船堀, 東京
  • Year and Date: 20131029-20131031
• [Presentation] Identification of novel mitochondrial proteins from an anhydrobiotic tardigrade (2013)
  • Author(s): S. Tanaka, A. Toyoda, T. Katayama, K. Arakawa, A. Fujiyama, T. Kubo and T. Kunieda
  • Organizer: DynaMito2013, the 4th International Symposium on Dynamics of Mitochondria
  • Place of Presentation: Okinawa
  • Year and Date: 20131028-20131101
• [Presentation] ヨコヅナクマムシにおける新規ミトコンドリアタンパク質の同定 (2013)
  • Author(s): 田中冴、秦裕子、尾山大明、豊田敦、片山俊明、荒川和晴、藤山秋佐夫、久保健雄、國枝武和
  • Organizer: 極限環境生物学会
  • Place of Presentation: 明治大学生田キャンパス
  • Year and Date: 20131026-20131027
• [Presentation] ヨコヅナクマムシの新規クロマチンタンパク質S261による DNA 断片化の抑制 (2013)
  • Author(s): 橋本拓磨、斎藤裕樹、尾山大明、秦裕子、桑原宏和、堀川大樹、豊田敦、片山俊明、荒川和晴、藤山秋佐夫、久保健雄、國枝武和
  • Organizer: 極限環境生物学会
  • Place of Presentation: 明治大学生田キャンパス
  • Year and Date: 20131026-20131027
• [Presentation] Research policy of the Genome Science Project in Japan (2013)
  • Author(s): Minari J and Kato K
  • Organizer: The 63rd American Society of Human Genetics (ASHG) Annual Meeting
  • Place of Presentation: Boston, US
  • Year and Date: 20131024-20131024
• [Presentation] Mutations of COQ2 in Familial and Sporadic Multiple System Atrophy (2013)
  • Author(s): Mitsui J, Matsukawa T, Ishiura H, Fukuda Y, Ichikawa Y, Date H, Ahsan B, Nakahara Y, Momose Y, Takahashi Y, Goto J, Yamamoto Y, Shirahige K, Takahashi H, Onodera O, Nishizawa M, Kondo T, Murayama S,
  • Organizer: American Society of Human Genetics 63rd Annual Meeting
  • Place of Presentation: Boston, USA
  • Year and Date: 20131024-20131024
• [Presentation] A historical overview and a reflection on bioethical and ELSI activities for basic researches in human genetics and genomics in Japan (2013)
  • Author(s): N. Yamamoto, K. Kato
  • Organizer: American Society of Human Genetics (ASHG) 2013 Annual Meeting
  • Place of Presentation: ボストン（米国）
  • Year and Date: 20131022-20131026
• [Presentation] 発がんゲノムにおける非コードRNA の網羅的発現解析 (2013)
  • Author(s): 天野浩司郎，青戸良賢，若林雄一，榊原康文
  • Organizer: 第72回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜
  • Year and Date: 20131003-20131005
• [Presentation] デジタルクラスタリングを用いた発がん過程の経時的トランスクリプトーム解析 (2013)
  • Author(s): 青戸良賢，若林雄一，榊原康文
  • Organizer: 第72回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜
  • Year and Date: 20131003-20131005
• [Presentation] ヒト膵臓がんにおける臓器内真正細菌のゲノム解析 (2013)
  • Author(s): 榊原康文，鈴木秀和
  • Organizer: 第72回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜
  • Year and Date: 20131003-20131005
• [Presentation] パーソナルゲノム解析が医療を変貌させる (2013)
  • Author(s): 三井 純，辻 省次
  • Organizer: 第85回日本遺伝学会市民公開講座
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 20130921-20130921
• [Presentation] ゼブラフィッシュ近交系IM系統の遺伝的評価 (2013)
  • Author(s): 新屋みのり、中谷明弘、豊田敦、藤山秋佐夫、酒井則良
  • Organizer: 日本遺伝学会第85回大会
  • Place of Presentation: 慶應義塾大学 日吉キャンパス
  • Year and Date: 20130919-20130921
• [Presentation] 高い突然変異率が後世代の哺乳類集団に及ぼす影響 (2013)
  • Author(s): 内村有邦、樋口真弓、豊田敦、藤山秋佐夫、三浦郁生、若菜茂晴、八木健
  • Organizer: 日本遺伝学会第85回大会
  • Place of Presentation: 慶應義塾大学 日吉キャンパス
  • Year and Date: 20130919-20130921
• [Presentation] 陸上植物に近縁な藻類シャジクモのゲノム解読 (2013)
  • Author(s): 西山智明，豊田敦, 鈴木穣, 藤山秋佐夫, 坂山英俊
  • Organizer: 植物学会
  • Place of Presentation: 札幌
  • Year and Date: 20130913-20130915
• [Presentation] ゲノムアセンブリのギャップを高精度で埋めるツール GMcloser の開発 (2013)
  • Author(s): 小杉 俊一、平川 英樹、田畑 哲之
  • Organizer: NGS現場の会 第３回研究会
  • Place of Presentation: 神戸国際会議場
  • Year and Date: 20130904-20130905
• [Presentation] A brief introduction of Japanese genome research projects and ways to facilitate ELSI 2.0 accelerator activities (2013)
  • Author(s): Kazuto Kato
  • Organizer: P3G/CGP/ELSI 2.0 Workshop
  • Place of Presentation: モントリオール（カナダ）
  • Year and Date: 20130904-20130904
  • Invited
• [Presentation] タンパク質-RNA相互作用におけるRNA2次構造認識機構:塩基対確率に基づく解析 (2013)
  • Author(s): 岩切 淳一，亀田 倫史，浅井 潔，浜田 道昭
  • Organizer: 第15回日本RNA学会年会
  • Place of Presentation: 愛媛県・県民文化会館・ひめぎんホール
  • Year and Date: 20130724-20130726
• [Presentation] 「ゲノム指針改正と疫学研究・臨床研究両指針の見直し―検討作業の動向―」 (2013)
  • Author(s): 位田隆一
  • Organizer: 第20回日本遺伝子診療学会大会イブニングセミナー
  • Place of Presentation: 浜松市（アクトシティ浜松コングレスセンター
  • Year and Date: 20130719-20130719
  • Invited
• [Presentation] エクソーム解析による遺伝的異質性の高い疾患に対する遺伝子検査 (2013)
  • Author(s): 三井 純，後藤 順，辻 省次
  • Organizer: 第20回日本遺伝子診療学会大会
  • Place of Presentation: 浜松
  • Year and Date: 20130719-20130719
• [Presentation] SORL1 is Genetically Associated With Late-Onset Alzheimer's Disease in Japanese, Koreans and Caucasians. (2013)
  • Author(s): Miyashita A, Kuwano R, Schellenberg G, Ihara Y, Kanazawa I, Tsuji S, Yamamoto K, Tokunaga K, Nishida N, Yoshida M, Pericak-Vance M, Haines J, Mayeux R, St. George-Hyslop P, Kim JW, Takahashi S, Wang LS, Jun G, Koike A, Farrer L
  • Organizer: AAIC
  • Place of Presentation: 米国ボストン
  • Year and Date: 20130712-20130718
• [Presentation] 陸上植物に近縁な藻類シャジクモのゲノム解読 (2013)
  • Author(s): 西山智明，豊田敦, 鈴木穣, 藤山秋佐夫, 坂山英俊
  • Organizer: 北陸植物学会
  • Place of Presentation: 金沢
  • Year and Date: 20130623-20130623
• [Presentation] Personalised Medicine and Human Rights in Asian Context (2013)
  • Author(s): 位田隆一
  • Organizer: International Bioethics Committee (IBC) 20th Session, UNESCO.
  • Place of Presentation: 韓国・ソウル市(Yonsei University)
  • Year and Date: 20130619-20130619
  • Invited
• [Presentation] Exome解析による孤発性疾患の疾患関連遺伝子の探索． (2013)
  • Author(s): 三井 純
  • Organizer: 第54回神経学会学術大会シンポジウム
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 20130601-20130601
• [Presentation] Molecular genetics of multiple system atrophy: results from the Japan Multiple System Atrophy Research Consortium. (2013)
  • Author(s): JAMSAC (Japan Multiple System Atrophy Research Consortium), Jun Mitsui, Yaeko Ichikawa, Jun Goto, Shoji Tsuji
  • Organizer: 17th International Congress of Parkinson’s Disease and Movement Disorder
  • Place of Presentation: Sydney, Australia
  • Year and Date: 20130601-20130601
• [Presentation] 近位筋優位運動感覚ニューロパチー(HMSN-P)の病因遺伝子 (2013)
  • Author(s): 石浦 浩之, 辻 省次
  • Organizer: 第54回神経学会学術大会シンポジウム
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 20130531-20130531
• [Presentation] ゲノム・遺伝子解析研究がもたらす革新（教育講演） (2013)
  • Author(s): 徳永勝士
  • Organizer: 第62回日本医学検査学会
  • Place of Presentation: 高松
  • Year and Date: 20130518-20130518
  • Invited
• [Presentation] Comments, Society Section (2013)
  • Author(s): Kazuto Kato
  • Organizer: International Workshop: Exploring the unique social/ethical and health systems challenges of low cost whole genome sequencing
  • Place of Presentation: モントリオール（カナダ）
  • Year and Date: 20130419-20130419
  • Invited
• [Book] 広田照幸他編「研究する大学―何のための知識か」（シリーズ大学）「社会の中の研究―自由・倫理・ガバナンス」 (2013)
  • Author(s): 加藤和人
  • Total Pages: 204(99-134)
  • Publisher: 岩波書店
• [Remarks] シーラカンスのゲノムブラウザ
  • URL: http://coelacanth.nig.ac.jp/
• [Remarks] Xenopus laevisのゲノムブラウザ
  • URL: http://xenopus.lab.nig.ac.jp/
• [Remarks] Illumina short read から short tandem repeat検出
  • URL: http://trhist.gi.k.u-tokyo.ac.jp/
• [Remarks] アセンブリパイプライン Sprai
  • URL: http://zombie.cb.k.u-tokyo.ac.jp/sprai/
• [Remarks] DDBJ Read Annotation Pipeline
  • URL: http://p.ddbj.nig.ac.jp/