2010 Fiscal Year Annual Research Report
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22240009
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
阿久津 達也 京都大学, 化学研究所, 教授 (90261859)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
川端 猛夫 京都大学, 化学研究所, 教授 (50214680)
林田 守広 京都大学, 化学研究所, 助教 (40402929)
永持 仁 京都大学, 情報学研究科, 教授 (70202231)
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| Keywords | 特徴ベクトル / グラフ理論 / 立体異性体 / 化学構造 / 外平面的グラフ / 木構造 / カーネル法 / 構造列挙 |
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| Research Abstract |
今年度は以下を中心に研究を行った。
(1)立体異性体を区別できるカーネル関数の開発
以前より立体異性体を区別できるカーネル関数を開発してきたが、その成果を論文としてまとめた。
(2)外平面的グラフ構造を持つ化学構造に対する立体異性体の列挙
木構造を持つ化学構造に対する立体異性体の列挙アルゴリズムを論文としてまとめるとともに、外平面的グラフ構造を持つ化学構造に対するアルゴリズムの詳細をつめ完成させた。
(3)特徴ベクトルの上下限を与えた場合の木状化学構造の列挙アルゴリズム
これまでの定式化では制約が強く解が存在しない場合が数多くあるため、特徴ベクトルの各要素の上下限を与えるというより弱い制約のもとで、その制約を満たす木状化学構造を列挙するアルゴリズムを開発した。計算機実験の結果、予想していたものより大きな化学構造に対応できることが示唆された。
(4)WEBサーバーEnuMolへの機能追加
以前より開発してきた化学構造の数え上げを行うWEBサーバーの詳細な機能について改良を図るとともに、木状化合物の数え上げ機能を追加した。
この他にもRNA二次構造予測および木状構造からのパターン抽出法などの研究を行った。ただし、計画していた課題のうち、スコア関数の学習および最適化法、核となる構造を与えたもとでの構造の推定・列挙については十分に研究を進展させることができなかったため、23年度に再び取り組むことにした。
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