2013 Fiscal Year Annual Research Report
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22240009
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
阿久津 達也 京都大学, 化学研究所, 教授 (90261859)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
永持 仁 京都大学, 情報学研究科, 教授 (70202231)
川端 猛夫 京都大学, 化学研究所, 教授 (50214680)
林田 守広 京都大学, 化学研究所, 助教 (40402929)
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| Project Period (FY) |
2010-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | 構造列挙 / 化学構造 / 特徴ベクトル / グラフ理論 / 異性体 / 木構造 / カーネル法 / ベンゼン環 |
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| Research Abstract |
今年度は以下を中心に研究を行った。
(1) 環を1個、および、複数個含む化学構造の列挙アルゴリズムの開発。昨年度より開発していた環を1個含む化学構造の列挙アルゴリズムに関する研究を完成させ、Journal論文を投稿した。また、環を複数個含む場合のアルゴリズムについても検討を行い開発を続けた。
(2) 幅優先探索による木状化合物の列挙アルゴリズムの開発。昨年度より開発してきた幅優先探索順で木状化学構造を拡大していくという方法論による列挙アルゴリズムを完成させた。計算機実験の結果、特に多重構造を含まない場合には既存手法と比較して高速に列挙可能である場合が多いことを示すことができた。そして、このアルゴリズムに関する成果をまとめて論文として発表した。
(3) ベンゼン環を含む場合の木状化学構造の列挙。木状の化学構造において頂点がベンゼン環となることを許した場合（ただし、オルト、メタ、パラなどの配置は区別できるものとする）のアルゴリズムを２種類開発した。１種類は動的計画法に基づくものであり、もう１種類は分枝限定法に基づくものである。両者とも既存手法と比較して、高速に列挙できることを確認した。さらに、後者はナフタレン環にも適用可能なように拡張を行った。今後、より詳細な計算機実験および論文化を行う予定である。
(4) 関連研究。代謝ネットワークの遺伝子ノックアウトに対する新たな影響度指標の開発、および、２個もしくは３個のタンパク質からなる複合体の予測手法の開発を行った。
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| Current Status of Research Progress |
Reason
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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